患者组织IMC分析
可视化CH和FALD肝脏中免疫细胞的空间分布
对CH、FALD和健康对照的FFPE肝组织切片进行IMC,使用27种金属标记抗体,经分割、聚类、表型鉴定,分析免疫细胞亚群比例和密度。
Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells
研究包含患者样本IMC分析、小鼠pIVCL模型、scRNA-seq、RNAish、体外细胞实验及药物干预等多层级验证,功能验证和机制研究兼备。
人肝组织活检样本(CH、FALD、健康对照) 小鼠下腔静脉部分结扎(pIVCL)模型 原代人肝窦内皮细胞(LSECs)
人肝组织样本类型及IMC分析条件 小鼠pIVCL手术及药物处理剂量(AMG487 5 mg/kg,抗CXCL9抗体100 μg/只) CXCL9在LSECs中的表达定位(RNAish) scRNA-seq中LSEC亚群分区及CXCL9表达 体外LSECs中β-catenin和HIF1α对CXCL9的调控
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
可视化CH和FALD肝脏中免疫细胞的空间分布
对CH、FALD和健康对照的FFPE肝组织切片进行IMC,使用27种金属标记抗体,经分割、聚类、表型鉴定,分析免疫细胞亚群比例和密度。
模拟人类CH以研究其病理机制
对C57BL/6小鼠进行下腔静脉部分结扎(pIVCL)或假手术,6周后评估门静脉压力、纤维化和免疫细胞浸润。
验证CH/FALD中LSECs是否表达CXCL9
使用RNAish检测小鼠和患者肝脏中CXCL9 mRNA表达,并检测血清CXCL9水平。
验证CXCL9/CXCR3通路在纤维化和PHTN中的作用
pIVCL后小鼠接受AMG487(CXCR3抑制剂)或抗CXCL9中和抗体治疗,评估门静脉压力、纤维化程度和巨噬细胞数量。
研究CH中LSEC亚群及其基因表达变化
从pIVCL和假手术小鼠肝脏中分离非实质细胞,使用10X Genomics平台进行scRNA-seq,经Seurat聚类和空间重建算法,鉴定LSEC亚群并分析差异表达基因。
验证HIF1α和β-catenin对CXCL9的调控
在原代人LSECs中,使用DMOG(缺氧模拟剂)和pcDNA3-S33Y β-catenin突变体或siRNA处理,检测CXCL9 mRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织染色 | Bond RX自动染色仪 | Leica Biosystems | -- |
| Superblock封闭液 | ThermoFisher | -- | |
| 铱核酸嵌入剂 | Standard BioTools | -- | |
| IMC图像采集 | Helios飞行时间质谱流式细胞仪 | Standard BioTools | -- |
| Hyperion成像系统 | Standard BioTools | -- | |
| IMC分析 | Ilastik 1.3.3 | -- | -- |
| CellProfiler 3版 | -- | -- | |
| 动物实验 | AMG487 | Sigma-Aldrich | -- |
| 抗CXCL9中和抗体 | BioXCell | -- | |
| CD68抗体 | Abcam | AB283654 | |
| 压力测量 | 数字血压分析仪 | A&D Instruments | -- |
| scRNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics | -- |
| RNAish | ACD RNAscope LS多重荧光试剂盒 | ACD | 322800 |
| Opal 520试剂盒 | PerkinElmer | FP1487001KT | |
| Opal 690试剂盒 | PerkinElmer | FP1497001KT | |
| Cd117抗体 | R&D Systems | AF1366 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Sigma-Aldrich | -- | |
| EVOS M7000成像系统 | Thermo Fisher | AMF7000 | |
| ELISA | 人CXCL9 ELISA试剂盒 | Invitrogen | EHCXCL9 |
| 小鼠CXCL9/MIG Quantikine ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- | |
| 原代细胞分离 | Liberase-TL | Roche | 05401020001 |
| DNA酶I | Roche | 10104159001 | |
| Percoll | -- | -- | |
| 流式细胞术 | TruStain FcX Plus | BioLegend | 156604 |
| CXCR3 BV786 | BD Horizon | -- | |
| 仓鼠同型对照抗体 | BD Horizon | -- | |
| Cytek Aurora 4激光流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| 体外实验 | 原代人LSECs | ScienCell | 5000 |
| DMOG | Sigma-Aldrich | D3695 | |
| pcDNA3-S33Y质粒 | Addgene | 19286 | |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher | L3000001 | |
| siHIF1-α | Dharmacon | L-004018-00-0005 | |
| siControl | Dharmacon | D-001810-10-05 | |
| Oligofectamine | Thermo Fisher | 12252011 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本IMC分析 | 样本类型(FFPE肝活检)、抗体panel及稀释度、ROI选择、图像分割和标准化参数 阅读提示:Methods中的Tissue Staining for IMC、IMC Image Acquisition、Image Pre-processing and Cell Segmentation for IMC Analysis及Supplementary Table 1 |
| 小鼠pIVCL模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、年龄(8-10周)、手术方式(pIVCL)、术后时间(6周) 阅读提示:Methods中的Partial inferior vena cava ligation |
| 药物干预 | AMG487剂量(5 mg/kg)、给药途径(腹腔)、频率(每周3次)、持续时间(6周);抗CXCL9抗体剂量(100 μg/小鼠),对照组(DMSO或生理盐水) 阅读提示:Methods中的Partial inferior vena cava ligation及Figure 4、9的图注 |
| scRNA-seq | 细胞分离方法(免疫磁珠)、10X Chromium平台、测序深度、聚类参数(分辨率0.3)、LSEC标记基因(Aqp1, Pecam1, f8, Kdr)、空间分区算法(Halpern等) 阅读提示:Methods中的scRNA-seq and Analysis及Figure 10-16 |
| RNAish | 探针(CXCL9, Cd117, β-catenin)、试剂盒(RNAscope)、染色流程、共定位分析 阅读提示:Methods中的RNA in situ hybridization及Figure 5、14 |
| 体外LSEC实验 | 细胞来源(ScienCell)、培养条件、DMOG浓度(1 mM)、处理时间(24h)、质粒浓度、转染试剂(Lipofectamine 3000, Oligofectamine)、转染时间(siRNA 48h) 阅读提示:Methods中的In vitro experiments及Figure 17、18 |