时空单细胞分析阐明人类角膜衰老的细胞和分子动态

Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging

作者信息Dan Jiang, Ke Li, Yining Sun, Zicheng Zhang, Shuang Xie, Xintong Yu, Ruoqi Wang, Ying Feng, Qinxiang Zheng, Yajing Wen, Peter S Reinach, Yuanyuan Du, Meng Zhou, Wei Chen
PMID40390022
发布时间2025-05-19
DOI10.1186/s13073-025-01475-z

实验完整度

结合scRNA-seq(25604个细胞,19个细胞簇)、scStereo-seq空间转录组(132520个spots)、免疫荧光及Western blot等多层级验证,并包含小鼠模型实验(8周与14个月龄,Western blot和全组织免疫荧光)。

主要模型

人类供体角膜组织(4名男性,33-88岁,8只眼) 小鼠角膜模型(C57BL/6,8周和14个月龄)

重点核对

人类角膜供体年龄范围:33-88岁,男性,共8只眼睛 scRNA-seq数据质控参数:细胞线粒体基因比例<10%,检测基因数>200 scStereo-seq数据分辨率:bin50配置,点直径25μm NTRK2在衰老小鼠角膜中的表达变化(8周龄 vs 14月龄,Western blot) 角膜内皮功能评分:氧化磷酸化、离子转运(免疫荧光验证Na-K-ATPase、NDUFV2、SDHB)

摘要

背景:人类角膜是一个透明且具有独特有序结构的光学生物系统。其细胞机制的精确协调对于维持其透明度和功能至关重要。然而,人类角膜的空间、细胞和分子结构及其在衰老过程中的细胞间相互作用尚未被阐明。方法:我们对来自年龄在33-88岁的八只供体眼睛的角膜组织进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞空间增强分辨率组学测序(scStereo-seq)分析,以阐明人类角膜衰老的时空细胞和分子动态。通过免疫荧光染色和蛋白质印迹法验证了研究结果。结果:时空单细胞分析揭示了人类角膜内复杂的细胞景观、空间组织和细胞间通讯。角膜主要细胞类型的亚群被精确地定位。特别地,我们鉴定了新的亚群,绘制了角膜缘干细胞在角膜缘微环境中的空间定位,并描绘了主要细胞类型之间的相互作用。我们观察到三种基底细胞亚群随着年龄增长从角膜外周向中央方向迁移,提示“时空向心模式”可能是角膜上皮细胞年龄相关迁移的新范式。此外,我们阐明了角膜内皮细胞年龄相关的、区域特异性的分子和功能特征,证明了外周和中央区域之间不同的代谢能力和功能特性。结论:作为首个全面的时空图谱,我们的工作为理解人类角膜的组织稳态提供了宝贵的资源,并推动了角膜病理学、移植、衰老和再生医学在角膜衰老背景下的研究。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人类角膜在衰老过程中的细胞组成、空间组织及分子特征如何变化?
核心机制
角膜缘干细胞(LSC)亚群随年龄动态变化(QLSC减少,ALSC增加),基底细胞呈现年龄相关的向心性迁移(“spatiotemporal centripetal pattern”),角膜内皮细胞外周和中央区域存在代谢差异,且NTRK2+基底细胞THBS1表达可能与细胞粘附、迁移及分化功能维持有关。
主要证据
基于scRNA-seq鉴定了LSC和基底细胞亚群,scStereo-seq和免疫荧光证实了其空间定位,Western blot验证了NTRK2在人/鼠角膜衰老中的表达变化,功能富集分析和细胞通讯分析揭示了内皮细胞区域代谢差异和细胞间相互作用。
研究意义
为理解人类角膜组织稳态提供宝贵资源,推进角膜病理、移植、衰老及再生医学研究。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

构建人类角膜单细胞及空间转录组图谱

系统表征人类角膜的细胞组成和空间组织结构。

对8只人类供体角膜进行scRNA-seq和scStereo-seq分析,通过质控、聚类、注释,鉴定主要细胞类型,并结合H&E染色与RCTD算法实现空间定位。

2

解析角膜缘干细胞亚群及其衰老动态

揭示LSC亚群组成、空间分布及年龄相关变化。

对LSC进行亚聚类,鉴定QLSC和ALSC及ALSC亚群,分析其功能富集、细胞轨迹、转录因子(HIF1A)及空间定位,并通过免疫荧光验证。

3

揭示角膜基底细胞亚群的多样性与迁移模式

阐明角膜上皮基底细胞亚群的分子特征和年龄相关的空间变化。

将角膜上皮细胞分为基底、翼状、扁平细胞亚群,重点分析三个基底亚群(KRT15+、NTRK2+、LY6D+)的基因特征、空间分布、细胞通讯(THBS1),并通过免疫荧光和Western blot验证NTRK2。

4

表征基质细胞亚群及其年龄相关改变

鉴定角膜基质细胞亚群及其细胞外基质特征。

对角膜基质细胞进行再聚类,鉴定出CSSC、巩膜成纤维细胞、角膜基质细胞、睫状体基质细胞,分析其标志基因、空间分布及胶原和ECM基因表达随年龄的变化。

5

评估角膜内皮细胞的空间功能异质性

揭示角膜内皮外周和中央区域在代谢和功能上的差异。

将角膜内皮分为外周和中央区域,比较其线粒体基因表达、代谢通路(氧化磷酸化)、功能评分(离子转运、ATP生物合成),并通过免疫荧光和人鼠角膜全组织染色验证。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
10X Genomics Chromium 单细胞3'试剂盒10X Genomics--
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
MGI DNBSEQ-Tx测序仪MGI--
Leica CM1950冷冻切片机Leica--
核酸染料Thermo FisherQ10212
Ti-7尼康Eclipse显微镜Nikon--
抗KRT15抗体Abcamab52816
抗IFITM3抗体InvitrogenPA5-11274
抗HIF1A抗体Proteintech66730-1-Ig
抗UBE2S抗体InvitrogenPA5-142029
抗CLDN4抗体Invitrogen329494
抗SLC6A6抗体Abcamab236898
抗KRT15抗体Santa Cruzsc70912
抗NTRK2抗体Santa Cruzsc-136991
抗CCL14抗体Proteintech14216-1-AP
抗LY6D抗体Proteintech17361-1-AP
抗CA3抗体Proteintech15197-1-AP
抗钠钾ATP酶抗体Abcamab283318
抗山羊IgG(Alexa Fluo 647)Invitrogen--
抗兔IgG(Alexa Fluo 555)Invitrogen--
抗兔IgG(Alexa Fluo 594)Invitrogen--
抗小鼠IgG(Alexa Fluo 594)Invitrogen--
抗小鼠IgG(Alexa Fluo 488)Invitrogen--
抗小鼠IgG2b(CoraLiteb Plus 555)Proteintech--
抗小鼠IgG1(Alexa Fluo 647)Proteintech--
抗小鼠IgG2a(CoraLiteb Plus 488)Proteintech--
驴抗山羊IgGInvitrogen--
驴抗兔IgGInvitrogen--
驴抗小鼠IgGInvitrogen--
CoraLiteb Plus 555荧光染料Proteintech--
Alexa Fluo 488荧光染料Invitrogen--
Alexa Fluo 594荧光染料Invitrogen--
Alexa Fluo 647荧光染料Invitrogen--
放射免疫沉淀分析裂解缓冲液Solarbio--
BCA蛋白定量试剂盒Beyotime--
聚偏二氟乙烯膜----
化学发光试剂Beyotime--
GE Amersham Imager AI680成像仪GE--
ImageJ软件----
抗NDUFV2抗体Proteintech15301-1-AP
抗SDHB抗体Proteintech10620-1-AP
LSM 880 META共聚焦显微镜Carl Zeiss GmbH--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
人类角膜样本收集
供体年龄、性别、样本量、纳入排除标准(需排除影响角膜的疾病)
阅读提示:Methods: Human specimens
scRNA-seq实验
组织解离条件(温度、时间、转速)、细胞活力标准、上机细胞浓度、文库试剂盒及测序平台
阅读提示:Methods: scRNA-seq sample preparation and sequencing; Methods: scRNA-seq data quality control and preprocessing
scStereo-seq实验
组织切片厚度、捕获芯片型号、透化及逆转录条件、测序平台及读长
阅读提示:Methods: scStereo-seq sample preparation and sequencing
免疫荧光染色
抗体品牌、货号、稀释比例、固定条件、封闭条件、孵育时间
阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining; 图例
Western blotting
样本类型(人/鼠)、组织区域(中央/外周)、抗体(anti-NTRK2)、裂解液、检测仪器
阅读提示:Methods: Western blotting; 图4i, j
数据分析
Cell Ranger版本、Seurat版本、双细胞去除参数(expected_doublet_rate=0.06)、聚类分辨率(0.1、0.6、1.5)、Harmony批次校正、差异基因筛选阈值(logFC>0.25, adj p<0.05)
阅读提示:Methods: scRNA-seq data quality control and preprocessing; Identification of differentially expressed genes