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单细胞RNA测序揭示人类颈动脉斑块亚细胞组成及相关基因调控网络活性的性别差异
Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques
摘要
颈动脉狭窄在男性和女性中均可导致缺血性卒中，但其临床表现和斑块特征存在差异。本研究对来自男性和女性患者的7,690个人类颈动脉斑块细胞进行了深度单细胞测序。尽管主要细胞类型未发现性别差异，但我们发现女性斑块中平滑肌细胞以成骨表型为主，免疫调节性巨噬细胞（MPs）以及经历内皮-间质转化的内皮细胞（ECs）占优势。在男性斑块中，我们观察到具有软骨细胞表型的平滑肌细胞、参与组织重塑的MPs以及具有血管生成活性的ECs。这些具有性别偏向的亚细胞簇与斯德哥尔摩-塔尔图动脉粥样硬化反向网络工程任务研究中的组织特异性基因调控网络（GRNs）进行了整合。我们在男性ECs中发现了参与血管生成和T细胞介导细胞毒性的GRN195；而在女性中，则鉴定出与TREM2-/TREM1+ MPs及内皮-间质转化相关的GRN33和GRN122。研究通过功能实验验证了GRN195对男性ECs增殖的影响，为动脉粥样硬化性别特异性潜在治疗靶点提供了证据。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| FACS Melody细胞分选仪 | -- | -- |
| 2100 Bioanalyzer | Agilent Biotechnologies | -- |
| HiSeq3000 | Illumina | -- |
| HighSeq2000平台 | -- | -- |
| Illumina NovaSeq S4 Flowcell | Novogene | -- |
| NextSeq 2000平台 | Illumina | -- |
| Opera Phenix Plus高内涵筛选系统 | Revvity | -- |
| Incucyte S3活细胞分析系统 | -- | -- |
| 384孔板 | -- | -- |
| 96孔板 | -- | -- |
| 12孔板 | -- | -- |
| 70微米细胞过滤器 | -- | -- |
| 40微米细胞过滤器 | -- | -- |
| Qiagen miRNeasy Mini RNA提取试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| Illumina TruSeq Stranded Total RNA Gold试剂盒 | Illumina | 20020599 |
| Illumina TruSeq RNA独特双索引 | Illumina | 20022371 |
| Monarch Total RNA Miniprep试剂盒 | NEB | T2010 |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | K1622 |
| KiCqStart SYBR Green ReadyMix | Sigma-Aldrich | KCQS02-1250RXN |
| QuantSeq 3′ mRNA-Seq V2文库制备试剂盒FWD（用于Illumina） | Lexogen | -- |
| NextSeq 1000/2000 P2试剂（100个循环）v3试剂盒 | Illumina | -- |
| PhenoVue细胞染色JUMP试剂盒 | Revvity | -- |
| 光学透明平底96孔板 | Revvity | -- |