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蛋白靶标筛选(ChIP)平台

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威斯腾生物
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蛋白靶标筛选(ChIP)平台
     药物靶标的筛选是产生创新药物的最佳突破点。随着人类基因组计划的完成,基因组数据的大量累积为药物研究提供了发展机遇,疾病的治疗已摆脱了盲目性,进入了靶点丰盛的时代。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。它是基于体内分析发展起来的方法,能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白,是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。随着新一代测序技术的成熟与发展,整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是研究目标靶蛋白与DNA相互作用的又一技术突破,可应用于蛋白药物靶标筛选、组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等的研究。
技术特点
全基因组覆盖
 ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
高灵敏度
每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点
高精确率
可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点
高性价比
仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点
 
【本平台合作项目】
分子诊断、病理诊断、药效学评价、毒理学实验、细胞药筛、动物建模、PDX模型、CRISPR/Cas9基因编辑、病理检测、基因芯片、蛋白组学、代谢组学、高通量测序、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务!
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价格:¥3100.0 
       真核生物的基因组以染色质的形式存在,染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物,研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。       染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛的应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等的研究。随着新一代测序技术的成熟与发展,整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是继ChIP-chip之后,蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。       ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。 技术特点全基因组覆盖: 与ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定高灵敏度: 每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点高精确率: 可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点高性价比: 仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点 服务流程
转录因子ChIP-seq服务 项目简介       基因的转录调控是生物基因表达调控层次中最关键的一层,而转录因子是参与基因表达调控的一类重要的细胞核蛋白质。转录因子通过特异性结合调控区域的DNA序列来调控基因转录过程,因此在全基因组水平将转录因子定位于靶基因DNA是认识转录调控网络的有效方法之一。通过转录因子ChIP-Seq技术能够揭示转录因子的结合位点和确定直接的靶基因序列,可在体内分析特定启动子的分子调控机制。ChIP-Seq已广泛应用于研究一些经典转录因子和一些新的转录因子在全基因组上的结合情况,实现全基因组层面分析一些经典的转录因子的调控网络,或为新转录因子的功能研究提供一些线索。       表观生物技术团队具备丰富的ChIP实验经验,利用经验证的ChIP级抗体,提供高质量转录因子免疫共沉淀服务,并结合新一代高通量测序技术,为生物医学研究人员提供转录因子研究整体服务(ChIP-seq)。 项目流程 :  样本要求: 仅限人及大鼠或小鼠细胞细胞量达到107个组织样本需评估 测序模式:SE50 测序数据量:20M 生物信息分析内容 一、标准信息分析1. 去接头污染,去低质量reads和测序质量评估2. ChIP测序序列与参考基因组序列的比对3. ChIP测序唯一reads在全基因组的分布4. Peak鉴定及基因原件分析5. Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析、Pathway分析 二、高级信息分析可根据客户的需求,定制高级信息分析内容。  
       染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——ChIP-seq,可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,同时也为研究的深入开展打下基础。       采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。1、实验方案      测序策略:Illumina NextSeq 500  SE50      数据量:20M clean reads2、数据分析2.1 标准信息分析(1)与参考序列比对(2)Peak分析(3)Peak在基因功能元件上的分布(4)Peak相关基因分析(5)Peak相关基因的GO功能显著性富集分析(6)Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析(7)鉴定样品间差异Peak(8)样品间差异Peak的基因功能元件分布(9)样品间差异Peak相关基因分析(10)样品间差异Peak相关基因的GO功能显著性富集分析(11)样品间差异Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析(12)motif结构域预测3、技术流程4、案例分析       案例(1)FOXO转录因子作用位点特征       FOXO转录因子(FOXO)是控制物种寿命的中心调控因子,但是FOXO执行特定的细胞功能,包括成人干细胞内稳和免疫功能。FOXO直接作用的靶点已经在若干物种和细胞类型中鉴定得到。用meta分析从组织到生物体,以及哺乳动物,秀丽线虫和果蝇的FOXO靶向位点的数据。结果表明,FOXO作用的特定细胞是与细胞特定功能的相关的。而且FOXO在脊椎动物和无脊椎动物中存在相同保守区域的作用位点。这些与生物生长,新陈代谢,抗压力,蛋白质平衡相关的保守区域的结合位点表明,这些生物可能拥有同一个祖先。图1 FOXO转录因子结合组织特异性的共同靶点 图2  FOXO转录因子结合靶点维恩图和保守性分析       案例(2) 肝受体X
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