受者筛选与队列建立
识别ALAD患者和稳定对照者,并进行前瞻性分组。
通过FEV1自动算法和病历审查筛选肺移植受者,分为对照组、恢复组、持续组和进行组。
Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways
研究包含前瞻性队列、单细胞RNA测序、细胞组成分析、通路分析及体外机制探讨,但样本量小,缺乏功能实验和体内验证。
小气道刷检细胞 肺移植受者(ALAD和对照)
ALAD结局分组(对照组、恢复、持续、进行) 单细胞RNA测序数据处理流程(Cell Ranger、SoupX、DoubletFinder、Seurat) AI2评分的细胞类型来源,尤其上皮细胞 细胞组成变化与ALAD结局的关联
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别ALAD患者和稳定对照者,并进行前瞻性分组。
通过FEV1自动算法和病历审查筛选肺移植受者,分为对照组、恢复组、持续组和进行组。
获取小气道细胞并进行转录组分析。
在支气管镜检查中,用细胞刷收集小气道细胞,进行10x单细胞RNA测序。
比较不同ALAD结局组的细胞比例差异。
通过对单细胞数据聚类,鉴定细胞亚型,并比较各组细胞比例。
评估CLAD相关基因表达是否随ALAD结局改变。
计算每个细胞的AI2评分,并比较不同ALAD结局组的表达差异。
识别与ALAD结局相关的信号通路。
使用Reactome通路数据库对差异表达基因进行富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞收集 | Conmed细胞刷 | Conmed | 129 |
| 单细胞测序 | 10x Chromium控制器 | 10x Genomics | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 受者筛选 | ALAD分组标准:FEV1下降程度、临床记录、排除标准;对照标准FEV1 >95%基线 阅读提示:Methods: Study Design |
| 单细胞RNA测序 | 细胞分离和上样条件,测序平台和深度 阅读提示:Methods: Airway brush single cell RNA sequencing |
| 数据分析 | 数据处理软件版本、聚类参数、AI2评分计算方法和统计模型 阅读提示:Methods: Single cell RNA Seq data analysis and Statistical analyses |