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生物信息学数据库和软件的搜索实验

标签: 生物信息学 数据库 软件 搜索

数据库是生物信息学的主要内容,各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域;生物信息学软件的主要功能有:分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间等。内容来源:广东药学院实验指导手册。

实验方法
  • 数据库和软件人工搜索
实验方法原理 熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。
实验材料
实验步骤
一、搜索生物信息学数据库或者软件

数据库是生物信息学的主要内容,各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。

核酸序列数据库有GenBank, EMBL, DDB等,

蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR,OWL, NRL3D, TrEMBL等,

蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS,PRINTS等,

三维结构数据库有PDB, NDB,BioMagResBank,CCSD等,

与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等,

与基因组有关的数据库还有ESTdb,OMIM,GDB, GSDB等,

文献数据库有Medline, Uncover等。

另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广,分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务,如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库,三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具,用户可以进行多个数据库的多种查询。
 
二、搜索生物信息学软件

生物信息学软件的主要功能有:分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间;提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;寻找、预测新基因及预测其结构、功能;蛋白高级结构预测。如:核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等;序列相似性搜索BLAST;多重系列比对软件Clustalx;系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等;PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等;蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。
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