患者样本转录组分析
鉴定与脂肪浸润相关的信号通路
对6例慢性全层RCT患者的冈上肌活检标本进行RNA测序,根据Goutallier分级分为0级和2级,进行差异表达基因和KEGG通路富集分析。
The Glycogen Synthase Kinase-3 Inhibitor CHIR99021 Reduces Fatty Infiltration and Muscle Atrophy After Rotator Cuff Tears: An In Vitro Experiment and In Vivo Mouse Model
包含患者样本RNA测序、细胞实验(FAPs和C2C12)、体内小鼠模型,并进行了功能验证(成脂/成肌分化)和机制验证(通路分析),证据层级丰富。
小鼠FAPs细胞模型 C2C12成肌细胞系 小鼠肩袖撕裂模型 人冈上肌活检样本
患者样本Goutallier分级(0级 vs 2级) CHIR99021浓度(3μM用于细胞实验,15mg/kg腹腔注射用于动物) 处理时间(细胞3或5天,动物1和4周) 动物分组(vehicle vs CHIR99021,n=20/组) 检测指标(油红O染色面积、肌纤维横截面积、肌肉重量损失、mRNA表达)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与脂肪浸润相关的信号通路
对6例慢性全层RCT患者的冈上肌活检标本进行RNA测序,根据Goutallier分级分为0级和2级,进行差异表达基因和KEGG通路富集分析。
检验CHIR99021是否能抑制FAPs的成脂分化
从小鼠肌肉中分选FAPs,在成脂诱导培养基(AIM)中用不同浓度CHIR99021处理3天,进行油红O染色、细胞活力检测、RT-qPCR和Western blot检测。
检验CHIR99021是否能促进成肌分化
C2C12细胞用3μM CHIR99021处理5天,通过RT-qPCR检测成肌基因(肌细胞生成素、Myf5、desmin)和Western blot检测肌球蛋白重链。
揭示CHIR99021抑制FAPs成脂分化的机制
对在GM、AIM或含3μM CHIR99021的AIM中培养3天的FAPs进行RNA测序,分析差异表达基因和KEGG通路富集。
评估CHIR99021在体内对脂肪浸润和肌肉萎缩的影响
对小鼠进行冈上肌腱切断术建立RCT模型,术后3天开始每日腹腔注射CHIR99021(15mg/kg)或载体,分别于术后1周和4周取材,进行组织学染色(HE、油红O、免疫荧光)和RT-qPCR检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | II型胶原酶 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 分散酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 高糖DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | -- | -- | |
| 药物处理 | CHIR99021 | Selleck Chemicals | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript第一链cDNA合成试剂盒 | Takara | 6110A | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR420A | |
| LightCycler 480 II型实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Solarbio | -- | |
| 抗肌球蛋白重链抗体 | Santa Cruz Biotechnology | B-5 | |
| 抗非磷酸化(活性)β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 增强化学发光试剂盒 | Millipore | -- | |
| 组织学染色 | 油红O | Sigma-Aldrich | O0625 |
| 免疫组化 | Triton X-100 | Solarbio | -- |
| 抗α-SMA抗体 | Invitrogen | 14-9760-82 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 抗perilipin抗体 | Cell Signaling Technology | 3470 | |
| 抗laminin抗体 | Sigma-Aldrich | L9393 | |
| 抗PDGFRα抗体 | Cell Signaling Technology | 3174s | |
| 成像 | 倒置显微镜DMi8 | Leica | -- |
| RNA测序 | RNAprep纯组织试剂盒 | Tiangen | DP431 |
| RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | Vazyme | NR604-01/02 | |
| NovaSeq 6000 S4测序系统 | Illumina | -- | |
| 流式细胞术 | APC标记抗PDGFRα抗体 | BioLegend | 135908 |
| PE标记抗CD31抗体 | BioLegend | 160204 | |
| FITC标记抗CD45抗体 | BioLegend | 157214 | |
| PE-Cyanine7标记抗Sca-1抗体 | BioLegend | 108114 | |
| FACSAria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞培养 | 100μm和70μm细胞过滤器 | Corning | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本采集与分组 | 纳入标准(慢性全层撕裂)、Goutallier分级、活检位置(距肌腱连接处2-3cm)、样本量(6例,每组3例) 阅读提示:Methods - Patient Selection and Biopsy; Figure 1A |
| 细胞分离与培养 | 小鼠品系(C57BL/6J)、FAPs分选标志物(PDGFRα+/Sca-1+/CD31-/CD45-)、消化酶浓度和时间(0.2%胶原酶II 90分钟,0.4%分散酶30分钟) 阅读提示:Methods - Isolation of FAPs From Mouse Muscle |
| CHIR99021处理 | 细胞实验最佳浓度(3μM)、动物实验剂量(15mg/kg,腹腔注射)、给药起始时间(术后3天) 阅读提示:Methods - Cell Culture, Adipogenic Differentiation, and Treatment; Methods - Animals and Surgical Procedures |
| 动物模型建立 | 手术步骤(切断冈上肌腱)、动物数量(n=20/组)、随机分组、术后时间点(1周和4周) 阅读提示:Methods - Animals and Surgical Procedures; Figure 5A |
| 结果评估 | 检测指标(油红O染色、肌纤维横截面积、肌肉重量损失、基因表达)、定量方法(ImageJ软件)、统计方法(Student t检验和单因素方差分析) 阅读提示:Methods - Oil Red O Staining, Immunohistochemistry, Statistical Analysis; Results |