构建转基因小鼠模型
验证肠道Tm6sf2缺失对MASH的影响
利用Villin-Cre和Alb-Cre小鼠构建肠上皮细胞和肝细胞特异性Tm6sf2敲除小鼠,以及系统性敲除小鼠,并通过PCR和蛋白印迹验证敲除效率。
Intestinal TM6SF2 protects against metabolic dysfunction-associated steatohepatitis through the gut-liver axis
包含体内小鼠模型(基因敲除、饮食诱导、粪菌移植、同笼、药理抑制)和体外细胞模型(Caco2、AML-12、THLE-2),并进行功能验证和机制验证(Co-IP、MST、分子对接)。
Tm6sf2ΔIEC小鼠(肠上皮细胞特异性敲除) 无菌小鼠(粪菌移植) Caco2人结肠上皮细胞系 AML-12和THLE-2正常肝细胞系
肠上皮细胞特异性敲除Tm6sf2(Villin-Cre)的构建与验证 饮食模型:NC、CD-HFD、HFHC、MCD的喂养时间 粪便菌群移植(FMT)到无菌小鼠的方案与时间 LPA受体拮抗剂AM095和Brp-LPA的给药剂量和途径 多组学分析(RNA-seq、宏基因组测序、代谢组学)及统计方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证肠道Tm6sf2缺失对MASH的影响
利用Villin-Cre和Alb-Cre小鼠构建肠上皮细胞和肝细胞特异性Tm6sf2敲除小鼠,以及系统性敲除小鼠,并通过PCR和蛋白印迹验证敲除效率。
确定肠道Tm6sf2缺失是否促进MASH发展
对Tm6sf2ΔIEC和对照小鼠喂养NC或CD-HFD、HFHC等,通过组织学、生化指标、炎症因子和纤维化检测评估MASH严重程度。
评估肠道Tm6sf2缺失是否损害肠道屏障
通过检测门静脉和肝脏LPS、血清LBP、紧密连接蛋白表达、透射电镜观察,以及体外Caco2单层通透性实验,评估肠道屏障功能。
鉴定肠道Tm6sf2缺失引起的菌群失调和代谢物改变
通过宏基因组测序分析粪便菌群组成,通过非靶向和靶向代谢组学检测粪便、门静脉血清和肝脏中的代谢物,特别是LPA和游离脂肪酸。
确定肠道菌群改变是否足以驱动MASH
将Tm6sf2ΔIEC和对照小鼠粪便移植到无菌小鼠,观察MASH发展;并通过灌胃Lachnospiraceae验证其对LPA产生的作用。
揭示肠道Tm6sf2缺失导致脂肪酸分泌增加的分子机制
通过免疫沉淀、银染质谱、共免疫沉淀、微量热泳动和分子对接验证TM6SF2与FABP5的相互作用,并通过过表达FABP5验证其对LCFA分泌的逆转作用。
评估阻断LPAR或调节菌群对MASH的治疗效果
使用LPAR拮抗剂AM095或Brp-LPA处理小鼠,或通过同笼饲养恢复正常菌群,观察MASH的改善情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| THLE-2特异性培养基 | Procell | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 转铁蛋白 | -- | -- | |
| 硒 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 溶血磷脂酸 | -- | -- | |
| 药物处理 | AM095 | Apexbio | -- |
| Brp-LPA | Echelon | -- | |
| 细胞培养 | 支原体检测试剂盒 | Lonza Bioscience | LT07-318 |
| 病毒包装 | 脂质体转染试剂2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 细胞培养 | 胶原酶IV | -- | -- |
| 分散酶 | -- | -- | |
| 庆大霉素 | -- | -- | |
| 万古霉素 | -- | -- | |
| 两性霉素B | -- | -- | |
| 组织学 | 油红O | -- | -- |
| 天狼星红染色 | -- | -- | |
| 生化检测 | Catalyst One生化分析仪 | IDEXX Laboratories | -- |
| 和光甘油三酯检测试剂盒 | Wako Pure Chemical Industries | -- | |
| 胶原检测 | 羟脯氨酸检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering | -- |
| 免疫荧光 | E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 |
| 绒毛蛋白抗体 | Novus Biologicals | NBP1-32841 | |
| Western blot | TM6SF2抗体 | H. Hobbs | -- |
| 磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033S | |
| NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242S | |
| IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 4814 | |
| 闭合蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 91131 | |
| 密蛋白3抗体 | Affinity Biosciences | AF0129 | |
| CD36抗体 | Abcam | ab133625 | |
| NPC1L1抗体 | Abcam | ab124801 | |
| FABP5抗体 | Proteintech | 12348-1-AP | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript RT试剂盒(含基因组DNA去除) | Takara | RR047B | |
| TB Green Premix Ex Taq | Takara | -- | |
| QuantStudio 7 Flex实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | Philips | -- |
| ELISA | 小鼠LPS ELISA试剂盒 | Cusabio | -- |
| 小鼠LBP检测试剂盒 | Hycult Biotech | -- | |
| 流式细胞术 | CD45抗体 | BioLegend | 157618 |
| F4/80抗体 | BioLegend | 157303 | |
| CD11b抗体 | BioLegend | 101215 | |
| CD206抗体 | BioLegend | 141715 | |
| CD11c抗体 | BioLegend | 117309 | |
| 固定可存活染料520 | BD Bioscience | 564407 | |
| BD FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein A/G混合磁珠 | Merck Millipore | -- |
| Protein A/G Plus琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 20423 | |
| Protein A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88802 | |
| MST | Monolith NT.115仪器 | NanoTemper Technologies | -- |
| Monolith毛细管 | NanoTemper Technologies | MO-K022 | |
| 脂肪酸处理 | 花生酸 | Sigma-Aldrich | A3631 |
| 花生四烯酸 | Sigma-Aldrich | A3611 | |
| 亚油酸 | Sigma-Aldrich | L1376 | |
| 棕榈酸 | Sigma-Aldrich | P0500 | |
| 肠道通透性 | FITC-葡聚糖4kDa | Sigma-Aldrich | -- |
| 宏基因组测序 | PowerSoil Pro试剂盒 | Qiagen | -- |
| 转录组测序 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| TruSeq RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| 代谢组学 | Orbitrap Exploris 120质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 6500+液相色谱/电喷雾电离-串联质谱仪 | SCIEX | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型构建 | Tm6sf2flox小鼠中loxP位点的插入位置,Cre品系(Villin-Cre的来源和背景) 阅读提示:Methods: Tm6sf2 transgenic mice |
| 饮食诱导MASH | NC、CD-HFD、HFHC的饲料配方和能量比例,喂养持续时间 阅读提示:Methods: Mouse experiments, Figure 1 legends |
| 肠道屏障检测 | LPS和LBP检测的样本类型(门静脉血清、肝脏),ELISA试剂盒的灵敏度 阅读提示:Methods: LPS and LBP detection, Figure 2 legends |
| 菌群分析 | 粪便DNA提取试剂盒,测序平台(Illumina HiSeq 2000),生物信息学分析流程(Kraken2、Bracken) 阅读提示:Methods: Shotgun metagenomic sequencing |
| 代谢组学 | 样品前处理(提取溶剂、内标),LC-MS条件(色谱柱、流动相) 阅读提示:Methods: Untargeted and targeted metabolomics |
| 粪菌移植 | 供体粪便制备方法(PBS稀释浓度),受体无菌鼠周龄、灌胃次数和时间 阅读提示:Methods: Germ-free mice, Figure 5 legend |
| LPAR抑制剂处理 | AM095和Brp-LPA的给药剂量、途径(i.p.)、频率和时间 阅读提示:Methods: Mice treated with LPAR antagonists, Figure 8 legends |