Shotgun蛋白质测序

Shotgun蛋白质测序是一种广泛应用于蛋白质组学研究的技术，主要用于快速和全面地分析复杂蛋白质混合物。该方法类似于Shotgun基因组测序，旨在通过对复杂样品进行随机消化和分析，以实现对样品中所有蛋白质的识别和定量。Shotgun蛋白质测序的核心在于利用质谱仪对蛋白质酶解产生的多肽片段进行分析。这一技术的应用范围十分广泛，包括基础生物学研究、疾病生物标志物的发现、药物靶点的鉴定以及农业和食品科学等领域。通过Shotgun蛋白质测序，研究人员能够识别和量化大量的蛋白质，揭示其在不同生物系统中的表达水平和变化趋势，这对于理解生物过程的复杂性和动态性具有意义。随着质谱技术的进步和生物信息学工具的开发，Shotgun蛋白质测序已经成为现代蛋白质组学研究中不可或缺的工具。它不仅能够提供高通量的数据，还可以通过精准的定量分析帮助研究人员探索蛋白质功能和生物网络的复杂性。此外，该技术还能够帮助研究人员鉴定新的蛋白质变体和翻译后修饰，从而为疾病机制研究和精准医学提供信息。然而，尽管Shotgun蛋白质测序具有诸多优势，其复杂性和数据解析的挑战也对研究人员提出了更高的要求。

 

一、Shotgun蛋白质测序的技术流程

1、样品制备

首先，复杂蛋白质样品经过提取和纯化，以去除杂质和非蛋白质成分。随后，蛋白质样品被酶解为更小的多肽片段，常用的酶包括胰蛋白酶等。

 

2、质谱分析

多肽片段通过液相色谱与质谱联用技术（LC-MS/MS）进行分离和分析。在这一过程中，多肽片段被离子化，并在质谱仪中产生质荷比（m/z）信息。

 

3、数据解析

获得的质谱数据需要通过生物信息学软件进行解析，以匹配和识别对应的蛋白质。常用的软件工具包括Mascot、MaxQuant等。

 

二、Shotgun蛋白质测序的优势

1、高通量能力

能够同时分析数千种蛋白质，实现全面的蛋白质组谱图。

 

2、定量准确性

利用标记或无标记的定量方法，能够提供蛋白质在不同条件下的准确表达水平。

 

3、多样性分析

能够识别翻译后修饰、蛋白质变体以及低丰度蛋白质，揭示复杂的生物学现象。

 

三、Shotgun蛋白质测序的注意事项

1、样品纯化

确保样品的纯度和浓度，以免影响酶解效率和质谱分析。

 

2、酶解条件

优化酶解条件以获得最佳的多肽片段覆盖率。

 

3、数据质量控制

在数据解析过程中，需进行严格的质量控制以确保结果的可靠性。

 

百泰派克生物科技提供专业的Shotgun蛋白质测序服务，我们的团队具备丰富的经验和深入的专业知识，能够为客户的科研项目提供高质量的解决方案。我们的服务涵盖从样品制备、质谱分析到数据解析的全流程，确保为客户提供高质量、可靠的分析结果。

 

百泰派克生物科技--生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商

 

相关服务：

Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

 

 

百泰派克生物科技特色项目

 

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

 

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

 

 

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

 

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

 

 

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

 

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

 

 

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

 

 

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

 

 

百泰派克生物科技七大检测平台

 

 

 

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北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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