分析主动免疫接种后Aβ斑块周围的炎症反应
探究AN1792免疫后Aβ斑块周围的转录组变化,验证炎症反应
对13个iAD、6个nAD和6个NND的额叶皮层组织块进行空间转录组学,比较免疫后Aβ斑块周围的基因表达差异
Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease
研究包含空间转录组学、单细胞RNA测序、活体患者样本(AN1792和伦坎单抗治疗病例)以及多种验证(如免疫组化、空间蛋白质组学),并包括功能相关分析(如代谢重编程、补体信号)。
AN1792免疫接种AD患者脑组织 伦坎单抗治疗AD患者脑组织 未免疫接种AD和神经非疾病对照脑组织 ROSMAP DLPFC样本
AN1792组与nAD和NND对照的年龄、性别匹配 伦坎单抗病例与对照APOE ε4/ε4基因型及AD病理匹配 Aβ清除评估基于淀粉样斑块覆盖率的组织学量化 抗体反应(AN1792滴度)与APOE及TREM2表达的相关性 空间转录组学数据处理中gDNA百分比作为协变量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究AN1792免疫后Aβ斑块周围的转录组变化,验证炎症反应
对13个iAD、6个nAD和6个NND的额叶皮层组织块进行空间转录组学,比较免疫后Aβ斑块周围的基因表达差异
确定主动免疫接种后小胶质细胞亚型与Aβ清除程度的关系
使用Cell2Location反卷积空间转录组数据,结合单核RNA测序参考图谱,分析小胶质细胞富集区域的差异表达基因,并利用免疫荧光验证关键蛋白表达
在单个细胞水平上解析伦坎单抗治疗后的免疫细胞变化,尤其是小胶质细胞和巨噬细胞
对伦坎单抗病例和三个nAD对照的四个脑区进行固定RNA的单细胞RNA测序,注释细胞类型,分析差异表达基因和通路,并识别小胶质细胞亚型
在空间水平上同时检测RNA和蛋白质,探究免疫接种后Aβ斑块周围的免疫反应
对伦坎单抗病例和nAD对照的相邻切片进行空间蛋白质组学分析,使用31个抗体检测免疫蛋白,并整合转录组数据分析差异表达蛋白
确定主动和被动免疫接种驱动Aβ清除的共有和独特机制
整合所有数据,对Aβ富集的皮层斑点进行聚类,分析细胞类型、差异表达基因和高斯过程回归,并比较小胶质细胞亚型丰度,验证关键基因
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取与基因分型 | QIAamp DNA FFPE组织试剂盒 | Qiagen | 56404 |
| 空间转录组学 | Visium CytAssist空间基因表达试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| 空间蛋白质组学 | Visium人类转录组探针集v2.0 | 10x Genomics | -- |
| 人类FFPE免疫分析Panel | BioLegend, Abcam | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | Thermo Fisher | 62248 |
| 兔抗IBA1抗体 | WAKO | -- | |
| 小鼠抗泛Aβ抗体(4G8) | BioLegend | 800708 | |
| TrueBlack Plus脂褐素自发荧光淬灭剂 | Biotum | 23014 | |
| 免疫组织化学 | 泛Aβ抗体(D54D2) | Cell Signaling | 8243 |
| AT8抗体 | Thermo Fisher Scientific | MN1020 | |
| 免疫荧光 | 山羊抗IBA1抗体 | Abcam | ab5076 |
| 小鼠抗CD68抗体(KP1) | Abcam | ab955 | |
| 山羊抗APOE抗体 | Sigma-Aldrich | ab947 | |
| 兔抗TMS1/ASC抗体 | Abcam | ab309497 | |
| 兔抗A2M抗体 | Abcam | ab109422 | |
| 兔抗APOC1抗体 | Abcam | ab198288 | |
| 兔抗SPP1抗体 | Abcam | ab8448 | |
| 免疫组织化学 | 正常山羊血清 | Abcam | ab7481 |
| Triton X | Acros Organics | 21568-2500 | |
| DAB显色剂 | Dako | K3468 | |
| Cytoseal封片剂 | Epredia | 8312-4 | |
| 免疫荧光 | ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Fisher Scientific | P36934 |
| 成像分析 | EVOS M7000成像系统 | Thermo Fisher Scientific | AMF7000 |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq X Plus | Illumina | -- | |
| 基因分型 | BioMark HD实时PCR系统 | Fluidigm | -- |
| TaqMan SNP基因分型分析 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 空间转录组学(AN1792) | 组织:FFPE额叶皮层,切片厚度5-μm;捕获区域大小:6.5×6.5 mm;RNA质量指标(RIN);gDNA百分比;covariates (sex, age, average genes detected, gDNA percentage) 阅读提示:Methods: ST; Data preprocessing |
| 空间转录组学(伦卡尼单抗) | 组织:FFPE,切片厚度5-μm;捕获区域大小:11×11 mm;排除出血区域;gDNA百分比;协变量(brain region, CDR, gDNA percentage) 阅读提示:Methods: Spatial proteogenomics; Data preprocessing |
| 单细胞RNA测序 | FFPE切片厚度25-μm;固定RNA测序流程(10x Chromium Fixed RNA Profiling);细胞输入数量;SoupX背景校正参数;双细胞去除(DoubletFinder)参数;gDNA百分比 阅读提示:Methods: scRNA-seq; Data preprocessing |
| 免疫组织化学 | 抗体稀释度:pan-Aβ 1:100,pTau 1:500;抗原修复条件(95°C 30分钟, citrate pH 6.0 或 Tris-EDTA pH 9.0);封闭液成分 阅读提示:Methods: IHC |
| 免疫荧光 | 抗体稀释度:IBA1 1:150或1:400,Aβ 1:250或1:1000,CD68 1:400,APOE 1:500等;抗原修复条件;封闭液成分 阅读提示:Methods: Immunofluorescence |