蛋白质三级机构(空间结构)预测-从头预测法
从头预测模型的基本思想在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下,上述两种蛋白质结构预测的方法都不能用,这时只能采用从头预测方法(Abinitio),即(直接)仅仅根据序列本身来预测其结构。在1994年之前,还没有一个从头算方法能够预测蛋白质的空间结构。从那以后,人们陆续提出一些方法,表明了今后进一步研究可能的方向。有些研究小组运用距离几何方法得到了非常有希望的结果。将 ...
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蛋白质二级结构预测-人工神经网络方法(图)
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起,科学家们也将神经网络用于生物信息学,其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的,他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发,将蛋白质序列看作是由各种氨基酸字符组成的字符序列,将氨基酸残基片段作为输入的一串语言字符,二级结构即为 ...
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组织内蛋白的糖基化位点检测新方法
N-连接的糖基化是一种具有重要生物学意义的翻译后修饰过程,但是现在已经发现的糖基化蛋白并不多。作者在这里采取了一种“滤纸收集样品(filter aided sample preparation,FASP)”的方法,籍此糖基化多肽可以富集于载有凝集素的滤纸上,然后用高精确度的质谱技术从小鼠的四种组织和血浆的2352种蛋白质上发现6367个糖基化位点。
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基于蛋白质物理性质的蛋白质预测软件
ExPASy工具包包涵的程序ComputepI/MW:是ExPASy工具包中的程序,计算输入序列等电点和分子量的工具。对pI的确定基于早期研究中将蛋白质从由中性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的pK值(Bjellqvist等,1993)。分子量的计算是把序列中每个氨基酸的同位素平均分子量加在一起,再加上一个水分子的分子量。用户可以把序列整理为FASTA格式,或提供SWISS-PROT标识,或者 ...
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