产品简介
采用Illumina850公司的850K甲基化芯片对DNA甲基化情况进行检测。Illumina850K甲基化芯片设计了850,000多个甲基化位点,全面覆盖了95%的CpG岛,99%的RefSeq Genes,保留450K芯片90%的位点外,还在增强子区域新增了350,000个甲基化位点(ENCODE enhancers,ENCODE open chromatin, >80% of FANTOM5 Enhancers,GENCODE genes, promoters, UTRs),所需要的DNA起始量低至250ng,兼容FFPE, 支持LIMS及自动化系统,包含三种规格试剂盒:16,32,96样本。
应用领域
胚胎发育和组织分化,复杂疾病的发生、发展机制,环境因素(如激素、饮食、压力、损伤等)对与甲基化修饰的关系。
技术流程
样本质控--亚硫酸盐处理--全基因组扩增及片段化--芯片杂交、洗脱、延伸、成像扫描--数据分析
产品参数
产品 |
策略 |
信息分析 |
项目周期 |
甲基化芯片 |
Illumina Human Methylation 850K BeadChip |
标准分析 |
25个工作日 |
生物信息分析流程图
备注:可进行定制化分析
案例分享
案例一
Infinium HumanMethylation 450 BeadChip芯片分析结直肠癌全基因组甲基化模式[1]
使用Infinium HumanMethylation450 BeadChip 在22对结肠直肠癌(CRC)、癌旁组织和19个健康人的直肠组织样本中进行全基因组的DNA甲基化分析,鉴定到15667个与结肠直肠癌相关的甲基化位点。通过分析确定了SND1, ADHFE1, OPLAH, TLX2, C1orf70, ZFP64, NR5A2和 COL4A几个可靠的甲基化标记,且在大样本得到验证,有望作为结直肠癌的诊断标志物。
参考文献
[1]Naumov, V. A., E. V. Generozov, N. B. Zaharjevskaya, D. S. Matushkina, A. K. Larin, S. V. Chernyshov, M. V. Alekseev, Y. A. Shelygin and V. M. Govorun. "Genome-Scale Analysis of DNA Methylation in Colorectal Cancer Using Infinium Humanmethylation450 Beadchips." Epigenetics 8, no. 9 (2013): 921-34.
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