
RNA-seq, 20M reads, 分析
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- 2025年07月08日
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在样本质检合格后60天内交数据。
20M reads质量保证:
- Output of each sample >= 20M PF reads
- %Q30 of control lane >= 80%
- Output of each sample >= 10M PF reads
- %Q30 of control lane >= 80%
生物信息学分析:
1.生物信息分析的概要。SUMMARY OF BIOINFORMATICS ANALYSIS
2.转录本汇总和丰度估算。TRANSCRIPT ASSEMBLY AND ABUNDANCE ESTIMATION
3.检测基因表达的差异度。DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES (DEGS) DETECTION
4.差异表达基因的功能和通路富集分析。GENE ONTOLOGY AND PATHWAY ENRICHMENT ANALYSIS OF DEGS
测序完成后30天交分析报告。
如果有特殊需要(需另外收费),还可以分析:
5.对融合转录本的检测。FUSION TRANSCRIPT DETECTION
6.体细胞突变的估计。FREQUENCY OF SOMATIC MUTATIONS
7.非同意体细胞突变。NON-SYNONYMOUS SOMATIC MUTATIONS
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文献和实验-Whitney检验),T C转化率仍然低于预期的测序错误率(图4c),在没有代谢标记的情况下,用碘乙酰胺处理总RNA并不影响定量基因表达分析 。 图4 SLAm-seq对s4U-标记的转录本进行定量 SLAm-seq可评估增强子的活性 在丰度相对稳定的,具有可比性的转录本中(~100 cpm),T>C reads数在特定转录本之间存在差异(图5a)。ESC特异性转录因子Sox2以及pri-miR-290-295,T>C reads数水平高,而管家基因GDPH T>C reads水平很低。这可能
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