标准CUT&Tag实验流程

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种新兴的染色质分析技术，凭借其高分辨率、极低背景以及对细胞数量需求小的显著优势，取代ChIP-seq成为表观遗传研究的主流方法。该技术通过Protein A/G融合转座酶Tn5介导的原位切割与接头连接，实现对转录因子、组蛋白修饰等蛋白-DNA相互作用的精准捕获。相较ChIP-seq方法，CUT&Tag不仅操作更为简便，而且文库构建效率更高，特别适用于珍贵样本和单细胞级别的研究。详细梳理标准CUT&Tag实验流程，是科研人员快速理解并落地该技术的实际课题。

 

一、实验原理概述

CUT&Tag通过使用靶向特定蛋白的抗体与融合了Protein A/G的Tn5转座酶（pA-Tn5），在结合蛋白的DNA周围完成原位切割与接头连接。随后直接进行文库扩增和测序，实现高通量分析。

 

二、标准CUT&Tag实验流程

1、细胞固定和制备（可选）

 

（1）是否固定？

可选择是否交联固定（如用1%甲醛），但通常CUT&Tag使用未固定细胞以保留染色质的原生状态。

 

（2）细胞类型与数量

推荐使用5,000~100,000个细胞，对稀有细胞群也非常友好。

 

（3）细胞包被磁珠

将细胞用Concanavalin A磁珠包被，利于后续洗涤步骤。

 

2、细胞通透化

使用Digitonin或NP-40轻度通透化细胞膜，使抗体与染色质靶点结合。

 

3、一抗孵育

加入特异性一抗（针对目标蛋白，如H3K27me3、CTCF等），在4°C下孵育2小时或过夜，实现特异性结合。

 

4、二抗孵育

加入适用于一抗宿主的二抗（如Rabbit IgG的抗兔二抗），用于后续pA-Tn5结合增强。

 

5、pA-Tn5转座酶孵育

加入预装接头的Protein A/G-Tn5转座复合物，在4°C下孵育，确保Tn5定位于抗体结合区域。

 

6、启动切割与接头连接反应

加入Mg²⁺缓冲液，激活Tn5酶活，在目标区域进行原位切割与接头整合（tagmentation），反应时间一般为1小时。

 

7、DNA提取

利用蛋白酶K裂解蛋白，结合酚/氯仿抽提或纯化柱提取DNA片段。

 

8、文库扩增与质检

（1）使用PCR对接头化片段进行扩增，常用10~15个循环；

（2）使用Agilent Bioanalyzer或Qubit检测片段分布和浓度。

 

9、高通量测序

可选用Illumina平台进行双端测序（PE50或PE75）；通常可获得百万级别的有效reads，数据质量高，背景噪音低。

 

三、数据分析简要流程

1、数据质控（FastQC、Trim Galore去接头）

2、比对（Bowtie2，允许较少mismatch）

3、峰值识别（MACS2）

4、注释与可视化（ChIPseeker、deepTools）

5、差异分析（DiffBind等）

 

四、CUT&Tag vs. ChIP-seq：优势对比

 

五、百泰派克生物科技CUT&Tag服务优势

在百泰派克生物科技，我们提供一站式CUT&Tag实验与测序服务，包括：

1、高质量样本处理（支持极低细胞量）

2、高通量Illumina平台测序

3、多种表观蛋白靶标抗体可选

4、全流程数据分析与可视化报告

5、可定制差异分析与联合转录组、多组学挖掘

 

CUT&Tag相较于ChIP-seq具有样本量少、信噪比高、背景低、分辨率高等优势，已成为表观遗传学研究的主流方法之一。百泰派克生物科技采用优化版CUT&Tag流程，确保数据重复性与解析深度，适用于表观修饰图谱构建、转录调控网络分析、肿瘤表观异质性研究等前沿应用场景。如您正在探索表观调控机制、构建高精度染色质图谱，欢迎联系百泰派克生物科技获取更详细的服务方案与技术资料。我们致力于通过前沿多组学平台，助力您的科研突破。

 

 

 

百泰派克生物科技特色项目

 

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

 

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

 

 

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

 

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

 

 

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

 

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

 

 

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

 

 

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

 

 

百泰派克生物科技七大检测平台

 

 

 

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!