几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围
大家好:我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN(LINUX)。在介绍软件之前,我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树,英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤:⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列(To ...
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流式荧光技术引领肿瘤标志物联合检测进入高通量时代
肿瘤标志物在肿瘤的临床诊断和治疗中占有重要地位,通过对血液或体液中肿瘤标志物存在或含量的检测,不仅可用于肿瘤的普查、早期诊断、辅助诊断、良恶性鉴别和临床分期,同时对监测疗效、判断预后、预测肿瘤的复发和转移也具有重要价值。临床上由于大部分单个肿瘤标志物敏感性或特异性偏低(一种肿瘤可以分泌多种肿瘤标志物,而不同的肿瘤或同种肿瘤的不同组织类型可有相同的肿瘤标志物),而且在不同的肿瘤患者体内,肿瘤标志物的质和量变化也较 ...
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ClustalW、ClustalX介绍及最新版下载地址
Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中,先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值,然后根据相似性分数值将它们分成若干组,并在每组之间进行比对,计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对,直到得到最终比对结果。比对过程中,相似性程度较高的序列先进行比对,而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分,Clusal可以输出用于构建进化树的数据。Clus ...
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多序列比对及蛋白质功能及结构预测
蛋白质功能预测 一、根据序列预测功能的一般过程如果序列重叠群(contig)包含有蛋白质编码区,则接下来的分析任务是确定表达产物–蛋白质的功能。蛋白质的许多特性可直接从序列上分析获得,如疏水性,它可以用于预测序列是否跨膜螺旋(transmenbrane helix)或是前导序列(leader sequence)。但是,总的来说,我们根据序列预测蛋白质功能的唯一方法是通过数据库搜寻,比较该蛋白是 ...
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