环状RNA芯片定制检测服务

实验技术简介：环状RNA（circRNA）是区别于传统线性RNA的一类新型 RNA，具有闭合环状结构，大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表 达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感， 所以比线性RNA更为稳定，这使得环状RNA在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的 作用，称之为竞争性內源RNA（ceRNA），能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。

 

实验操作流程：
1、样品RNA抽提
2、RNA质量检测
① 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
② 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。
③ 提供RNA QC报告。
3、RNase R处理
4、cDNA/aRNA样品合成和标记
5、标记效率质量检测
使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6、芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
7、图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8、提供实验报告
① Scanning Image: Cy3荧光扫描图像；
② Scatter Plot: 散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值，表示信号数据总体分布趋势；
③ Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据；
④ Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值；
⑤ P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该circRNA在两组样本间差异表达越显著；
⑥ Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value以及circRNA的详细注释信息（相应的线性mRNA和miRNA结合位点）。

 

客户提供：
1、实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的 RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
2、实验对象为细胞样品，每份样品取1×10⁶～1×10⁷细胞，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA。

交付标准：
1、芯片检测数据
2、完整的实验操作规程、实验报告（含软件分析结果）以及实验材料

晶莱生物服务流程


晶莱生物实验服务项目

动物实验	细胞生物学	病理实验
消化系统模型	细胞培养	病理染色
胃酸分泌模型	普通细胞株	HE染色
脓毒症模型	细胞缺氧培养	油红O染色
胃溃疡模型	细胞培养+支架	番红固绿染色
胰腺炎模型	干细胞培养	Masson染色
肝纤维化模型	原代细胞分离/提取/培养	天狼猩红染色
DIO肥胖模型	细胞转染/病毒感染	PAS糖原染色
胆结石模型	Trans well共培养	阿利新蓝染色
结肠炎(UC)模型	细胞增殖	甲苯胺蓝染色
脂肪肝模型	细胞计数	尼氏染色
急性肝损伤模型	生长曲线测定	LFB髓鞘染色
免疫、代谢系统疾病模型	存活曲线测定	普鲁士蓝染色
骨质疏松模型	ccK-8增殖检测	VG染色
糖尿病模型	MTT增殖检测	EVG染色
高尿酸血症模型	CFSE检测增殖-流式检测	VonKossa染色
呼吸系统模型	BrDU检测-免疫荧光法	刚果红染色
肺纤维化模型	细胞凋亡	苏丹黑B染色
慢性肺阻塞模型	Annexin V/PI流式检测细胞凋亡	Trap染色
急性肺损伤模型	WB检测凋亡相关蛋白	抗酸染色
哮喘模型	透射电镜观察凋亡小体	革兰氏染色
肺栓塞模型	Tunel染色(POD法,DAB显色)	AB-PAS染色
支气管炎模型	Tunel(荧光法,含试剂盒)	亚甲基蓝染色
泌尿生殖系统模型	DNA ladder法	苯胺蓝染色
慢性肾衰模型	细胞周期	荧光 DAPI染色
急性肾衰模型	细胞显微计数	普鲁士蓝染色
肾间质纤维化模型	PI染色	间苯二酚碱性品红染色
肾结石模型	BrdU渗入法	银染
肾炎模型	免疫荧光染色	黑色素染色
子宫内膜异位症模型	PI流式检测细胞周期	镀银染色
心血管系统模型	细胞运动	PASM 六胺银染色
冠心病模型	Transwell检测细胞迁移	VG染色
心肌梗死模型	Transwell检测细胞侵袭	富尔根染色
心脏骤停模型	细胞划痕	亚甲基蓝染色
慢性心力衰竭模型	细胞克隆	碘-碘化钾染色
动脉粥样硬化模型	集落形成法/稀释铺板方法	Goldner三色法染色
白血病模型	软琼脂克隆法	PAS-萘酚磺S染色
高血压模型	毛细管克隆法	改良苯酚品红染色
神经系统模型	体外实验血管生成	网状纤维染色
脑卒中模型	磁珠分选细胞	β-半乳糖苷酶染色
栓塞性脑梗死模型	流式分选细胞	镀银染色
脑出血模型	开机费	movat五色染色
脑损伤模型	单色	维多利亚蓝染色
脊髓损伤模型	双色	免疫组化
帕金森模型	CBA多细胞因子流式检测	免疫组化预式
老年痴呆模型	组织/血液细胞制备	免疫组化正式
应激模型	组织单细胞制备	免疫荧光（石蜡-单标）
骨骼疾病模型	中性粒细胞提取	免疫荧光（石蜡-双标）
骨折模型	其他样本细胞制备（如血液等）	免疫荧光（石蜡-三标）
骨缺损模型	外周血PBMC分离	免疫荧光（冰冻-单标）
风湿免疫性关节炎模型	线粒体组学	免疫荧光（冰冻-双标）
骨关节炎模型	线粒体膜电位检测-流式法	制片前处理
五官疾病模型	线粒体膜电位检测-免疫荧光法	石蜡组织包埋
眼科疾病模型	线粒体ROS生物含量检测--流式	特殊包埋（细胞、材料、眼球等）
鼻腔疾病模型	线粒体ROS生物含量检测--免疫荧光	软化（肝硬化、皮肤结痂、植物等）
皮肤疾病模型	线粒体通透性转换孔（mPTP）	骨组织脱钙（小）
皮肤损伤模型	溶酶体免疫荧光法	骨组织脱钙（大）
肿瘤疾病模型	线粒体+溶酶体共定位	骨组织EDTA脱钙（小）
原位瘤模型	内质网	骨组织EDTA脱钙（大）
转移瘤模型	线粒体钙瞬时变化检测-流式	石蜡白片
皮下植瘤模型	ATP检测	细胞爬片
	ADP检测
	AMP检测
流式	DNA/RNA半定量检测	基因编辑工具
组织细胞悬液处理	pcr检测mRNA	合成（3保1）片段/质粒/引物合成
细胞处理	microRNA检测	质粒载体构建
血液标本处理	LncRNA表达量的检测	过表达腺病毒载体构建包装
细胞刺激培养	CirRNA表达量的检测	shRNA腺病毒载体构建包装
单色检测	凝胶电泳	过表达慢病毒载体构建包装
双色检测	基因合成	shRNA慢病毒载体构建包装
Annexin V/PI凋亡	＜300	过表达腺相关病毒载体构建包装
细胞周期	300-1,500	shRNA腺病毒载体构建包装
	1500 - 5000	稳转细胞株
	>5000
	特殊序列
ELISA	WB	qPCR
组织匀浆处理	蛋白提取及定量一	RNA抽提
ELISA（不含试剂盒）48T/kit	WB检测一（10孔膜/指标）	mRNA引物设计及合成
ELISA（不含试剂盒）96T/kit	灰度值分析及作图一（10孔膜/指标）	miRNA引物设计及合成
ELISA（含国产试剂盒）48T/kit	蛋白提取及定量二	LncRNA引物设计及合成
ELISA（含国产试剂盒）96T/kit	WB检测二（10孔膜/指标）	CircRNA引物设计及合成
	灰度值分析及作图二（10孔膜/指标）	mRNA RT-qPCR
		miRNA RT-qPCR
		LncRNA RT-qPCR
		CircRNA RT-qPCR

收费标准/服务周期/提供结果：
欢迎咨询详谈，我们会根据您的方案及需求制定详细的服务协议。
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