构建人类角膜单细胞及空间转录组图谱
系统表征人类角膜的细胞组成和空间组织结构。
对8只人类供体角膜进行scRNA-seq和scStereo-seq分析,通过质控、聚类、注释,鉴定主要细胞类型,并结合H&E染色与RCTD算法实现空间定位。
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
结合scRNA-seq(25604个细胞,19个细胞簇)、scStereo-seq空间转录组(132520个spots)、免疫荧光及Western blot等多层级验证,并包含小鼠模型实验(8周与14个月龄,Western blot和全组织免疫荧光)。
人类供体角膜组织(4名男性,33-88岁,8只眼) 小鼠角膜模型(C57BL/6,8周和14个月龄)
人类角膜供体年龄范围:33-88岁,男性,共8只眼睛 scRNA-seq数据质控参数:细胞线粒体基因比例<10%,检测基因数>200 scStereo-seq数据分辨率:bin50配置,点直径25μm NTRK2在衰老小鼠角膜中的表达变化(8周龄 vs 14月龄,Western blot) 角膜内皮功能评分:氧化磷酸化、离子转运(免疫荧光验证Na-K-ATPase、NDUFV2、SDHB)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统表征人类角膜的细胞组成和空间组织结构。
对8只人类供体角膜进行scRNA-seq和scStereo-seq分析,通过质控、聚类、注释,鉴定主要细胞类型,并结合H&E染色与RCTD算法实现空间定位。
揭示LSC亚群组成、空间分布及年龄相关变化。
对LSC进行亚聚类,鉴定QLSC和ALSC及ALSC亚群,分析其功能富集、细胞轨迹、转录因子(HIF1A)及空间定位,并通过免疫荧光验证。
阐明角膜上皮基底细胞亚群的分子特征和年龄相关的空间变化。
将角膜上皮细胞分为基底、翼状、扁平细胞亚群,重点分析三个基底亚群(KRT15+、NTRK2+、LY6D+)的基因特征、空间分布、细胞通讯(THBS1),并通过免疫荧光和Western blot验证NTRK2。
鉴定角膜基质细胞亚群及其细胞外基质特征。
对角膜基质细胞进行再聚类,鉴定出CSSC、巩膜成纤维细胞、角膜基质细胞、睫状体基质细胞,分析其标志基因、空间分布及胶原和ECM基因表达随年龄的变化。
揭示角膜内皮外周和中央区域在代谢和功能上的差异。
将角膜内皮分为外周和中央区域,比较其线粒体基因表达、代谢通路(氧化磷酸化)、功能评分(离子转运、ATP生物合成),并通过免疫荧光和人鼠角膜全组织染色验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10X Genomics Chromium 单细胞3'试剂盒 | 10X Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 空间转录组测序 | MGI DNBSEQ-Tx测序仪 | MGI | -- |
| Leica CM1950冷冻切片机 | Leica | -- | |
| 核酸染料 | Thermo Fisher | Q10212 | |
| Ti-7尼康Eclipse显微镜 | Nikon | -- | |
| 免疫荧光染色 | 抗KRT15抗体 | Abcam | ab52816 |
| 抗IFITM3抗体 | Invitrogen | PA5-11274 | |
| 抗HIF1A抗体 | Proteintech | 66730-1-Ig | |
| 抗UBE2S抗体 | Invitrogen | PA5-142029 | |
| 抗CLDN4抗体 | Invitrogen | 329494 | |
| 抗SLC6A6抗体 | Abcam | ab236898 | |
| 抗KRT15抗体 | Santa Cruz | sc70912 | |
| 抗NTRK2抗体 | Santa Cruz | sc-136991 | |
| 抗CCL14抗体 | Proteintech | 14216-1-AP | |
| 抗LY6D抗体 | Proteintech | 17361-1-AP | |
| 抗CA3抗体 | Proteintech | 15197-1-AP | |
| 抗钠钾ATP酶抗体 | Abcam | ab283318 | |
| 抗山羊IgG(Alexa Fluo 647) | Invitrogen | -- | |
| 抗兔IgG(Alexa Fluo 555) | Invitrogen | -- | |
| 抗兔IgG(Alexa Fluo 594) | Invitrogen | -- | |
| 抗小鼠IgG(Alexa Fluo 594) | Invitrogen | -- | |
| 抗小鼠IgG(Alexa Fluo 488) | Invitrogen | -- | |
| 抗小鼠IgG2b(CoraLiteb Plus 555) | Proteintech | -- | |
| 抗小鼠IgG1(Alexa Fluo 647) | Proteintech | -- | |
| 抗小鼠IgG2a(CoraLiteb Plus 488) | Proteintech | -- | |
| 驴抗山羊IgG | Invitrogen | -- | |
| 驴抗兔IgG | Invitrogen | -- | |
| 驴抗小鼠IgG | Invitrogen | -- | |
| CoraLiteb Plus 555荧光染料 | Proteintech | -- | |
| Alexa Fluo 488荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| Alexa Fluo 594荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| Alexa Fluo 647荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| Western blotting | 放射免疫沉淀分析裂解缓冲液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | -- | -- | |
| 化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| GE Amersham Imager AI680成像仪 | GE | -- | |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| 免疫荧光染色 | 抗NDUFV2抗体 | Proteintech | 15301-1-AP |
| 抗SDHB抗体 | Proteintech | 10620-1-AP | |
| LSM 880 META共聚焦显微镜 | Carl Zeiss GmbH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类角膜样本收集 | 供体年龄、性别、样本量、纳入排除标准(需排除影响角膜的疾病) 阅读提示:Methods: Human specimens |
| scRNA-seq实验 | 组织解离条件(温度、时间、转速)、细胞活力标准、上机细胞浓度、文库试剂盒及测序平台 阅读提示:Methods: scRNA-seq sample preparation and sequencing; Methods: scRNA-seq data quality control and preprocessing |
| scStereo-seq实验 | 组织切片厚度、捕获芯片型号、透化及逆转录条件、测序平台及读长 阅读提示:Methods: scStereo-seq sample preparation and sequencing |
| 免疫荧光染色 | 抗体品牌、货号、稀释比例、固定条件、封闭条件、孵育时间 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining; 图例 |
| Western blotting | 样本类型(人/鼠)、组织区域(中央/外周)、抗体(anti-NTRK2)、裂解液、检测仪器 阅读提示:Methods: Western blotting; 图4i, j |
| 数据分析 | Cell Ranger版本、Seurat版本、双细胞去除参数(expected_doublet_rate=0.06)、聚类分辨率(0.1、0.6、1.5)、Harmony批次校正、差异基因筛选阈值(logFC>0.25, adj p<0.05) 阅读提示:Methods: scRNA-seq data quality control and preprocessing; Identification of differentially expressed genes |