通过疾病相关变体的功能分析阐明NLRP3的激活和抑制机制

Mechanisms of NLRP3 activation and inhibition elucidated by functional analysis of disease-associated variants

作者信息Shouya Feng, Matthew C Wierzbowski, Katja Hrovat-Schaale, Andreas Dumortier, Yaoyuan Zhang, Maria Zyulina, Paul J Baker, Thomas Reygaerts, Annemarie Steiner, Dominic De Nardo, Dhanya Lakshmi Narayanan, Florian Milhavet, Alberto Pinzon-Charry, Juan Ignacio Arostegui, Raju P Khubchandani, Matthias Geyer, Guilaine Boursier, Seth L Masters
PMID39930093
发布时间2025-03
DOI10.1038/s41590-025-02088-9

实验完整度

包含HEK293T细胞高通量功能筛选、THP-1细胞功能验证、结构分析、临床样本关联分析等多个独立证据层级,并明确进行了功能验证和机制验证。

主要模型

HEK293T细胞(稳定表达ASC-BFP) 人单核细胞系THP-1(NLRP3敲除后重建) PMA分化的THP-1巨噬细胞 患者来源PBMC

重点核对

NLRP3变体在HEK293T细胞中的ASC50值 NLRP3变体在THP-1细胞中的IL-1β和IL-18释放水平 MCC950(10 μM)对NLRP3变体活性的抑制作用(4小时和12小时) 低温(32°C)暴露对NLRP3变体活性的影响 NLRP3变体对尼日利亚霉素(nigericin)的敏感性

摘要

NLRP3炎症小体是一种多蛋白复合物,介导caspase-1的激活以及促炎细胞因子(包括白细胞介素(IL)-1β和IL-18)的释放。编码NLRP3(也称为cryopyrin)的基因的功能获得性变体导致组成性炎症小体激活和冷吡啉相关周期性综合征(CAPS)中过量的IL-1β产生。在这里,我们展示了来自国际INFEVERS注册表和ClinVar数据库的534个NLRP3变体的功能筛选和自动化分析。该资源捕获了NLRP3变体对ASC斑点形成的影响,包括自发形成、低温下、炎症小体刺激后以及使用特异性NLRP3抑制剂MCC950时。最值得注意的是,我们的分析促进了INFEVERS中NLRP3变体的更新分类。结构分析提示了CAPS变体激活NLRP3的多种机制,包括增强ATP结合、稳定活性NLRP3构象、 destabilizing失活NLRP3复合物以及促进pyrin结构域寡聚化。此外,我们鉴定了能够使NLRP3对尼日利亚霉素和低温暴露的激活超敏化的致病性变体。我们还发现,大多数CAPS相关的NLRP3变体可被MCC950抑制;然而,影响靠近抑制剂结合位点的螺旋的脯氨酸变化的NLRP3变体以及对MCC950耐药的pyrin结构域变体(可能直接与ASC的pyrin结构域触发激活)则对MCC950耐药。我们的发现可能有助于对CAPS人群进行NLRP3抑制剂临床试验分层,我们的自动化方法可应用于具有不同激活机制的分子,并可在有兴趣向资源中添加新的功能验证的NLRP3变体的世界各地实验室中实施。总体而言,我们的研究为CAPS患者提供了改进的诊断,为NLRP3的激活机制提供了见解,并为未来靶向治疗的应用对患者进行了分层。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
NLRP3基因的疾病相关变体如何影响其功能,以及这些变体对NLRP3抑制剂MCC950的反应性如何,从而为CAPS的诊断和治疗提供依据?
核心机制
致病性NLRP3变体通过多种机制导致功能获得,包括增强ATP结合、稳定活性NLRP3构象、 destabilizing失活NLRP3复合物以及促进PYD结构域寡聚化。
主要证据
基于534个NLRP3变体在HEK293T细胞中的ASC斑点形成筛选,结合THP-1细胞中的功能验证和结构分析,发现变体通过上述机制激活NLRP3。
研究意义
该研究为CAPS患者提供了改进的诊断,揭示了NLRP3的激活机制,并为未来靶向治疗的患者分层提供了依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立NLRP3变体功能筛选系统

建立能够高通量、自动化评估NLRP3变体功能活性的实验系统,为后续变体功能分析奠定基础。

在HEK293T细胞中稳定表达ASC-BFP,转染GFP标记的NLRP3变体,利用成像流式细胞术和自动化R程序分析ASC斑点形成。

2

评估NLRP3变体的基础活性并优化分类

评估所有NLRP3变体的基础活性,并基于ASC50值优化其致病性分类。

计算每个变体的ASC50值,并与临床症状、遗传模式等关联分析,重新评估INFEVERS和ClinVar数据库中变体的致病性。

3

验证NLRP3变体在骨髓细胞中的功能

在更接近生理条件的骨髓细胞系中验证HEK293T细胞筛选结果,并评估其对激活剂的反应。

在NLRP3敲除的THP-1细胞中重建GFP标记的WT或突变NLRP3,用Pam3CSK4 priming和尼日利亚霉素刺激,检测IL-1β和IL-18释放。

4

分析NLRP3变体的结构效应

通过结构分析揭示致病性NLRP3变体导致功能获得的潜在分子机制。

利用已发表的NLRP3失活(PDB: 7PZC)和活性(PDB: 8EJ4)结构,对变体位置进行注释,分析其可能的影响。

5

评估NLRP3变体对尼日利亚霉素和低温的反应

鉴定对特定NLRP3激活刺激(尼日利亚霉素或低温)超敏的NLRP3变体,以解释临床表型变异性。

筛选NLRP3变体在尼日利亚霉素处理或32°C低温培养条件下的ASC50变化,并在THP-1细胞中验证关键变体。

6

评估NLRP3抑制剂MCC950的效力

评估NLRP3抑制剂MCC950对不同NLRP3变体的抑制作用,以识别可能耐药的变体。

在HEK293T细胞中,用10 μM MCC950处理4小时或12小时,检测NLRP3变体的ASC50变化,并在THP-1细胞中验证关键耐药变体。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Thermo Fisher Scientific--
RPMI 1640培养基Thermo Fisher Scientific--
胎牛血清----
L-谷氨酰胺Gibco25030081
青霉素-链霉素Gibco1514022
Lipofectamine 2000转染试剂Life Technologies11668-019
OptiMEM I培养基Gibco11058021
Pam3CSK4InvivoGentlrl-pms
尼日利亚霉素InvivoGentlrl-nig
MCC950InvivoGeninh-mcc
多西环素----
PMASigma-Aldrich524400
脂多糖EnzoALX-581-010
咪喹莫特ChemSupply99011-02-6
LLOMeSigma-AldrichL7393
尿酸单钠晶体InvivoGentlrl-msu
干扰素-γR&D Systems285-IF-100
TcdBAbcamab124001
RIPA裂解液----
蛋白酶抑制剂Roche11697498001
Bolt Bis-Tris Plus凝胶Thermo ScientificNW0412F
PVDF膜MilliporeIPVH00010
NLRP3抗体CST15101S
NEK7抗体CST3057S
微管蛋白抗体Santa Cruz Biotechnologysc-53029
β-肌动蛋白抗体Santa Cruz BiotechnologySANTSC-47778HRP
Clarity Western ECL底物Bio-Rad170-5061
IL-1β ELISA试剂盒R&DDY201
IL-18 ELISA试剂盒R&DDY318-05
IL-6 ELISA试剂盒R&DDY206
Isolate II RNA Mini试剂盒Meridian BioscienceBIO-52073
SuperScript III逆转录酶Invitrogen18080093
Maxima SYBR Green qPCR预混液Thermo FisherK0253
Amnis ImageStreamX MKII成像流式细胞仪Luminex--
BD LSR Fortessa X20流式细胞仪BD Biosciences--
Cytek Aurora流式细胞仪Cytek Biosciences--
QuikChange定点突变试剂盒Agilent Technologies210514
聚凝胺----
嘌呤霉素InvivoGenant-pr-1
潮霉素Gibco10687010
胰蛋白酶-EDTA--10006132

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
NLRP3变体功能筛选(HEK293T细胞)
ASC-BFP HEK293T细胞;NLRP3变体质粒(GFP标记);转染剂量(50 ng);转染时间(12小时);检测方法(流式细胞术);ASC50计算方式
阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; Fig. 1a
NLRP3变体功能验证(THP-1细胞)
NLRP3敲除THP-1细胞;doxycycline诱导表达系统(pF-TRE3G_hygro载体);Pam3CSK4 priming浓度(100 ng/mL)和时间(14小时);doxycycline浓度(100 ng/mL)和时间(6小时);尼日利亚霉素浓度(10 μM)和处理时间(1小时);检测指标(IL-1β、IL-18)
阅读提示:Methods: Generation of stable cell lines; Transfection and stimulation of cells; 图3c,d
低温实验
NLRP3变体转染的HEK293T细胞;转染后温度(32°C或37°C)和处理时间(12小时);检测ASC50
阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; 图4a
MCC950抑制实验
NLRP3变体转染的HEK293T细胞;MCC950浓度(10 μM);处理时间(4小时或12小时);检测ASC50
阅读提示:Methods: Transfection and stimulation of cells; 图5a,b