建立NLRP3变体功能筛选系统
建立能够高通量、自动化评估NLRP3变体功能活性的实验系统,为后续变体功能分析奠定基础。
在HEK293T细胞中稳定表达ASC-BFP,转染GFP标记的NLRP3变体,利用成像流式细胞术和自动化R程序分析ASC斑点形成。
Mechanisms of NLRP3 activation and inhibition elucidated by functional analysis of disease-associated variants
包含HEK293T细胞高通量功能筛选、THP-1细胞功能验证、结构分析、临床样本关联分析等多个独立证据层级,并明确进行了功能验证和机制验证。
HEK293T细胞(稳定表达ASC-BFP) 人单核细胞系THP-1(NLRP3敲除后重建) PMA分化的THP-1巨噬细胞 患者来源PBMC
NLRP3变体在HEK293T细胞中的ASC50值 NLRP3变体在THP-1细胞中的IL-1β和IL-18释放水平 MCC950(10 μM)对NLRP3变体活性的抑制作用(4小时和12小时) 低温(32°C)暴露对NLRP3变体活性的影响 NLRP3变体对尼日利亚霉素(nigericin)的敏感性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立能够高通量、自动化评估NLRP3变体功能活性的实验系统,为后续变体功能分析奠定基础。
在HEK293T细胞中稳定表达ASC-BFP,转染GFP标记的NLRP3变体,利用成像流式细胞术和自动化R程序分析ASC斑点形成。
评估所有NLRP3变体的基础活性,并基于ASC50值优化其致病性分类。
计算每个变体的ASC50值,并与临床症状、遗传模式等关联分析,重新评估INFEVERS和ClinVar数据库中变体的致病性。
在更接近生理条件的骨髓细胞系中验证HEK293T细胞筛选结果,并评估其对激活剂的反应。
在NLRP3敲除的THP-1细胞中重建GFP标记的WT或突变NLRP3,用Pam3CSK4 priming和尼日利亚霉素刺激,检测IL-1β和IL-18释放。
通过结构分析揭示致病性NLRP3变体导致功能获得的潜在分子机制。
利用已发表的NLRP3失活(PDB: 7PZC)和活性(PDB: 8EJ4)结构,对变体位置进行注释,分析其可能的影响。
鉴定对特定NLRP3激活刺激(尼日利亚霉素或低温)超敏的NLRP3变体,以解释临床表型变异性。
筛选NLRP3变体在尼日利亚霉素处理或32°C低温培养条件下的ASC50变化,并在THP-1细胞中验证关键变体。
评估NLRP3抑制剂MCC950对不同NLRP3变体的抑制作用,以识别可能耐药的变体。
在HEK293T细胞中,用10 μM MCC950处理4小时或12小时,检测NLRP3变体的ASC50变化,并在THP-1细胞中验证关键耐药变体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 1514022 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Life Technologies | 11668-019 |
| OptiMEM I培养基 | Gibco | 11058021 | |
| 药物处理 | Pam3CSK4 | InvivoGen | tlrl-pms |
| 尼日利亚霉素 | InvivoGen | tlrl-nig | |
| MCC950 | InvivoGen | inh-mcc | |
| 多西环素 | -- | -- | |
| PMA | Sigma-Aldrich | 524400 | |
| 脂多糖 | Enzo | ALX-581-010 | |
| 咪喹莫特 | ChemSupply | 99011-02-6 | |
| LLOMe | Sigma-Aldrich | L7393 | |
| 尿酸单钠晶体 | InvivoGen | tlrl-msu | |
| 干扰素-γ | R&D Systems | 285-IF-100 | |
| TcdB | Abcam | ab124001 | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 11697498001 | |
| Bolt Bis-Tris Plus凝胶 | Thermo Scientific | NW0412F | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| NLRP3抗体 | CST | 15101S | |
| NEK7抗体 | CST | 3057S | |
| 微管蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-53029 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SANTSC-47778HRP | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 170-5061 | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | R&D | DY201 |
| IL-18 ELISA试剂盒 | R&D | DY318-05 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | R&D | DY206 | |
| RT-qPCR | Isolate II RNA Mini试剂盒 | Meridian Bioscience | BIO-52073 |
| SuperScript III逆转录酶 | Invitrogen | 18080093 | |
| Maxima SYBR Green qPCR预混液 | Thermo Fisher | K0253 | |
| 成像流式细胞术 | Amnis ImageStreamX MKII成像流式细胞仪 | Luminex | -- |
| 流式细胞术 | BD LSR Fortessa X20流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| Cytek Aurora流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| 突变引入 | QuikChange定点突变试剂盒 | Agilent Technologies | 210514 |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 | |
| 潮霉素 | Gibco | 10687010 | |
| 流式细胞术 | 胰蛋白酶-EDTA | -- | 10006132 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NLRP3变体功能筛选(HEK293T细胞) | ASC-BFP HEK293T细胞;NLRP3变体质粒(GFP标记);转染剂量(50 ng);转染时间(12小时);检测方法(流式细胞术);ASC50计算方式 阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; Fig. 1a |
| NLRP3变体功能验证(THP-1细胞) | NLRP3敲除THP-1细胞;doxycycline诱导表达系统(pF-TRE3G_hygro载体);Pam3CSK4 priming浓度(100 ng/mL)和时间(14小时);doxycycline浓度(100 ng/mL)和时间(6小时);尼日利亚霉素浓度(10 μM)和处理时间(1小时);检测指标(IL-1β、IL-18) 阅读提示:Methods: Generation of stable cell lines; Transfection and stimulation of cells; 图3c,d |
| 低温实验 | NLRP3变体转染的HEK293T细胞;转染后温度(32°C或37°C)和处理时间(12小时);检测ASC50 阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; 图4a |
| MCC950抑制实验 | NLRP3变体转染的HEK293T细胞;MCC950浓度(10 μM);处理时间(4小时或12小时);检测ASC50 阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; 图5a,b |