基因调控资料获取

新方法 | 转座子研究新玩法

识辨转录因子靶基因对理解酵母菌转录基因调控网路非常重要。我们开发了一种名叫转座子「名片」的技术，该技术的原理是，通过利用转录因子可调控 Ty5 复古转录酶（Ty5 retrotransposase）将转座子插入与转录因子结合位点相邻的基因中。该方法不仅可以在许多编码转录因子中重复使用，当对大量转录因子进行研究时，还具有降低劳动强度的潜在作用。 原标题：转座子名片技术（Transposon Calling Cards） 本文系丁香园原创内容，转载请注明

基于基因表达谱的基因调控网络研究模型

。酵母双杂交等实验可以高通量地获取蛋白之间相互作用的数据。蛋白质的结合可能是构成蛋白复合体，也可能是参与共同的生物学过程。虽然这些数据和知识不能反映它们的编码基因之间的直接调控关系，但是可以反映基因之间的相互关系，例如，共调控关系、或功能具有相关性等。 基因表达的时空特异性是一个重要特性，空间特异性表现在蛋白质定位在细胞中的不同位置。从蛋白质定位信息出发，可以得出编码位于相同位置的蛋白质编码基因之间的关系，这种关系也可以用于指导基因网络的构建。 以上所有信息都有助于构建基因调控

用好这 12 大公共数据库，没有自己的数据也能发 SCI

丰富，包含很多种变量。 MIMIC 包括 MIMIC-II、MIMIC-III、MIMIC-IV、eICU、PIC（儿科重症）、HIRID 这 6 个数据库，其中使用最多的是 MIMIC-III。 MIMIC-III 是由麻省理工学院计算生理学实验室发布的重症监护数据集，包含有将近数万条 ICU 住院记录，涉及到 ICU、CCU、创伤、心外、神内、新生儿等多个方面。 MIMIC 的使用需要在网页上进行申请，通过伦理考核后才可以获取该数据库的访问权限。一旦通过，数据下载就是免费的。 网址：https