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上海旭燃生物科技有限公司
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10x Genomics单细胞转录组测序及数据分析
10x Genomics 作为单细胞转录组测序技术主流平台之一,能实现大规模的单细胞转录组测序,具有细胞通量高、细胞捕获率高、项目周期短等优点,并广泛应用于细胞异质性、免疫细胞群体检测及构建细胞图谱等研究。
2、细胞通量高:每个样本细胞数可达500-10000个;
3、建库周期短:1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库;
4、超高捕获效率:单细胞捕获效率高达65%;
5、真正意义的单细胞:单个液滴捕获到多个细胞的概率极低(0.9%/1000cells);
| 样本类型 | 建议送样量 | 存储介质 | 保存、运输条件 |
| 新鲜组织 | >50mg | 存放于组织保存液中,最多可保存48h,单个样本用量1.5ml即可 | 碎冰运输,冰袋运送注意温度勿过低导致悬液冻结 |
| 单细胞悬液 | >6 x 10^4 | 存放于DPBS中,可添加FBS或BSA保持细胞活性,运输勿超过4h | 碎冰运输,冰袋运送注意温度勿过低导致悬液冻结 |
| 冻存细胞 | >1x10^5 | 存放于细胞冻存液中,细胞冻存液可用DMEM+20%FBS+10%DMSO | -80℃保存,干冰运送,干冰用量按照每天4KG |
| 冻存组织 (此类样本只能选择抽核) |
>50mg | .1.5ml离心管液氮速冻 | -80℃保存,干冰运送,干冰用量按照每天4KG |
| 血样 | >2ml | EDTA抗凝管收集,运输时间24h内 | 碎冰运输,冰袋运送注意温度勿过低导致悬液冻结 |
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文献和实验背景:
SBM作为促进头发健康的补充剂,是由多种中药组成的天然产品。尽管据报道 SBM 可以促进毛发再生,但其分子机制仍不清楚。Macaca fasciulousis是非人类灵长类动物,其基因表达谱与人类相似。本研究的目的是评估 SBM 对促进Macaca fasciulousis毛发再生的作用并揭示其潜在机制。
方法:
对6只Macaca fasciulousis进行人工剃毛,观察SBM对毛发再生的影响。利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)结合定量聚合酶链式反应(qPCR)检测基因转录水平和免疫荧光染色验证蛋白质水平来研究SBM的分子机制。
结果:
SBM显着促进Macaca fasciulousis毛发再生,增加毛囊数量,促进毛囊发育。单细胞RNA显示,具有较高激活状态的毛囊干细胞(HFSC)数量增加,与代谢相关的激活标记物LDHA和增殖标记物MKI67的较高表达证明了这一点。蛋白质水平的免疫荧光分析和mRNA水平的qPCR证实了测序数据。Cellchat 分析揭示了层粘连蛋白相关途径中参与细胞间通讯的配体-受体对的富集。
结论:
SBM显着促进Macaca fasciulousis毛发再生。SBM 可以促进 LDHA 表达并驱动 HFSC 激活。细胞水平分析表明,SBM通过影响HFSC与其他层粘连蛋白相关通路之间的相互作用来促进HFSC的增殖和分化。
https://www.researchsquare.com/article/rs-2861436/v1
https://www.researchsquare.com/article/rs-2861436/v1

随着对细胞生理研究的不断深入,从整体水平分析一个细胞群体内的基因表达已无法满足科研需求,科学家们开始关注单细胞研究。10x Genomics 单细胞 3’端转录组测序及单细胞 V(D)J 测序,利用其微流控芯片技术,能让研究者从一个细胞群体中获得高质量的单细胞表达情况,帮助研究者们更准确的解析单个细胞的行为。10x 单细胞转录组细胞异质性(heterogeneity):同一类型细胞中可以存在很多不同的基因型或者亚型的细胞,因此同一种类型细胞在不同的个体甚至同一个体中存在分子生物学、表型、功能
Nat Methods 2020 年度技术方法:空间转录组到底是什么,怎么做,怎么用
的 Spatial Transcriptomics 公司。后者开发的空间转录组技术综合了显微成像技术和转录组测序技术,能够从一片完整的冰冻组织切片中,获取切片上不同位置细胞中的完整转录组数据。最初,该技术的分辨率为 100 微米,也就是在一个测序单元内包含几十个细胞。随后,10x Genomics 对该技术进行了优化,使其分辨率精确到 55 微米,即一个单元内可能有 1-10 个细胞。据悉,10x Genomics 的目标是打造单细胞空间转录组,也就是将分辨率提高到一个单元内只含有一个细胞的水平。 图片来源
10X TBE BUFFER 3 Liters 324 g Tris base 165g Boric acid 120mls 0.5M EDTA (pH 8.0) autoclave for 20 min 2 Liters 216g Tris base 110g Boric acid 80mls 0.5M EDTA (pH 8.0) autoclave
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