高通量测序-细菌转录组

转录组测序

转录组（Transcriptome），也称为“转录物组”，广义上指在相同环境（或生理条件）下的一个细胞、组织或生物体中出现的所有RNA的总和，包括信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）及非编码RNA；狭义上则指细胞所能转录出的所有mRNA。
从基因组层面来看，不考虑突变，在给定的细胞中基因组的碱基数量和组成基本上是不变的，遗传信息也是相对稳定的；而转录组则可随着外部环境条件的变化而有所改变。转录组学或转录组研究，则是在某一个或某一种特定的细胞群在特定的环境条件和发育阶段上所有转录物的变化情况。从RNA水平上研究基因表达变化的方法有多种，如定量PCR，基因芯片等，通过使用新一代测序技术来研究转录组，则被称为“RNA-Seq”。
RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集，然后反转录为cDNA后进行的新一代高通量测序，在此基础上进行片段的拼接组装，从而可得到一个个的转录本，进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。进一步说，若和不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较，则可以在转录层面得到基因表达水平的变化——这就形成了表达谱，针对关键基因则可以形成你所想要的代谢通路（Pathway）的构建。
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品的量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。