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pKD46大肠敲除质粒

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  • Xybio
  • 上海
  • P0098
  • 2025年07月13日
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    • 保存条件

      -20

    • 保质期

      2年

    • 英文名

      pKD46

    • 库存

      100

    • 供应商

      上海烜雅生物科技有限公司

    • 规格

      干粉/液体

    基本信息
    名称:pKD46大肠敲除质粒
    别称: pKD46
    启动子: araBAD
    复制子: pSC101
    终止子: λ tL3 terminator
    原核抗性: Amp
    克隆菌株: DH5a
    培养条件: 30度
    表达宿主: 大肠杆菌
    诱导方式: 阿拉伯糖


    质粒属性
    载体宿主: 大肠杆菌
    载体用途: 基因敲除
    基因种属:  
    基因类型: Red
    原核抗性: Amp
    真核抗性:  
    荧光蛋白:


    质粒简介
         pKD46质粒是目前应用最广泛的Red同源重组质粒,该质粒含有受阿拉伯糖启动子调控的exo、bet、gam基因,其复制子为低拷贝温敏型复制子,便于质粒的消除。
    与同源重组基因敲除相关的3个酶:
            1、Exo蛋白:Exo蛋白是一种核酸外切酶,单亚基的分子量为24 kD,Exo蛋白的活性形式是一种环状三聚物分子,中间有一中空的通道,通道的一端可容纳双链DNA分子,另一端只可容纳单链DNA。Exo蛋白可结合在双链DNA的末端,从DNA双链的5’端向3’端降解DNA,使DNA分子形成3’粘性末端。
            2、Beta蛋白:Beta蛋白在Red同源重组中起着决定性作用,具有介导互补单链DNA退火的功能,是一种退火蛋白,单亚基的分子量为25.8 kD。在溶液中,Beta蛋白自发地形成环状结构,紧紧地结合在单链DNA的3’突出端,防止DNA被单链核酸酶降解,并介导互补单链DNA的退火。双链DNA退火完成后,Beta蛋白从DNA双链上解离下来。
            3、Gam蛋白:Gam蛋白为16kD的多肽分子,可与RecBCD核酸外切酶结合,抑制其对外源DNA的降解作用,防止外源DNA 进入细胞后被宿主降解。

    质粒图谱
    产品细节图片1

    质粒序列
    LOCUS       Exported                6329 bp ds-DNA     circular SYN 24-JUL-2017
    DEFINITION  synthetic circular DNA
    FEATURES             Location/Qualifiers
         source          1..6329
                         /organism="synthetic DNA construct"
                         /mol_type="other DNA"
         CDS             complement(11..889)
                         /codon_start=1
                         /gene="araC"
                         /product="L-arabinose regulatory protein"
                         /note="araC"
                         /translation="MAEAQNDPLLPGYSFNAHLVAGLTPIEANGYLDFFIDRPLGMKGY
                         ILNLTIRGQGVVKNQGREFVCRPGDILLFPPGEIHHYGRHPEAREWYHQWVYFRPRAYW
                         HEWLNWPSIFANTGFFRPDEAHQPHFSDLFGQIINAGQGEGRYSELLAINLLEQLLLRR
                         MEAINESLHPPMDNRVREACQYISDHLADSNFDIASVAQHVCLSPSRLSHLFRQQLGIS
                         VLSWREDQRISQAKLLLSTTRMPIATVGRNVGFDDQLYFSRVFKKCTGASPSEFRAGCE
                         EKVNDVAVKLS"
         promoter        916..1200
                         /gene="araBAD"
                         /note="araBAD promoter"
                         /note="promoter of the L-arabinose operon of E. coli; the 
                         araC regulatory gene is transcribed in the opposite 
                         direction (Guzman et al., 1995)"
         CDS             1244..1660
                         /codon_start=1
                         /gene="gam"
                         /product="inhibitor of the host RecBCD nuclease in the 
                         lambda Red system"
                         /note="Gam"
                         /note="protects the double-stranded DNA substrate for 
                         recombination"
                         /translation="MDINTETEIKQKHSLTPFPVFLISPAFRGRYFHSYFRSSAMNAYY
                         IQDRLEAQSWARHYQQLAREEKEAELADDMEKGLPQHLFESLCIDHLQRHGASKKSITR
                         AFDDDVEFQERMAEHIRYMVETIAHHQVDIDSEV"
         CDS             1666..2451
                         /codon_start=1
                         /gene="bet"
                         /product="single-stranded DNA binding recombinase in the 
                         lambda Red system"
                         /note="Beta"
                         /note="mediates pairing of a single-stranded DNA with a 
                         complementary target"
                         /translation="MSTALATLAGKLAERVGMDSVDPQELITTLRQTAFKGDASDAQFI
                         ALLIVANQYGLNPWTKEIYAFPDKQNGIVPVVGVDGWSRIINENQQFDGMDFEQDNESC
                         TCRIYRKDRNHPICVTEWMDECRREPFKTREGREITGPWQSHPKRMLRHKAMIQCARLA
                         FGFAGIYDKDEAERIVENTAYTAERQPERDITPVNDETMQEINTLLIALDKTWDDDLLP
                         LCSQIFRRDIRASSELTQAEAVKALGFLKQKAAEQKVAA"
         CDS             2448..3128
                         /codon_start=1
                         /gene="exo"
                         /product="5' to 3' double-stranded DNA exonuclease in the 
                         lambda Red system"
                         /note="Exo"
                         /note="creates 3' single-stranded DNA tails"
                         /translation="MTPDIILQRTGIDVRAVEQGDDAWHKLRLGVITASEVHNVIAKPR
                         SGKKWPDMKMSYFHTLLAEVCTGVAPEVNAKALAWGKQYENDARTLFEFTSGVNVTESP
                         IIYRDESMRTACSPDGLCSDGNGLELKCPFTSRDFMKFRLGGFEAIKSAYMAQVQYSMW
                         VTRKNAWYFANYDPRMKREGLHYVVIERDEKYMASFDEIVPEFIEKMDEALAEIGFVFG
                         EQWR"
         terminator      3129..3373
                         /note="lambda tL3 terminator"
                         /note="transcription terminator tL3 from phage lambda"
         CDS             complement(3496..4446)
                         /codon_start=1
                         /gene="rep101"
                         /product="RepA protein needed for replication with the 
                         pSC101 origin"
                         /note="Rep101"
                         /translation="MSELVVFKANELAISRYDLTEHETKLILCCVALLNPTIENPTRKE
                         RTVSFTYNQYAQMMNISRENAYGVLAKATRELMTRTVEIRNPLVKGFEIFQWTNYAKFS
                         SEKLELVFSEEILPYLFQLKKFIKYNLEHVKSFENKYSMRIYEWLLKELTQKKTHKANI
                         EISLDEFKFMLMLENNYHEFKRLNQWVLKPISKDLNTYSNMKLVVDKRGRPTDTLIFQV
                         ELDRQMDLVTELENNQIKMNGDKIPTTITSDSYLRNGLRKTLHDALTAKIQLTSFEAKF
                         L-SDMQSKYDLNGSFSWLTQKQRTTLENILAKYGRI"
         rep_origin      4494..4716
                         /note="pSC101 ori"
                         /note="low-copy replication origin that requires the Rep101
                         protein"
         CDS             complement(5338..6198)
                         /codon_start=1
                         /gene="bla"
                         /product="beta-lactamase"
                         /note="AmpR"
                         /note="confers resistance to ampicillin, carbenicillin, and
                         related antibiotics"
                         /translation="MSIQHFRVALIPFFAAFCLPVFAHPETLVKVKDAEDQLGARVGYI
                         ELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYS
                         PVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRW
                         EPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSA
                         LPAGWFIADKSGAGERGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGAS
                         LIKHW"
         promoter        complement(6199..6303)
                         /gene="bla"
                         /note="AmpR promoter"
    ORIGIN
            1 catcgattta ttatgacaac ttgacggcta catcattcac tttttcttca caaccggcac
           61 ggaactcgct cgggctggcc ccggtgcatt ttttaaatac ccgcgagaaa tagagttgat
          121 cgtcaaaacc aacattgcga ccgacggtgg cgataggcat ccgggtggtg ctcaaaagca
          181 gcttcgcctg gctgatacgt tggtcctcgc gccagcttaa gacgctaatc cctaactgct
          241 ggcggaaaag atgtgacaga cgcgacggcg acaagcaaac atgctgtgcg acgctggcga
          301 tatcaaaatt gctgtctgcc aggtgatcgc tgatgtactg acaagcctcg cgtacccgat
          361 tatccatcgg tggatggagc gactcgttaa tcgcttccat gcgccgcagt aacaattgct
          421 caagcagatt tatcgccagc agctccgaat agcgcccttc cccttgcccg gcgttaatga
          481 tttgcccaaa caggtcgctg aaatgcggct ggtgcgcttc atccgggcga aagaaccccg
          541 tattggcaaa tattgacggc cagttaagcc attcatgcca gtaggcgcgc ggacgaaagt
          601 aaacccactg gtgataccat tcgcgagcct ccggatgacg accgtagtga tgaatctctc
          661 ctggcgggaa cagcaaaata tcacccggtc ggcaaacaaa ttctcgtccc tgatttttca
          721 ccaccccctg accgcgaatg gtgagattga gaatataacc tttcattccc agcggtcggt
          781 cgataaaaaa atcgagataa ccgttggcct caatcggcgt taaacccgcc accagatggg
          841 cattaaacga gtatcccggc agcaggggat cattttgcgc ttcagccata cttttcatac
          901 tcccgccatt cagagaagaa accaattgtc catattgcat cagacattgc cgtcactgcg
          961 tcttttactg gctcttctcg ctaaccaaac cggtaacccc gcttattaaa agcattctgt
         1021 aacaaagcgg gaccaaagcc atgacaaaaa cgcgtaacaa aagtgtctat aatcacggca
         1081 gaaaagtcca cattgattat ttgcacggcg tcacactttg ctatgccata gcatttttat
         1141 ccataagatt agcggatcct acctgacgct ttttatcgca actctctact gtttctccat
         1201 acccgttttt ttgggaattc gagctctaag gaggttataa aaaatggata ttaatactga
         1261 aactgagatc aagcaaaagc attcactaac cccctttcct gttttcctaa tcagcccggc
         1321 atttcgcggg cgatattttc acagctattt caggagttca gccatgaacg cttattacat
         1381 tcaggatcgt cttgaggctc agagctgggc gcgtcactac cagcagctcg cccgtgaaga
         1441 gaaagaggca gaactggcag acgacatgga aaaaggcctg ccccagcacc tgtttgaatc
         1501 gctatgcatc gatcatttgc aacgccacgg ggccagcaaa aaatccatta cccgtgcgtt
         1561 tgatgacgat gttgagtttc aggagcgcat ggcagaacac atccggtaca tggttgaaac
         1621 cattgctcac caccaggttg atattgattc agaggtataa aacgaatgag tactgcactc
         1681 gcaacgctgg ctgggaagct ggctgaacgt gtcggcatgg attctgtcga cccacaggaa
         1741 ctgatcacca ctcttcgcca gacggcattt aaaggtgatg ccagcgatgc gcagttcatc
         1801 gcattactga tcgttgccaa ccagtacggc cttaatccgt ggacgaaaga aatttacgcc
         1861 tttcctgata agcagaatgg catcgttccg gtggtgggcg ttgatggctg gtcccgcatc
         1921 atcaatgaaa accagcagtt tgatggcatg gactttgagc aggacaatga atcctgtaca
         1981 tgccggattt accgcaagga ccgtaatcat ccgatctgcg ttaccgaatg gatggatgaa
         2041 tgccgccgcg aaccattcaa aactcgcgaa ggcagagaaa tcacggggcc gtggcagtcg
         2101 catcccaaac ggatgttacg tcataaagcc atgattcagt gtgcccgtct ggccttcgga
         2161 tttgctggta tctatgacaa ggatgaagcc gagcgcattg tcgaaaatac tgcatacact
         2221 gcagaacgtc agccggaacg cgacatcact ccggttaacg atgaaaccat gcaggagatt
         2281 aacactctgc tgatcgccct ggataaaaca tgggatgacg acttattgcc gctctgttcc
         2341 cagatatttc gccgcgacat tcgtgcatcg tcagaactga cacaggccga agcagtaaaa
         2401 gctcttggat tcctgaaaca gaaagccgca gagcagaagg tggcagcatg acaccggaca
         2461 ttatcctgca gcgtaccggg atcgatgtga gagctgtcga acagggggat gatgcgtggc
         2521 acaaattacg gctcggcgtc atcaccgctt cagaagttca caacgtgata gcaaaacccc
         2581 gctccggaaa gaagtggcct gacatgaaaa tgtcctactt ccacaccctg cttgctgagg
         2641 tttgcaccgg tgtggctccg gaagttaacg ctaaagcact ggcctgggga aaacagtacg
         2701 agaacgacgc cagaaccctg tttgaattca cttccggcgt gaatgttact gaatccccga
         2761 tcatctatcg cgacgaaagt atgcgtaccg cctgctctcc cgatggttta tgcagtgacg
         2821 gcaacggcct tgaactgaaa tgcccgttta cctcccggga tttcatgaag ttccggctcg
         2881 gtggtttcga ggccataaag tcagcttaca tggcccaggt gcagtacagc atgtgggtga
         2941 cgcgaaaaaa tgcctggtac tttgccaact atgacccgcg tatgaagcgt gaaggcctgc
         3001 attatgtcgt gattgagcgg gatgaaaagt acatggcgag ttttgacgag atcgtgccgg
         3061 agttcatcga aaaaatggac gaggcactgg ctgaaattgg ttttgtattt ggggagcaat
         3121 ggcgatgacg catcctcacg ataatatccg ggtaggcgca atcactttcg tctactccgt
         3181 tacaaagcga ggctgggtat ttcccggcct ttctgttatc cgaaatccac tgaaagcaca
         3241 gcggctggct gaggagataa ataataaacg aggggctgta tgcacaaagc atcttctgtt
         3301 gagttaagaa cgagtatcga gatggcacat agccttgctc aaattggaat caggtttgtg
         3361 ccaataccag tagaaacaga cgaagaatcc atgggtatgg acagttttcc ctttgatatg
         3421 taacggtgaa cagttgttct acttttgttt gttagtcttg atgcttcact gatagataca
         3481 agagccataa gaacctcaga tccttccgta tttagccagt atgttctcta gtgtggttcg
         3541 ttgtttttgc gtgagccatg agaacgaacc attgagatca tacttacttt gcatgtcact
         3601 caaaaatttt gcctcaaaac tggtgagctg aatttttgca gttaaagcat cgtgtagtgt
         3661 ttttcttagt ccgttacgta ggtaggaatc tgatgtaatg gttgttggta ttttgtcacc
         3721 attcattttt atctggttgt tctcaagttc ggttacgaga tccatttgtc tatctagttc
         3781 aacttggaaa atcaacgtat cagtcgggcg gcctcgctta tcaaccacca atttcatatt
         3841 gctgtaagtg tttaaatctt tacttattgg tttcaaaacc cattggttaa gccttttaaa
         3901 ctcatggtag ttattttcaa gcattaacat gaacttaaat tcatcaaggc taatctctat
         3961 atttgccttg tgagttttct tttgtgttag ttcttttaat aaccactcat aaatcctcat
         4021 agagtatttg ttttcaaaag acttaacatg ttccagatta tattttatga atttttttaa
         4081 ctggaaaaga taaggcaata tctcttcact aaaaactaat tctaattttt cgcttgagaa
         4141 cttggcatag tttgtccact ggaaaatctc aaagccttta accaaaggat tcctgatttc
         4201 cacagttctc gtcatcagct ctctggttgc tttagctaat acaccataag cattttccct
         4261 actgatgttc atcatctgag cgtattggtt ataagtgaac gataccgtcc gttctttcct
         4321 tgtagggttt tcaatcgtgg ggttgagtag tgccacacag cataaaatta gcttggtttc
         4381 atgctccgtt aagtcatagc gactaatcgc tagttcattt gctttgaaaa caactaattc
         4441 agacatacat ctcaattggt ctaggtgatt ttaatcacta taccaattga gatgggctag
         4501 tcaatgataa ttactagtcc ttttcctttg agttgtgggt atctgtaaat tctgctagac
         4561 ctttgctgga aaacttgtaa attctgctag accctctgta aattccgcta gacctttgtg
         4621 tgtttttttt gtttatattc aagtggttat aatttataga ataaagaaag aataaaaaaa
         4681 gataaaaaga atagatccca gccctgtgta taactcacta ctttagtcag ttccgcagta
         4741 ttacaaaagg atgtcgcaaa cgctgtttgc tcctctacaa aacagacctt aaaaccctaa
         4801 aggcttaagt agcaccctcg caagctcggt tgcggccgca atcgggcaaa tcgctgaata
         4861 ttccttttgt ctccgaccat caggcacctg agtcgctgtc tttttcgtga cattcagttc
         4921 gctgcgctca cggctctggc agtgaatggg ggtaaatggc actacaggcg ccttttatgg
         4981 attcatgcaa ggaaactacc cataatacaa gaaaagcccg tcacgggctt ctcagggcgt
         5041 tttatggcgg gtctgctatg tggtgctatc tgactttttg ctgttcagca gttcctgccc
         5101 tctgattttc cagtctgacc acttcggatt atcccgtgac aggtcattca gactggctaa
         5161 tgcacccagt aaggcagcgg tatcatcaac ggggtctgac gctcagtgga acgaaaactc
         5221 acgttaaggg attttggtca tgagattatc aaaaaggatc ttcacctaga tccttttaaa
         5281 ttaaaaatga agttttaaat caatctaaag tatatatgag taaacttggt ctgacagtta
         5341 ccaatgctta atcagtgagg cacctatctc agcgatctgt ctatttcgtt catccatagt
         5401 tgcctgactc cccgtcgtgt agataactac gatacgggag ggcttaccat ctggccccag
         5461 tgctgcaatg ataccgcgag acccacgctc accggctcca gatttatcag caataaacca
         5521 gccagccgga agggccgagc gcagaagtgg tcctgcaact ttatccgcct ccatccagtc
         5581 tattaattgt tgccgggaag ctagagtaag tagttcgcca gttaatagtt tgcgcaacgt
         5641 tgttgccatt gctacaggca tcgtggtgtc acgctcgtcg tttggtatgg cttcattcag
         5701 ctccggttcc caacgatcaa ggcgagttac atgatccccc atgttgtgca aaaaagcggt
         5761 tagctccttc ggtcctccga tcgttgtcag aagtaagttg gccgcagtgt tatcactcat
         5821 ggttatggca gcactgcata attctcttac tgtcatgcca tccgtaagat gcttttctgt
         5881 gactggtgag tactcaacca agtcattctg agaatagtgt atgcggcgac cgagttgctc
         5941 ttgcccggcg tcaatacggg ataataccgc gccacatagc agaactttaa aagtgctcat
         6001 cattggaaaa cgttcttcgg ggcgaaaact ctcaaggatc ttaccgctgt tgagatccag
         6061 ttcgatgtaa cccactcgtg cacccaactg atcttcagca tcttttactt tcaccagcgt
         6121 ttctgggtga gcaaaaacag gaaggcaaaa tgccgcaaaa aagggaataa gggcgacacg
         6181 gaaatgttga atactcatac tcttcctttt tcaatattat tgaagcattt atcagggtta
         6241 ttgtctcatg agcggataca tatttgaatg tatttagaaa aataaacaaa taggggttcc
         6301 gcgcacattt ccccgaaaag tgccacctg
    //

    质粒菌株产品操作说明书
    一、扩增流程
             收到产品后,请先根据产品管壁标签来判断产品形式,并在扩增前准确查找该质粒菌株的抗性、感受态和培养温度。
             1、质粒干粉(常温运输,存于-20度,90天保质期,请务必转化挑单克隆培养,不要直接使用和测序)
                  收到质粒干粉后请先5000rpm离心1min,再加入20μl ddH2O去离子水溶解质粒;
                  1100μl 感受态于冰上解冻10min,加入2μl质粒,再冰浴30min后,42热激60s,不要搅动,再冰浴2min;(从第二步开始均要在超净工作台中无菌操作)
                  加入900μl无抗的LB液体培养基,180rpm震荡37培养45min
                  6000rpm离心5min,仅留100μl上清液重悬细菌沉淀,并涂布至目标质粒抗性的LB平板上;(可使用本平台的平板涂布专用玻璃珠进行涂布,可以比传统涂布方法获得更多转化子)
                  将平板正向培养1h,再倒置37培养14h。如果要求是30度则培养20h
    (菌落过多则将质粒稀释后再转化。没有菌落则加入10μl质粒转化。另不要直接转表达感受态,要先转克隆感受态,重提质粒后再导入表达感受态)
                  挑取单菌落至LB液体培养基中,加入对应抗生素,220rpm震荡培养14h,根据实验需要和质粒提取试剂盒说明书提取质粒。
            2、甘油菌种(冰袋运输,存于-80,保质期90天,请务必划线挑单克隆培养)
                  四区划线后挑单菌落培养,酵母菌需要先液体复苏再四区划线,再挑单菌落液体培养。
            3、穿刺菌种(冰袋运输,存于4,保质期7天)
                  穿刺接种,液体培养后四区划线,再挑单菌落液体培养。
            4、菌落平板(冰袋运输,存于4,保质期7天)
                  直接挑取单菌落至液体培养基中。
            5、液体质粒(冰袋运输,存于-20,保质期90天)
                  单独提取的液体质粒收到后可直接使用。
            6、滤纸质粒(常温运输,存于-20度,90天保质期,请务必转化挑单克隆培养,不要直接使用和测序)
                  收到货后将滤纸画圈部分剪下放入EP管中,加100ul无菌水将滤纸浸湿并浸泡5min,吸取5ul质粒转化,离心全涂。

    二、转化图片
    产品细节图片2
    产品细节图片3
    P0207/pG5Luc哺乳双杂交质粒
    P1316/pFN10A (ACT)哺乳双杂交质粒
    P1255/pFN11A(BIND)哺乳双杂交质粒
    P0176/pSV-Beta-Gal乳糖苷酶质粒
    P1208/pCMVbeta乳糖苷酶质粒
    P1237/pDRIVE-hbAct乳糖苷酶质粒
    P0722/pcDNA3.1-Laconic乳酸传感质粒
    P0132/pEGFP-1哺乳启动子检测质粒
    P1993/pDsRed2-1哺乳启动子检测质粒
    P0137/pAcGFP1-1哺乳启动子检测质粒
    P0977/pSuper-puro哺乳干扰质粒
    P4203/pSuper-GFP-NEO哺乳干扰质粒

     

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