体外HCASMC表型分析
验证AHR对SMC细胞功能(迁移、增殖、凋亡、钙化)的影响
使用siRNA敲低或慢病毒过表达AHR,进行迁移、增殖、凋亡和钙化实验。
Environment-Sensing Aryl Hydrocarbon Receptor Inhibits the Chondrogenic Fate of Modulated Smooth Muscle Cells in Atherosclerotic Lesions
包含体外HCASMC表型实验、体内SMC特异性Ahr敲除小鼠模型、单细胞RNA测序及组织学分析等多层次验证。
人冠状动脉平滑肌细胞(HCASMC) SMC特异性Ahr敲除小鼠(SMCLin-KO) 动脉粥样硬化小鼠模型(ApoE-/-背景) 人冠状动脉病变组织
AHR敲低或过表达对HCASMC迁移、增殖、凋亡和钙化的影响 SMC特异性Ahr敲除对小鼠动脉粥样硬化病变大小和纤维帽的影响 Ahr敲除后FMC2(软骨肌细胞)比例的变化 Col2a1和Alpl等软骨标志物在病变中的表达和定位 AHR与TCF21在染色质上的共定位和相互作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证AHR对SMC细胞功能(迁移、增殖、凋亡、钙化)的影响
使用siRNA敲低或慢病毒过表达AHR,进行迁移、增殖、凋亡和钙化实验。
揭示AHR调控的转录网络和染色质状态
进行RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq分析AHR敲低或过表达后的转录组和染色质开放性变化。
评估SMC特异性Ahr敲除对动脉粥样硬化病变的影响
使用SMC特异性谱系追踪和Ahr敲除小鼠,高脂饮食诱导动脉粥样硬化,进行组织学和单细胞分析。
定义Ahr敲除后SMC谱系细胞的异质性和表型转变
对tdTomato+细胞进行scRNA-Seq,聚类分析并比较WT和KO的细胞群体。
验证软骨肌细胞的存在和定位
使用RNAscope、组织化学和免疫组化检测软骨标志物和AHR通路活性。
验证CMC在人冠状动脉粥样硬化病变中的存在
使用人冠状动脉scRNA-Seq数据和RNAscope检测HAPLN1和TNFRSF11B表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 人冠状动脉平滑肌细胞 | Cell Applications, Inc | -- |
| 基因敲低 | AHR siRNA | Origene | SR300136 |
| TCF21 siRNA | Origene | SR321985 | |
| AC003075.4 siRNA | Ambion/Life Technologies Corp | -- | |
| 基因过表达 | AHR cDNA慢病毒 | Sino Biological | HG10456-CY |
| pWPI载体 | Addgene | #12254 | |
| qRT-PCR | Taqman探针 | Invitrogen | -- |
| RNA-seq | FeatureCounts | -- | -- |
| ChIP-Seq | AHR抗体 | Santa Cruz | sc-5579 |
| TCF21抗体 | Sigma | HPA013189 | |
| 动物实验 | DRE-LacZ小鼠品系 | Jackson Laboratories | JAX# 006229 |
| Ahr floxed小鼠 | Jackson Labs | JAX#006203 | |
| 高脂饮食 | Dyets | #101511 | |
| 单细胞RNA-Seq | 10X Genomics平台 | 10X Genomics | -- |
| CellRanger软件 | 10X Genomics | -- | |
| 组织学 | SM22α抗体 | Abcam | #ab14106 |
| CD68抗体 | Abcam | #ab125212 | |
| Ferangi Blue显色试剂盒 | Biocare Medical | SKU#FB813H | |
| 迁移实验 | Radius细胞迁移检测试剂盒 | Cell Biolabs | -- |
| 增殖实验 | Click-iT Plus EdU增殖检测试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| 凋亡实验 | RealTime-Glo Annexin V凋亡检测试剂盒 | Promega | -- |
| 钙化实验 | 钙比色检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 统计学 | GraphPad Prism 7.0 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞实验 | HCASMC传代次数(5-8代),siRNA敲低或过表达效率,处理时间(如Doxorubicin 24小时,钙化培养基10-14天) 阅读提示:Methods中Culture of human coronary artery smooth muscle cell (HCASMC)部分 |
| 基因组学分析 | RNA-Seq样本重复数(4),ChIP-Seq抗体特异性,ATAC-Seq实验条件 阅读提示:Methods中RNA-sequencing和ChIP-Seq and ATAC-Seq部分 |
| 动物模型 | 小鼠基因型(SMCLin, SMCLin-KO),他莫昔芬给药时间和方式,高脂饮食持续时间(16周) 阅读提示:Methods中Mouse Models部分 |
| 单细胞RNA-Seq | 每组建模小鼠数量(3只),细胞分选标志物(tdTomato+),10X Genomics文库制备条件 阅读提示:Methods中Single-cell RNA-Seq部分 |
| 组织学分析 | 组织固定和切片方法,抗体浓度,碱性磷酸酶染色试剂盒 阅读提示:Methods中Histology部分 |