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生物信息学数据库和软件的搜索实验

生物信息学数据库和软件的搜索实验

标签： 生物信息学 数据库 软件 搜索

数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域；生物信息学软件的主要功能有：分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间等。内容来源：广东药学院实验指导手册。

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  • 数据库和软件人工搜索
实验方法原理 熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。
实验材料
电脑
实验步骤 一、搜索生物信息学数据库或者软件

数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。

核酸序列数据库有GenBank， EMBL， DDB等，

蛋白质序列数据库有SWISS-PROT， PIR，OWL， NRL3D， TrEMBL等，

蛋白质片段数据库有PROSITE， BLOCKS，PRINTS等，

三维结构数据库有PDB， NDB，BioMagResBank，CCSD等，

与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP， CATH， FSSP， 3D-ALI， DSSP等，

与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB， GSDB等，

文献数据库有Medline， Uncover等。

另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。
 
二、搜索生物信息学软件

生物信息学软件的主要功能有：分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能；蛋白高级结构预测。如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。

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