组织样本收集与表达分析
验证SIGLEC11在胃癌组织中的表达水平及其与预后的相关性。
收集胃癌患者配对肿瘤、癌旁和正常组织,进行RT-qPCR和IHC分析SIGLEC11表达,并结合TCGA和GEO数据分析预后。
SIGLEC11 promotes M2 macrophage polarization through AKT-mTOR signaling and facilitates the progression of gastric cancer
包含体外巨噬细胞极化实验、流式细胞术、Western blot、RNA-seq、小鼠移植瘤模型、患者来源类器官共培养等多层级验证。
THP-1细胞系 单核细胞来源的巨噬细胞 裸鼠皮下移植瘤模型 患者来源胃癌类器官
SIGLEC11在肿瘤相关巨噬细胞中高表达,与M2巨噬细胞标志物共定位 体外过表达SIGLEC11促进M2极化,敲低无明显效果 SIGLEC11通过激活AKT-mTOR通路促进M2极化,AKT抑制剂可逆转 体内实验显示SIGLEC11过表达巨噬细胞促进肿瘤生长
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SIGLEC11在胃癌组织中的表达水平及其与预后的相关性。
收集胃癌患者配对肿瘤、癌旁和正常组织,进行RT-qPCR和IHC分析SIGLEC11表达,并结合TCGA和GEO数据分析预后。
评估SIGLEC11在巨噬细胞极化过程中的表达变化。
培养THP-1细胞和PBMC来源的巨噬细胞,用PMA、细胞因子等诱导M1/M2极化,通过RT-qPCR检测SIGLEC11表达。
验证SIGLEC11对巨噬细胞M2极化的功能影响。
通过慢病毒或质粒转染THP-1和PBMC来源巨噬细胞过表达或敲低SIGLEC11,用RT-qPCR和流式细胞术检测M2标志物。
模拟肿瘤微环境,评估SIGLEC11对TAMs极化的影响。
将过表达SIGLEC11的巨噬细胞与MKN-45或AGS细胞条件培养基共培养,检测M2标志物及细胞因子分泌。
验证SIGLEC11通过AKT-mTOR通路促进M2极化。
对SIGLEC11过表达巨噬细胞进行RNA-seq分析,并用Western blot检测AKT和mTOR磷酸化,以及AKT抑制剂处理。
验证SIGLEC11+巨噬细胞对胃癌进展的促进作用。
将MKN-45细胞与不同SIGLEC11表达水平的巨噬细胞混合皮下注射裸鼠,监测肿瘤生长,并通过流式、RT-qPCR和IHC分析M2浸润。
在人源模型中验证SIGLEC11+巨噬细胞对肿瘤生长的影响。
建立PDO与不同SIGLEC11表达巨噬细胞的共培养体系,观察类器官数量变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Meilunbio | MA0110 | |
| 佛波酯 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 脂多糖 | Beyotime | S1732 |
| 干扰素-γ | PeproTech | 300-02 | |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 20000-04 | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 300-25 | |
| PBMC分离 | 淋巴细胞分离液 | YEASEN | 40504ES60 |
| RNA提取与qPCR | SteadyPure快速RNA提取试剂盒 | Accurate Viology | AG21023 |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| qTOWER384G实时荧光定量PCR仪 | Analytik Jena | -- | |
| Western blot | 细胞裂解液 | Epizyme | PC102 |
| 蛋白酶抑制剂 | NCM Biotech | P001 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman | -- |
| 转染 | Hilymax转染试剂 | Dojindo | H357 |
| 嘌呤霉素 | Meilunbio | MB2005-1 | |
| ELISA | IL-10 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00012 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00012 | |
| TNF-β1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00055 | |
| M-CSF ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00044 | |
| 动物实验 | 裸鼠 | PhenoTek Biotechnology | -- |
| 类器官培养 | IV型胶原酶 | Sigma | -- |
| 基质胶 | Corning | 356231 | |
| 人胃癌类器官培养基 | OuMel | WM-H-09 | |
| TrypLE Express消化酶 | ThermoFisher | 12604013 | |
| 类器官成像 | Countstar Castor S1细胞分析仪 | Countstar | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本 | 样本来源、配对情况、IHC和IF使用样本数;文中未明确说明具体批次和病理分期 阅读提示:Methods: Tissue samples |
| 细胞培养 | 细胞系培养基组成、FBS浓度、培养条件;THP-1和MKN45/AGS的来源与STR验证 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 巨噬细胞极化 | PMA浓度与处理时间;M1/M2极化因子浓度与时间;PBMC来源巨噬细胞分化条件 阅读提示:Methods: Macrophage polarization |
| 病毒转染 | 过表达/敲低载体构建方法、转染试剂和条件、筛选浓度 阅读提示:Methods: Plasmids and lentivirus transduction |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、每组样本量、肿瘤细胞与巨噬细胞注射比例和数量、肿瘤测量时间点 阅读提示:Methods: Animal experiments |
| 类器官共培养 | PDO培养条件、消化时间、共培养比例、细胞浓度、基质胶用量 阅读提示:Methods: Patient-derived organoids (PDOs) model and coculture system of PDO |