- ￥5000 - 15000
- 2025年07月15日
万千商家帮你免费找货
0 人在求购买到急需产品
- 详细信息
- 询价记录
- 技术资料
- 服务名称：
ChIP-seq 数据分析
ChIP-Seq 数据分析
ChIP-Seq Data Analysis
背景介绍
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation），是一类通过将与特定蛋白质与其结合DNA序列共同沉淀下来研究其相互作用的方法，这一方法和测序技术结合起来，可以研究转录因子在基因组上的结合区域、特异性修饰的组蛋白位点以及其他DNA结合蛋白的基因组特异结合位点等表观遗传性学问题。ChIP-Seq技术是在ChIP－on－Chip的基础上发展来的，相对于ChIP-on-Chip来说，ChIP-Seq有很多优势：更高的通量；更低廉的价格；双通道ChIP-Seq可以弥补单通道带来的GC偏向问题，产生更加可靠的数据。
ChIP-Seq的实验流程图：
Fig.1 ChIP-Seq技术流程图。1）提取核内染色质；2）将染色质打碎；3）加入可以和特定蛋白结合的抗体；4）共沉淀并洗脱复合物；5）去除蛋白复合物，纯化DNA;6）测序并且定位到基因组上。
数据分析流程图：
Fig 2. ChIP-seq 数据分析流程图
数据分析项目
一．数据基本质量分析
基于不同的技术平台，所需要的分析方法不尽相同。对于一般的单通道测序，我们进行序列长度统计、丰度统计、定位百分比（mapping coverage）统计等等，通过随机mapping，我们可以对数据质量进行估计。对于有Input lane的双通道测序，我们会进行横向的对比以得到更准确的结果。
二．峰值的定位
对于不同的数据质量，可以选择相对合适的mapping方法，包括允许不同的mismatch数目等等以得到比较可靠的数据。然后基于这些定位到基因组上的序列和其丰度，找到那些有统计学意义的位点峰值（peak calling）。一个转录因子FOXA3的相关例子如下：
Fig.3 ChIP-Seq结果分析图。转录因子FOXA3结合在特定基因的转录起始位置，利用ChIP-Seq技术得到高通量的核酸序列，图中显示这些序列可以清楚的定位出一个基因组上的峰值，这个峰值区域就是FOXA3的结合区域。
三．Binding motif分析
一般的DNA结合因子都是特异性的，有特定的结合基序，对于检测到的峰值序列，我们进行DNA binding motif分析，以期验证或者得到新的DNA结合因子binding motif。
Fig.4 Binding motif分析图。转录因子结合位置的核酸序列有一定的偏好性，图中显示各个位置核酸出现的频率，可以清楚看到此转录因子结合DNA序列的特异性。
四．和annotation library的分析对比
Peak calling在基因组中的位置在已知注释信息中的分布可以显示DNA结合蛋白的结合偏好性，我们会给出基于不同注释库的分布信息。
Fig.5 组蛋白修饰的基因组分布图
五．基因本体学分析（Gene Ontology Analysis）
对于特定的转录因子，其DNA结合位点的下游转录基因在特定试验条件下可能会行使相似的功能，GO分析会找出富集的那些可能的功能。
Fig.6 基因功能分析图。每一列表示一个特定的基因功能分类，每一行显示分析中所参与的基因，绿色表示基因具有列所显示的功能，黑色表示没有。
六．Pathway Analysis
DNA结合蛋白的靶基因有可能会富集在特定的生物信号通路或者代谢通路里面，利用富集检测的统计手段，可以推测出DNA结合因子在特定的环境下所可能行使的生物学功能。如下图所示，靶基因以橙色表示：
Fig.7 Pathway分析图。图中橘红色表示在这个生物通路中表达的基因，灰色表示没有表达的基因，统计分析显示基因富集在这个通路中，表明这个pathway很可能在实验中启重要作用。
风险提示：丁香通仅作为第三方平台，为商家信息发布提供平台空间。用户咨询产品时请注意保护个人信息及财产安全，合理判断，谨慎选购商品，商家和用户对交易行为负责。对于医疗器械类产品，请先查证核实企业经营资质和医疗器械产品注册证情况。
- 作者
- 内容
- 询问日期
技术资料暂无技术资料 索取技术资料
ChIP-seq 数据分析
￥5000 - 15000
