基因表达谱PCR芯片（PCR Arary）

一块芯片同时分析与主题相关的几十到几百个基因
中低密度DNA芯片的通量，实时荧光PCR的定量定质



准确、方便、快捷
——表达谱PCR芯片

什么是PCR芯片？ 为什么要使用PCR芯片？

芯片简介
楚天生物表达谱PCR芯片目前有96孔和384孔两种规格，可以同时对几十到几百个与某一主题相关的基因、miRNA、lncRNA进行表达谱分析。产品采用SYBR实时荧光PCR方法。以96孔PCR芯片为例，基因专一性引物已分别固定在96孔PCR芯片中。您只需要将反转录反应产生的cDNA与PCR master mix混合，再将混合物分配到PCR板的96个孔位，进行实时荧光PCR反应，您就能轻松获得88个相关基因的表达情况。应用两块96孔PCR芯片分别对实验样品和参照样品进行分析，您就能对88个基因的表达进行相对定量。每一块96孔PCR芯片设有6个参比基因（看家基因）对照，以方便您选择在您的实验或生理条件下稳定表达的参比基因，用于基因表达相对定量。每一块PCR芯片还设有一个PCR正对照，一个基因组DNA对照。PCR正对照用于质控PCR反应, 基因组DNA对照用于检测纯化的RNA样品中可能存在的残余基因组DNA。

Gene1	Gene9	Gene17	Gene25	Gene33	Gene41	Gene49	Gene57	Gene65	Gene73	Gene81	HK1
Gene2	Gene10	Gene18	Gene26	Gene34	Gene42	Gene50	Gene58	Gene66	Gene74	Gene82	HK2
Gene3	Gene11	Gene19	Gene27	Gene35	Gene43	Gene51	Gene59	Gene67	Gene75	Gene83	HK3
Gene4	Gene12	Gene20	Gene28	Gene36	Gene44	Gene52	Gene60	Gene68	Gene76	Gene84	HK4
Gene5	Gene13	Gene21	Gene29	Gene37	Gene45	Gene53	Gene61	Gene69	Gene77	Gene85	HK5
Gene6	Gene14	Gene22	Gene30	Gene38	Gene46	Gene54	Gene62	Gene70	Gene78	Gene86	HK6
Gene7	Gene15	Gene23	Gene31	Gene39	Gene47	Gene55	Gene63	Gene71	Gene79	Gene87	PPC
Gene8	Gene16	Gene24	Gene32	Gene40	Gene48	Gene56	Gene64	Gene72	Gene80	Gene88	GDC

图：96孔PCR芯片格式。Gene1-Gene88为与某一主题相关的基因；HK1-HK6孔包含了6个参比基因，用于PCR 芯片数据的标准化；PPC孔是阳性PCR对照，用于质控PCR反应；GDC孔为基因组DNA对照，其中固定的引物用于检测纯化的RNA样品中可能存在的残余基因组DNA。

芯片的用途
l对某一信息通道（如细胞凋亡信息通道）的相关基因进行表达谱分析。
l对某一疾病（如 II型糖尿病）的相关基因进行表达谱分析。
l对某一生物性状（如水稻品质）的相关基因进行表达谱分析。
l通过 DNA 芯片或其它手段锁定几十个目标基因，需要通过定量PCR 进验证。
l比较不同实验条件或不同生理条件下几十个感兴趣的基因的表达谱的变化。
l通过现代实验方法如 siRNA沉默技术抑制某个功能基因的表达，或通过表达载体引入一个功能基因，分析几十个感兴趣的基因的表达谱的变化。
l对细菌、病毒等病原体的多种基因及寄主与之相互作用的基因的表达谱分析。

l对全球各实验室积累的大量基因表达数据进行有针对性的统计分析，提出科学假设，找出跟假设相关的几十个基因，应用 PCR芯片进行验证。

l确定microRNA 的靶基因。-NEW!
l长链非编码RNA表达谱分析。-NEW!
lmiRNA定量分析。-NEW!

芯片的优越性：应用PCR芯片能为我的实验带来哪些好处？
l l与DNA芯片相比：

采用实时荧光PCR方法，线性范围宽、可以直接定量、结果可靠。
ll 与普通RT-PCR相比：

省去了引物设计、合成、验证和逐一分配到PCR板上的步骤，大大优化您的工作效率。

芯片产品有什么特点和优势？

楚天生物PCR芯片的特点
聚焦主题 —按主题选择几十到几百个基因，聚焦您的研究主题。
楚天生物提供一些主题的PCR芯片现货产品，参见现货产品目录；您也可以根 据需要定制您感兴趣的主题PCR芯片。
操作便捷 —只需混合PCR Master Mix、cDNA 及ddH2O并分配上板，仅用30分钟手动时 间，真正为研究者带来方便。
结果可靠 —引物经过精心设计，产品经过反复验证，生产质检严格控制，数据分析细致严 谨。
反应迅速 —国内唯一一家自主研发PCR芯片的厂家，现货1周发货，定制2-4周发 货，芯片服 务可在一个月内完成。

楚天生物PCR芯片的引物设计有什么特点？

l 引物设计涵盖该基因的所有转录本，完整定量一个基因的表达；
l 引物不含SNP位点，不会因为个体基因多样性而导致定量差别；
l 引物不在基因组重复序列；
l 引物专一性得到BLAST分析的验证，绝大多数引物在目标序列与非目标序列相差3个碱基以上；
l 绝大多数引物设计跨越了剪接区域，避免RNA样品中残余的基因组DNA对体系的影响。

楚天生物PCR芯片的性能如何？


a) PCR芯片性能优势：灵敏度高
使用总量为500ng~2ug的RNA进行反转录，得到的cDNA稀释3~5倍后平均分配到PCR芯片孔位中，通过阳性信号率（可检测到的基因占总目的基因的比例）来检测PCR芯片灵敏度。表1和表2显示：提供检测数据的24位客户，使用不同主题PCR芯片，平均阳性信号率（percentage of positive calls，以Ct < 38为基准）大于90%。
b) PCR芯片性能优势：重复性好
以下实验数据的公开经过客户杭州师范大学吴教授同意。为保护客户隐私，基因标识用序号代替。
确定2组不同的小鼠稀毛相关基因，定制两组PCR芯片，每组88个目标基因，共176个目标基因。实验样本为6只正常小鼠（对照组），6只稀毛小鼠（实验组），每只小鼠测定2组基因，每个基因三次技术重复，共计PCR芯片72板，分别进行实验。主要从两个方面验证PCR芯片重复性：
1） PCR阳性对照（PPC）：在PCR芯片中加入质控指标PPC有两个目的。一是检测RNA样品中是否含有PCR抑制剂，另外一个就是检测组间的重复性。PPC孔位中包含与所检测物种无同源性、人为设计的DNA片段，同时加入扩增该DNA片段所需的引物。实验结果显示：应用小鼠稀毛相关主题PCR芯片进行检测， 72次独立实验PPC的Ct值均集中在26.74±0.47。表明PCR芯片在各个独立实验间的重复性准确可靠。
2） 技术重复：实验样本为6只正常小鼠（正常组）和6只稀毛小鼠（实验组），每只小鼠测定2组基因，每个基因三次技术重复（每板96孔PCR芯片共检测96个基因，两组PCR芯片共检测192个基因）。结果显示：12个样本、192个基因Ct值变异系数在6.3%以下，Tm值变异系数在1.85%以下。

c) PCR芯片性能优势：不同批次实验的Tm值稳定
Tm值置信区间：楚天生物建立了引物数据库，通过大量客户服务累积的数据，针对每个引物统计出其每次扩增产物的Tm值，通过统计学算法计算出每个Tm值的置信区间。
下图为人CCL2基因在不同时间、不同批次进行的121次实验的Tm值，根据历次Tm值确定该引物扩增片段Tm值置信区间为81.51~82.18，121次实验中仅有4次实验超出该置信区间，Tm值非常稳定。

楚天生物如何克服RNA样本中残余的基因组DNA对分析结果的影响？
l 样本纯化过程中，采用DNA酶处理
l 绝大多数引物设计跨越内含子或外显子与内含子交界处，只扩增成熟mRNA

楚天生物PCR芯片的生产过程可靠吗？
l 技术质控
每一块96孔PCR芯片设有6个参比基因（看家基因）对照，以方便您选择在您的实验或生理条件下稳定表达的参比基因，用于基因表达相对定量;
每一块PCR芯片还设有一个PCR正对照，一个基因组DNA对照。PCR正对照用于质控PCR反应, 基因组DNA对照用于检测纯化的RNA样品中可能存在的残余基因组DNA。
l 生产过程控制
生产管理：建立了专用数据库管理上万对引物库存，确保所有引物准确、快速、有效地使用
生产前:所有引物原材料入库前均采用超微量分光光度计测量OD 260/280值，并用实时荧光 定量PCR仪检定其扩增效率和专一性，完成检测后才能编号入库
生产时：采用进口自动移液器精确分配引物到相应位置
出厂时：通过PCR质检验证，确保产品可靠性

芯片获得准确的实验数据？

芯片对仪器设备有什么要求？
我们将根据您实验室的实时荧光定量PCR仪型号提供相应规格的PCR芯片。仪器操作过程和一般RT PCR相同。详情请参照产品使用说明书。
常见适配仪器：
Roche 480/480II ABI7000/7300/7500/7700/7900HT Bio-Rad iQ5 Stratagene Mx3000p

使用PCR芯片前样本的预实验

在使用本产品前，需要对样本进行预实验，以确保样本可以用于表达谱PCR芯片检测。楚天生物PCR芯片服务的样本预实验流程如下，用户可作参考：
a) 抽提样本RNA，用DNA酶消化基因组残余DNA
b) 使用超微量分光光度计测定样本RNA浓度和纯度
c) 反转录成cDNA后，用实时荧光PCR分析高、中、低表达的3个看家基因在各样本中的表达情况是否正常，同时分析基因组DNA残留情况。如3个看家基因表达情况符合预期，且基因组DNA Ct值>35，认为样本中基因组DNA残余量对实验结果不造成影响。

芯片的实验操作流程
a) 提取样本的总RNA；（用来反转录的RNA量建议控制在100ng～2ug之间）
b) 有条件的用户可以用DNA酶消化残余基因组DNA、采用超微量分光光度计检测RNA质量
c) 将RNA 反转录为 cDNA；（建议使用楚天生物mRNA反转录试剂盒）
d) Real-Time PCR 检测；（建议使用楚天生物SYBR Master Mix)
e) 数据分析。（使用免费的楚天生物PCR 芯片数据分析软件进行数据分析）

该产品有配套的实验结果分析软件吗？如何获得？
您可以将数据直接发送给我们，由我们为您进行数据分析并提供数据处理结果。如您需要，也可以致电0519-89886883，楚天生物免费提供PCR 芯片数据分析软件。

楚天生物的数据分析可靠吗？
楚天生物的数据分析在△△Ct法给出差异倍数和P值的基础上，还需考虑以下因素：
a) 分析6个看家基因的Ct值和Tm值，从中选择若干个稳定表达的看家基因作为参比
b) 根据Tm值置信区间对所有基因的扩增过程进行质控
c) 若GDC小于35，需判断基因组DNA对各基因表达的影响，并给出数据可信度，提高数据分析可靠性

楚天生物有我感兴趣的PCR芯片吗？

楚天生物按基因主题提供现货PCR芯片，您也可以根据实际需要定制PCR芯片。

现货产品目录

表达谱PCR芯片现货产品目录
产品编号	产品类别	物种	基因选择依据
PA1	细胞凋亡（appotosis）	人	细胞凋亡，DNA损伤，细胞凋亡的诱导，正调控和负调控的相关基因。
PA2	II型糖尿病	人	胰岛素的分泌及胰岛素分泌的正调控和负调控，胰岛素受体的结合，胰岛素受体信号通道，和细胞对胰岛素刺激的反应
PA3	药物代谢	人	phase I 和phase II 药物代谢以及药物转运的相关基因
PA4	肿瘤信息通道标志基因（cancer pathway signature genes）	人	TGF-b, MAPK, PI3K, Wnt, JAK-STAT, 和VEGF信息通道，每条肿瘤信息通道具有8至26个标志基因
PA5	肿瘤信息通道（cancer pathways）	人	与细胞凋亡，细胞周期，DNA修复，血管形成以及肿瘤细胞转移的相关基因
PA6	干细胞	人	干细胞特异基因，以及与干细胞分裂，分化和干性的维护相关的基因
PA7	癌基因和抗癌基因	人	癌基因，抗癌基因，以及维护细胞DNA稳定性的相关基因
PA8	肿瘤耐药性相关基因	人	肿瘤耐药性相关基因
PA9	应激（stress）	人	高温，低氧，高过氧化物，炎症导致的应激相关基因以及相关的信号通道基因
PA10	缺氧标志基因（hypoxia gene signature）	人	缺氧标志基因
PA11	细胞周期	人	细胞周期相关基因
PA12	转录因子	人	转录因子基因
PA13	炎症细胞因子和受体	人	炎症反应所涉及的趋化因子、细胞因子、白细胞介素，以及它们的受体
PA14	趋化因子和受体	人	趋化因子和受体基因
PA15	血管新生（angiogenesis）	人	血管新生相关基因
续上表
产品编号	产品类别	物种	基因选择依据
PA18	钙离子信号通道	人	钙离子信号转导相关基因
PA19	ErbB 信号通道	人	ErbB信号转导相关基因
PA20	MAPK 信号通道	人	与MAPK信号转导相关基因
PA21	TGF-β信号通道	人	TGF-β信号转导相关基因
PA22	VEGF 信号通道	人	VEGF信号转导相关基因
PA28	阿尔茨海默病(Alzheimer's disease )	人	阿尔茨海默病相关基因
PA30	亨廷顿氏舞蹈病(Huntington's Disease)	人	亨廷顿氏舞蹈病相关基因
PA31	Wnt信号通路	人	经典Wnt信号通路、非经典Wnt信号通路及相关信号通路关键基因
毒理信息通道PCR芯片
PA10011	分子毒理信息通道查找芯片（Molecular ToxPathFinder PCR Array）	人	细胞凋亡通路， DNA损伤修复通路，免疫毒性通路，线粒体能量代谢通路，氧化应激通路，内质网应激通路相关基因
PA10012	细胞死亡信息通道查找芯片（cell death ToxPathFinder PCR Array）	人
PA10013	应激反应信息通道查找芯片（Stress ToxPathFinder PCR Array）	人

定制芯片
我们根据客户需要生产定制PCR芯片。您可以通过以下方式定制芯片：
a) 在目录产品的基础上更换您感兴趣的基因。
b) 根据您感兴趣的主题和需求，我们为您从头设计PCR芯片。
☆ 为方便客户选择，我们根据现有研究，整理了以下定制主题的基因列表供客户参考：

Synthesis of DNA

Cell Cycle Checkpoints

Metabolism of amino acids and derivatives

Metabolism of carbohydrates

Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA

Eukaryotic Translation Initiation

Signaling by Insulin receptor

Neurotransmitter Receptor Binding And Downstream Transmission In The Postsynaptic Cell

Integration of energy metabolism

Signalling by NGF

Signaling by EGFR

Signaling by PDGF

NGF signalling via TRKA from the plasma membrane

Signaling by FGFR

Cell surface interactions at the vascular wall

Generic Transcription Pathway

L1CAM interactions

GPCR downstream signaling

Transport of glucose and other sugars, bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds

Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides

Mitotic M-M/G1 phases

Mitotic G1-G1/S phases

GPCR ligand binding

RNA Polymerase I, RNA Polymerase III, and Mitochondrial Transcription

Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism

Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK

Nonsense-Mediated Decay

Class I MHC mediated antigen processing & presentation

Factors involved in megakaryocyte development and platelet production

Signaling by FGFR in disease

Signaling by ERBB2

Signaling by ERBB4

PIP3 activates AKT signaling

Potassium Channels

Signaling by SCF-KIT

Glycosaminoglycan metabolism

Signaling by EGFR in Cancer

MHC class II antigen presentation

DAP12 interactions

MPS IX - Natowicz syndrome

MPS IIIB - Sanfilippo syndrome B

MPS VI - Maroteaux-Lamy syndrome

MPS IV - Morquio syndrome A

MPS IIIC - Sanfilippo syndrome C

MPS VII - Sly syndrome

MPS II - Hunter syndrome

MPS I - Hurler syndrome

MPS IIID - Sanfilippo syndrome D

MPS IIIA - Sanfilippo syndrome A

MPS IV - Morquio syndrome B

Long noncoding RNA PCR芯片 —NEW!

细菌耐药性PCR芯片1 —NEW!

细菌耐药性PCR芯片2 —NEW!

microRNA PCR芯片 —NEW!

MicroRNA 靶基因PCR芯片　—NEW!

注：定制PCR芯片从12板开始起订。

芯片中的基因是如何确定的？
楚天生物每一个主题芯片都结合了来自美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库、Gene Ontology数据库的基因功能信息、KEGG Pathway数据库的代谢通路信息、CoMeTa Targets数据库基因共表达信息、IntAct分子作用数据库信息、Disease Ontology人类疾病数据库、Reactome信息通路数据库等信息，同时结合相关领域文献报道，精心挑选更合适的基因组合作为检测列表，基因选择更加科学、合理。我们也会征求专家意见和聆听用户反馈，根据实际需要修改其中的基因。

如何定制芯片？
定制芯片的流程如下：
a) 确定PCR芯片主题，样品物种；
b) 选择PCR芯片格式，提供四种PCR芯片定制格式类型；
c) 输入目标基因ID，或告诉我们您要求包含的目标基因，由我们为您查找；

d) 下单定制相关主题PCR芯片。

楚天生物能否提供PCR芯片配套服务？

如有需要，我们可以为客户提供完整的PCR芯片配套服务，包括样品纯化、样品分析、数据分析,样品分析使用Roche LightCycler 480II实时荧光定量PCR仪。
★ 接受的样本类型：组织、细胞、全血或RNA。

配套试剂/服务价格

PCR芯片价格 （元）
现货PCR芯片	2板	6板	12板	更多
	2600	6750	11760	询价
定制PCR芯片	1300/板，定制PCR芯片从12板开始起订。

PCR芯片价格+服务价格 （元）
现货PCR芯片	2板	6板	12板	更多
	5800	16350	30960	询价
定制PCR芯片	2900/板，定制PCR芯片从12板开始起订。

配套试剂价格 （元）
产品编号	产品名称	产品规格	单价
CTB101	mRNA反转录试剂盒	20ul*20个反应	320
CTB103	SYBR MasterMix	20ul*100个反应	360

江苏楚天生物科技有限公司
地址：江苏省常州市国家高新区科勒路1号综合楼4楼
咨询电话：0519-89886883
传真：0519-89886883-810
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该产品仅限于科学研究用。