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转录组和蛋白质组相关性分析
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武汉华美生物使用先进的高通量技术,可以在各个层次最大限度挖掘转录组水平和蛋白组水平的相互关联,为寻找biomarker、mRNA和(或)蛋白质存在的可靠性、阐述复杂的生命活动机制增加更有力的证据。
现可提供的转录组和蛋白质组相关性分析如下:
1、基因分别在基因组、转录组、蛋白质组层次的定性关联分析
通过这种“全景式”的分析比较,可实现期间的互补和整合、对生物体中基因及其表达产物的全方位分析。
2、转录组、蛋白质组样品间表达量变化关联分析
我们全面分析两个层次基因上下调关系(如mRNA和蛋白表达量变化一致且显著、mRNA和蛋白表达量变化一致且不显著、mRNA和蛋白表达量变化相反)(如图1),更细致的为您呈现其中的转录翻译调控机制。
图1:转录组&蛋白质组表达量变化关联分析
3、转录组、蛋白质组等不同层次表达模式聚类分析。
即从整体上观测各层次的差异基因聚类情况。
4、差异蛋白/mRNA的Pathway分析
按照2中对mRNA和蛋白表达量变化的不同状态(如图1),分别对其做Pathway通路分析,试图找出一些具有意义的基因。
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文献和实验转录组+蛋白质组整合分析:如何助力更深机制探索,让科研不再难?
讲师介绍: 夏红蕾 毕业于上海交通大学,有多年的科研技术服务经验,专注于蛋白组学、代谢组学研究领域。在课题设计、技术应用和问题处理方面具有多年丰富的实战经验,服务过 300 多家单位,协助客户发表多篇文章。 课程介绍: 1. 转录组+蛋白质组的联合价值和发文趋势。 2. 经典案例解析,手把手教你数据挖掘。 3. 转录组+蛋白质组方案设计演示及注意事项。
今天,我们从真实数据出发,利用已发表文献中的数据进行实战。如何找到 GSEA 所需要的数据?我们选择的文献是安秀丽老师团队最近在 Blood 上发表的一篇题为《Identification and transcriptome analysis of erythroblastic island macrophages》的文章。感兴趣的小伙伴可以详细读一下这篇文章,而我们目前要做的就是利用其转录组数据进行 GSEA 分析。首先,我们根据其 GSE 号在 NCBI 中的 GEO 数据库中找到该文
:首先构建两个用来读写 tsv 文件(table 键分隔的文件,TCGA 数据集以这种格式存储)的函数。非常简单,就是封装了一下 R 本身自带的 write.table 与 read.table 函数。因为我并没有看到 R 自带 tsv 文件处理的函数,所以封装了这两个函数,用起来更方便。构建一个函数来实现展示基因表达量相关性的功能,它主要完成 3 件事情,根据输入参数提取出进行分析的数据集,将这个数据集作为参数传入 corrgram 函数,然后将生成的图形输出。corrgram() 函数自动会对传入







