生信分析揭示通路相关性
分析乳腺癌组织中C5a/C5aR通路与铜死亡的相关性
利用单细胞RNA测序和TCGA/GTEx数据,对正常和肿瘤组织进行差异表达、通路富集、拷贝数变异和伪时间分析,发现C5a/C5aR通路与铜死亡相关,并鉴定关键基因ATP7B。
C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance
研究包含体外细胞实验(CCK-8、集落形成、免疫荧光、蛋白质印迹)和体内异种移植模型(4T1、B16F10、CT26),并进行了功能验证和机制验证。
乳腺癌细胞系4T1 乳腺癌细胞系MDA-MB-231 小鼠异种移植模型(4T1、B16F10、CT26) 乳腺癌患者组织样本
细胞系:4T1、MDA-MB-231等乳腺癌细胞系 CuS纳米颗粒处理浓度100 μg/mL C5aRA浓度100 nM 激光照射条件:808 nm,2 W/cm²,3分钟 小鼠模型:雌性Balb/c小鼠,皮下注射3×10^5个细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析乳腺癌组织中C5a/C5aR通路与铜死亡的相关性
利用单细胞RNA测序和TCGA/GTEx数据,对正常和肿瘤组织进行差异表达、通路富集、拷贝数变异和伪时间分析,发现C5a/C5aR通路与铜死亡相关,并鉴定关键基因ATP7B。
验证C5a/C5aR通路对铜死亡抵抗的作用及机制
在4T1和MDA-MB-231细胞中,用C5a处理并通过CCK-8、免疫荧光观察DLAT聚集、Western blot检测ATP7B和通路蛋白,证明C5a通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B,抑制ES-Cu诱导的铜死亡。
评估CuS NPs在体外对乳腺癌细胞的铜死亡诱导和抗增殖作用
用不同浓度CuS NPs处理4T1细胞,CCK-8检测细胞活力,集落形成评估增殖,免疫荧光检测DLAT聚集,DCFH-DA检测ROS,Western blot检测LIAS表达。
评估CuS NPs联合激光在4T1异种移植模型中的抗肿瘤效果及免疫调节
在Balb/c小鼠中建立4T1异种移植瘤,静脉注射CuS NPs,808 nm激光照射,测量肿瘤体积和重量,免疫组化检测LIAS,流式检测肿瘤浸润免疫细胞(DC、MDSC)。
检测CuS NPs是否能激活C5a/C5aR通路
通过ELISA检测小鼠血浆C5a水平,免疫组化检测肿瘤组织C5b-9和C5aR表达。
验证C5aRA阻断C5a/C5aR通路可增强CuS NPs的抗肿瘤效果
在多种异种移植模型(4T1、B16F10、CT26)中,给予CuS NPs和C5aRA联合治疗,评估肿瘤生长、免疫细胞浸润及安全性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM高糖培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| MEM培养基 | Gibco | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| Western blot | α-微管蛋白抗体 | Affinity | AF4651 |
| FDX1抗体 | Proteintech | 12592-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Beyotime | AF5003 | |
| DLAT抗体 | Proteintech | 13426-1-AP | |
| LIAS抗体 | Proteintech | 11577-1-AP | |
| β-连环蛋白抗体 | Proteintech | 51067-2-AP | |
| ATP7B抗体 | Proteintech | 19786-1-AP | |
| C5b-9抗体 | Beyotime | AF6360 | |
| C5aR抗体 | Proteintech | 11577-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0208 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime | A0216 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0423 |
| 药物处理 | 艾司洛美 | MCE | HY-12040 |
| DKK1 | MCE | HY-15763 | |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| ROS检测 | DCFH-DA | Beyotime | S0033S |
| 药物处理 | CuS纳米颗粒 | 南京吉科生物 | -- |
| 线粒体染色 | Mito-Tracker Red CMXRos | Beyotime | C1035 |
| 药物处理 | C5a受体拮抗剂 | GL Biochem | -- |
| RNA提取 | RNAeasy动物RNA提取试剂盒 | Beyotime | R0026 |
| RNA定量 | NanoDrop 2000c分光光度计 | Thermo Fisher | -- |
| 反转录 | 高效cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green试剂盒 | Takara | -- |
| Light Cycler 480 II实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Servicebio | G4103 |
| CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 | |
| ELISA | 小鼠C5a ELISA试剂盒 | Cloud-Clone | -- |
| 蛋白提取 | T-PER组织蛋白提取试剂 | Thermo | 78510 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CWBIO | CW2200S | |
| Western blot | 上样缓冲液 | Bioground | BG0022 |
| SDS-PAGE凝胶 | ExpressPLUS | M42015C | |
| PVDF膜 | Beyotime | FFP39 | |
| 细胞解离 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| 流式分析 | Zombie.NIR染料 | BioLegend | B323327 |
| 抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103132 | |
| 抗小鼠CD11b抗体 | BioLegend | 101263 | |
| 抗小鼠I-A/I-E抗体 | BioLegend | 107605 | |
| 抗小鼠CD11c抗体 | BioLegend | 117307 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism V.8.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:4T1、E0771、MDA-MB-231、MCF7、CT26、B16F10;培养基:DMEM高糖、MEM、RPMI-1640;血清:10% FBS;抗生素:100 U/mL青霉素-链霉素;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Methods: Cells, antibodies and chemicals |
| 体外铜死亡诱导 | 诱导剂:elesclomol-Cu (ES-Cu);C5a浓度:100 nM;C5aRA浓度:100 nM;处理时间:48小时;细胞活力检测:CCK-8试剂盒 阅读提示:Methods: Cell viability assay; Results: Figure 3 legend |
| Western blot | 一抗信息:α-tubulin (AF4651)、FDX1 (12592-1-AP)、β-actin (AF5003)、DLAT (13426-1-AP)、LIAS (11577-1-AP)、β-catenin (51067-2-AP)、ATP7B (19786-1-AP)、C5b-9 (AF6360)、C5aR (11577-1-AP);二抗:HRP标记的山羊抗兔/小鼠IgG 阅读提示:Methods: Protein extraction and western blotting |
| 动物模型 | 小鼠品系:雌性Balb/c和C57BL/6,6-8周龄;细胞接种量:3×10^5个/只;皮下注射;肿瘤体积范围:100-300 mm³时给药;给药剂量:CuS NPs 10 mg/kg,C5aRA 1 mg/kg;给药方式:腹腔注射或静脉注射;给药时间:第5天和第8天 阅读提示:Methods: Mice xenograft model; Results: Figures 6-7 legends |
| 光热治疗 | 激光波长:808 nm;功率密度:2 W/cm²;照射时间:3分钟;给药后照射时间:6小时 阅读提示:Results: Antitumor ability of CuS nanoparticles in vivo |
| 流式细胞术 | 细胞解离:Tumor Dissociation Kit;染色:Zombie.NIR、CD45、CD11b、I-A/I-E、CD11c;仪器:CytoFLEX 阅读提示:Methods: Single-cell suspension of tissue and flow cytometry analysis |