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- 2025年08月26日
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Tumor Classification Markers: Luminal A-C: ESR1 (ERa), FOXA1, GATA3, KRT8, KRT18, SLC39A6, TFF3, XBP1. HER2-like: ERBB2 (HER2), GRB7.
Basal-like / Triple Negative: BIRC5, EGFR, KRT5, NOTCH1.
Metastasis to Lung: ID1, MMP2 (Gelatinase A), PTGS2 (COX2).
Signal Transduction: Steroid Receptor-Mediated: AR, BRCA1, CCNE1, CTNNB1, ESR1 (ERa), ESR2 (ERß), IGF1, KRT19, PGR, RB1.
Hedgehog: BCL2, CCND1, GLI1, SNAI2.
Glucocorticoid: IGFBP3, NME1 (NM23A), NR3C1 (GRL).
Classical WNT: APC, CCND1, CTNNB1, SFRP1.
PI3K/AKT: AKT1, ERBB2 (HER2), IGF1, IGF1R, PTEN.
NOTCH: BIRC5, NOTCH1. MAPK: MAPK1 (ERK2), MAPK3(ERK1), MAPK8 (JNK1), TP73.
Epithelial to Mesenchymal Transition: CTNNB1, NOTCH1, SRC, TGFB1, TWIST1.
Angiogenesis: CDH13, CTNNB1, EGF, ERBB2 (HER2), ID1, IL6, JUN, NOTCH1, PLAU (uPA), PTEN, SERPINE1 (PAI-1), SLIT2, THBS1, VEGFA.
Adhesion: ADAM23, APC, BCL2, CDH1 (E-Cadherin), CDH13, CDKN2A (p16INK4), CSF1 (MCSF), CTNNB1, EGFR, ERBB2 (HER2), PTEN, TGFB1, THBS1.
Proteolysis: ADAM23, CST6, CTSD, MMP2 (Gelatinase A), MMP9 (Gelatinase B), PLAU (uPA), PYCARD (ASC).
Apoptosis: AKT1, APC, BAD, BCL2, CDH1 (E-CADHERIN), CDH1 (E-CADHERIN)3, CDKN1A (P21CIP1/WAF1), CDKN2A (p16INK4), GSTP1, IGF1, IL6, JUN, MUC1, NME1 (NM23A), RARB, SFN (14-3-3s), SFRP1, TP53, TP73, TWIST1.
Cell Cycle: APC, BCL2, CCNA1, CCND1, CCND2, CCNE1, CDK2, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), CDKN1C (p57KIP2), CDKN2A (p16INK4), JUN, MKI67, MYC, PTEN, RASSF1, RB1, SFN (14-3-3s), TP53.
DNA Damage: APC, ATM, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), MAPK1 (ERK2), MGMT (AGT), MLH1, SFN (14-3-3s), TP53, TP73.
Xenobiotic Transport: ABCB1 (MDR-1), ABCG2 (BCRP).
Transcription Factors: AR, CTNNB1, ESR1 (ERa), ESR2 (ERß), FOXA1, GATA3, HIC1, JUN, MYC, NOTCH1, NR3C1 (GRL), PGR, PRDM2 (RIZ1), RARB, RB1, TP53, TP73, XBP1.
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文献和实验简介：什么是PCR芯片？ 实时定量PCR是检测基因表达最灵敏，最可靠的方法。通过在试验过程中，实时监测荧光染料的信号变化，反映样品中的基因拷贝数。实时定量PCR线性范围广（能达到5个数量级），因此可以检测同一样品中表达量极低的基因和表达量很高的基因。但是，由于实时定量PCR需要制备标准曲线和同时分析内参基因，因此，每次实验只能检测少数几个基因的表达水平，若要检测大量基因，则工作量巨大，耗时长久。 通过简单的，经过优化的实时定量PCR体系，如SuperArray的RT2ProfilerTM
，或者用RNase-Free的DNase处理RNA样品。在这里我们介绍一些常用的RNA纯化试剂盒，特别是由Affymetrix公司推荐的QIAGEN RNA纯化系列。* RNeasy Protect Kit：一旦生物样品被收集分离，它的RNA会立刻变得非常不稳定，极易被降解。由于特异及非特异的RNA降解，或者由于应激反应产生新的RNA都会引起RNA状态的改变。对于生物芯片、基因表达矩阵分析（Array Analysis）、定量RT-PCR等实验来说，采样后立即稳定样品里的RNA以保存当时RNA的表达状态，是精确
结构的形成及自身复性。由于PNA-DNA结合更加稳定和特异，因此更有利于单碱基错配基因的检测。我们在这里简单介绍一些常用杂交试剂和消耗品。对于商品化的芯片和Array类产品，通常都有配套的杂交试剂以方便使用。例如：1. Clontech公司的Altas Glass Microarrays，产品已经包含GlassHyb™ Hybridization Solution和GlassHyb™ Wash Solution，能有效缩短杂交时间，提高信噪比。同时还提供了方便使用的Altas Glass
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