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- 2025年07月16日
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- 服务名称：
蛋白结构分析蛋白结构预测与药物分子设计服务
- 规格：
C3506-10G
提供服务：
1. 结构建模（蛋白突变亚型的结构建模）
2. 利用蛋白结构进行特定分子（配体，底物，结合蛋白）的停泊（ dock）
3. 特定结构域上的小分子化合物配体的搜索。
反馈内容：
1. 结构：
根据pdb数据库确定是否有已知的结构，是否有同源蛋白或同源结构域的结构信息。
有已知蛋白三维结构，可以直接利用，或分析后进行利用
有同源序列，通过同源建模构造蛋白结构--模拟结构（即同源建模）
2. 结构分析
同源蛋白和突变蛋白的结构分析，突变氨基酸的位置，结构变化，势能变化，蛋白表面改变（结构，电荷性质等）。
3. 对蛋白设计亲和分子进行药物设计的候选物质结构设计.
4. 其他要求
团队介绍：
1. 团队由软件工程师和生物学专家组成. 利用权威性的一些方法和软件之外，还拥有自主开发的蛋白结构分析和编辑软件，
可以对结构进行自定义分析，可以适应一些新的思路和兴趣需要；
2. 指导突变体改造方案，对已知或未知配体进行安装和分析，确定小分子结合的部位，相互作用的氨基酸；根据结构设计蛋白的结合小分子等。
联系电话： 134-6651-0334 email：583348587@qq.com
北京尤比爱生物科技中心 www.unibiolab.com
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文献和实验大的 exhaustiveness。如果我们大致知道 binding pocket 在什么位置，那准确性应该会高不少，如何大致确定 binding pocket 的位置呢？我们接着试验。可以通过实验的方式，比如某个点突变对结合或者活性影响非常大，那么大概率这个残基是结合口袋的一部分。可以通过软件预测，比如蛋白与配体（底物）结合位点预测：https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COACH/再比如 Discovery studio 软件（专业版的），可以很方便的根据受体分子的表面形状来预测结合
HNADOCK - 一个研究 RNA 与 DNA/RNA 互作的平台
提供要对接的两个分子的三维（3D）结构，其中 RNA 接受序列和 PDB 结构文件（或 PDB 登录号如 1KD5:A）的输入，而 DNA 仅支持 PDB 结构文件（或 PDB 登录号如 1KD5:A）的输入。用户还可以选择提供结合位点信息（HNADOCK 可以自动整合结合位点信息），以及选择是否优化前十个模型。指定结合位点残基可以使预测的模型准确性更高。用户可以提供两种类型的绑定站点信息。（i）结合位点残留在受体或配体上：在文本框中如下指定结合位点残基15：A，23 - 26：A，18：B代表
作用的预测 抗原的设计与优化 案例分析一、核酸适配体 Aptamer 同 HIV1 病毒中和机制的研究 [5] HIV-1 病毒的感染在很大程度上依赖于病毒表面的一种糖蛋白 gp120。HIV-1 gp120 参与了病毒入胞的过程，它以三聚体的形式附着在 HIV-1 病毒表面并通过与宿主细胞受体 CD4 结合等一系列过程介导病毒质膜与宿主细胞膜的融合从而导致病毒入胞。由 77 个核苷酸组成的核酸适配体 B40t77 可以与 gp120 高特异性结合从而阻止病毒入胞
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