ChIRP（染色质分离纯化）实验

▶ 服务介绍

        ChIRP-WB（Chromatin Isolation by RNA Purification-Western Blot）是一种靶向验证RNA与蛋白互作关系的技术，通过联合探针Pulldown共沉淀与Western Blot检测，明确目的RNA与候选蛋白在特定细胞或组织内的相互作用。其核心价值在于验证ChIRP-Mass等高通量技术筛选出的互作蛋白，或研究不同实验条件下RNA-蛋白互作的动态变化，是RNA调控机制研究中的关键验证工具。

        ChIRP-seq（Chromatin Isolation by RNA Purification followed by sequencing）是一种用于研究RNA与染色质相互作用的高通量测序技术，主要通过特异性探针捕获目标RNA（如lncRNA、circRNA），并结合测序分析其在全基因组范围内的结合位点及互作分子。该技术可同时解析RNA、DNA与蛋白质三者的互作关系，是揭示细胞核内非编码RNA（ncRNA）生物学机制的关键手段。

        ChIRP-qPCR是ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）技术与qPCR（定量聚合酶链反应）相结合的实验方法，主要用于研究RNA与DNA之间的相互作用，可在基因组水平上获得转录调控RNA（如增强子RNA，eRNA）调控的下游靶基因，并结合qPCR研究结合调控强度。该技术利用生物素标记的RNA互补探针特异性结合目标RNA，捕获与其结合的DNA染色体片段，经纯化后通过qPCR对特定DNA序列进行定量分析，从而确定RNA与DNA的结合情况及结合程度。

       ChIRP-MS（Chromatin Isolation by RNA Purification-Mass Spectrometry）是一种基于ChIRP技术的蛋白质鉴定方法，主要用于筛选与目标RNA（如lncRNA、circRNA）特异性结合的蛋白质。其核心原理是通过生物素标记的探针靶向捕获RNA-蛋白质复合物，经纯化后利用质谱技术鉴定相互作用蛋白，具有不受RNA长度限制的优势，可广泛应用于RNA结合蛋白的系统性发现。