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- 10x 单细胞转录组不含分析
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- 2025年09月25日
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10x Genomics 平台运用先进微流控技术，先高效分选单个细胞，再将其与带有独特 barcode 和引物的凝胶珠共同包裹于油滴。在油滴中，凝胶珠溶解并释放反转录 oligo，细胞裂解释放 mRNA，经 3’ WTA 技术生成带 barcode 的 cDNA。破坏油层回收 cDNA 后进行文库构建与测序，即可一次性获取大量单细胞基因表达数据，实现对大量细胞的高效标记、测序和分析，快速得到单细胞水平的基因表达谱及差异表达信息。深入剖析复杂细胞群体，可绘制大规模单细胞表达图谱，为研究细胞异质性、发育轨迹及疾病机制提供有力支撑。
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文献和实验案例分析：单细胞转录组学揭示CCN2在膝关节纤维化中如何调控成纤维细胞与巨噬细胞的相互作用
文章标题：CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 发表杂志：Bone Res 影响因子：IF=14.3 发表时间：2025年2月 应用技术：10x 单细胞3’端转录组测序（n=6） 研究背景：膝关节纤维化是一种以关节内纤维组织过度增生为特征的病理状态，常导致关节僵硬和功能障碍。成纤维细胞和巨噬细胞在纤维化过程中扮演关键角色，但其相互作用机制尚未完全阐明。 实验设计：对3名膝关节纤维化患者（AF组）和3名阴性对照组（NC组）的滑膜组织进行了流式细胞术（FCM）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。
Nat Methods 2020 年度技术方法：空间转录组到底是什么，怎么做，怎么用
的 Spatial Transcriptomics 公司。后者开发的空间转录组技术综合了显微成像技术和转录组测序技术，能够从一片完整的冰冻组织切片中，获取切片上不同位置细胞中的完整转录组数据。最初，该技术的分辨率为 100 微米，也就是在一个测序单元内包含几十个细胞。随后，10x Genomics 对该技术进行了优化，使其分辨率精确到 55 微米，即一个单元内可能有 1-10 个细胞。据悉，10x Genomics 的目标是打造单细胞空间转录组，也就是将分辨率提高到一个单元内只含有一个细胞的水平。 图片来源
10X TBE BUFFER 3 Liters 324 g Tris base 165g Boric acid 120mls 0.5M EDTA (pH 8.0) autoclave for 20 min 2 Liters 216g Tris base 110g Boric acid 80mls 0.5M EDTA (pH 8.0) autoclave
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息，了解细胞在空间背景下的异质性。
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