甲状腺癌及其匹配的癌旁组织组合芯片

GUT：国家癌症中心崔巍联合多组学技术团队发表血清代谢组肠癌早筛新机制

：四个研究队列（发现队列、建模队列、验证队列、血清和粪便匹配队列），每个队列中均有不同数量的正常人群（蓝色）、腺瘤（红色）和 CRC 患者（绿色）样本。 2、非靶代谢组分析：血清和粪便样本中提取的代谢物，进行 LC-MS 非靶代谢分析 3、靶向代谢物分析:血清中游离胆汁酸和脱氧胆汁酸 4、宏基因组测序和分类：提取粪便样本 DNA，使用鸟枪法进行宏基因组测序，并进行肠道微生物组的分类和功能分析。 5、空间代谢组分析：9 对人类结直肠组织样本（包括晚期腺瘤或 CRC 以及癌旁组织）进行 AFADESI

杂交测序(sequencing by hybridization，SBH)

上特定位点的碱基特征。所以在实际操作中，杂交必须保证能够区分完全匹配和不完全匹配的探针。如果芯片 上包含72个碱基长度的寡核苷酸探针的所有可能组合和未知的检测DNA序列杂交，理论上，检测核酸任意，1个连续碱基区段都能找到互补的固定探针并与之杂交，称之为完全匹配杂交。其杂交信号比含错配DNA的杂交信号强，根据完全匹配杂交探针的重叠序列排列，重组探针，再现检测核酸的序列，这种方法就是杂交测序。 SBH所选择探针的碱基个数受杂交技术的发展限制，也和所检测的核酸复杂度有关。选择的长度至少必须有一定

差异性甲基化杂交(DMH)

。 2. 样品DNA处理 （1）待测样品基因组片段化：同样经MseII肖化，产生和微阵列相匹配的片段。 （2）连接接头：在片段两头的黏性末端各加上一个接头（1 inker），右斜纹推荐使用H12和H24两个片段。 （3）甲基化敏感的内切酶区分甲基化片段：用甲基化敏感性内切酶BstU Ⅰ/HpaⅡ（因甲基化的C会干扰酶的活性），组合消化去除未甲基化者序列。另外，有些实验使用甲基化依赖的内切酶，结果正好相反，保留了甲基化的序列