尸体脑组织的sarkosyl分级分离
富集不溶性tau和α-突触核蛋白,以便进行蛋白质组学和修饰分析。
从DLB患者(n=30)和对照组(n=29)的冷冻额叶皮层组织中提取蛋白,通过sarkosyl分级分离获得不溶性部分。
Dementia with lewy bodies patients with high tau levels display unique proteome profiles
包含人脑组织蛋白质组学(质谱)、免疫组化、多重免疫荧光和Western blot验证,涵盖多证据层级。
DLB患者脑组织(皮质) 年龄匹配对照脑组织
基于不溶性tau丰度进行k-means聚类,以Log2强度>24为阈值将DLB分为DLBTau+(n=9)和DLBTau−(n=21)。 sarkosyl分级分离方法:约150-160mg冷冻皮质组织,加入TBS裂解缓冲液,使用Precellys 24匀浆器(5500转/分,3次20秒,暂停30秒)。 质谱分析采用timsTOF Pro2,90分钟梯度,DDA模式,PASEF。 免疫组化使用AT8(1:400)和LB509(1:4000),定量使用HALO软件。 多重免疫荧光使用MJFR-14-6-4-2、D3D2N、E9Y4S抗体,成像使用CELL DIVE系统。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
富集不溶性tau和α-突触核蛋白,以便进行蛋白质组学和修饰分析。
从DLB患者(n=30)和对照组(n=29)的冷冻额叶皮层组织中提取蛋白,通过sarkosyl分级分离获得不溶性部分。
定量不溶性蛋白丰度,并确定DLB患者中tau水平的差异。
使用SP3方法消化蛋白,采用LC-MS/MS(timsTOF Pro2)分析不溶性部分,通过非标记定量获得蛋白丰度。
根据不溶性tau丰度将DLB患者分为高tau(DLBTau+)和低tau(DLBTau−)亚组。
对DLB患者的tau蛋白丰度进行k-means聚类分析,识别出9个高tau患者,并将DLB分为DLBTau+(n=9)和DLBTau−(n=21)。
验证质谱分层结果,并检查tau和α-突触核蛋白是否共定位。
对DLBTau+和DLBTau−患者的大脑切片进行免疫组化(IHC)和多重免疫荧光(IF)染色,检测tau和α-突触核蛋白。
比较DLBTau+和DLBTau−患者与对照之间的差异蛋白质和通路。
对不溶性蛋白质组数据进行差异表达分析和GO生物学过程富集分析。
分析tau和α-突触核蛋白的翻译后修饰,以区分DLB亚组。
使用MASCOT软件鉴定PTM位点,并比较DLBTau+和DLBTau−患者之间的修饰。
验证蛋白质组学发现的关键蛋白。
对汇集的蛋白样本进行Western blot,检测APP、Clusterin、EGFR和Ubiquitin。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Sarkosyl分级分离 | Precellys® 24组织匀浆器 | -- | -- |
| 蛋白质定量 | Pierce™ BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| 蛋白质消化 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 质谱分析 | timsTOF Pro2 | Bruker | -- |
| 免疫组织化学 | 抗人PHF-Tau AT8抗体 | Thermo Scientific | MN1020 |
| 纯化抗α-突触核蛋白LB509抗体 | Sigma Millipore | MABN824 | |
| Mach 4小鼠探针HRP二抗 | Biocare Medical | -- | |
| Mach 4 HRP聚合物 | Biocare Medical | M4U534L | |
| 背景封闭液 | Biocare Medical | BP974 | |
| Peroxidized 1 | Biocare Medical | PX968 | |
| 图像分析 | HALO™图像分析软件 | Indica Labs | -- |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor® 488抗α-突触核蛋白聚集体抗体 | Abcam | ab216124 |
| Alexa Fluor® 647 β-淀粉样蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | D3D2N | |
| Alexa Fluor® 750磷酸化tau (T217)抗体 | Cell Signaling Technology | E9Y4S | |
| CELL DIVE多重成像系统 | Leica Microsystems | -- | |
| 图像分析 | AIVIA软件 | Leica Microsystems | -- |
| Western blot | Invitrogen™ NuPAGE™ LDS上样缓冲液(4X) | Invitrogen | -- |
| Invitrogen™ NuPAGE™样品还原剂(10X) | Invitrogen | -- | |
| Invitrogen™ SeeBlue™ Plus2预染蛋白质标准品 | Invitrogen | -- | |
| 4-20% Mini-PROTEAN TGX预制胶 | Bio-Rad | -- | |
| Bio-Rad Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | -- | |
| APP/β-淀粉样蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2450 | |
| Clusterin抗体 | Cell Signaling Technology | 42143 | |
| EGF受体抗体 | Cell Signaling Technology | 54359 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| LI-COR Revert™ 700总蛋白染色剂 | LI-COR | -- | |
| Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织来源 | 脑组织样本来自哈佛脑组织资源中心(HBTRC),经NIH NeuroBioBank获取;DLB患者(n=30)和年龄匹配对照(n=29),需确认病理诊断标准。 阅读提示:Methods 中的 'Post-mortem human subjects and clinical data' 部分 |
| sarkosyl分级分离 | 组织量(150-160 mg),裂解缓冲液配方,匀浆参数(5500转/分,3次20秒,暂停30秒),超速离心条件(50,000 rpm,4°C,1.5小时)。 阅读提示:Methods 中的 'Sarkosyl fractionation of post-mortem tissue' 部分 |
| 质谱分析 | 酶(测序级胰蛋白酶12.5 ng/µl),LC-MS/MS参数(90分钟梯度,DDA模式,PASEF),数据分析软件(Fragpipe/MSFragger)及参数。 阅读提示:Methods 中的 'Preparation of samples for mass spectrometry analysis' 和 'LC–MS/MS measurements' 部分 |
| 患者分层 | 基于不溶性tau的Log2强度进行k-means聚类,k=2,阈值Log2>24,将DLB分为DLBTau+(n=9)和DLBTau−(n=21)。 阅读提示:Results 中的 'Stratification of the DLB patient cohort using MS-measured tau abundance' 部分 |
| 免疫组化 | 抗体AT8(1:400)和LB509(1:4000),抗原修复(柠檬酸盐缓冲液),封闭(Background Punisher),检测系统(Mach 4),定量软件(HALO)。 阅读提示:Methods 中的 'Immunohistochemistry and analysis' 部分 |
| 多重免疫荧光 | 抗体:MJFR-14-6-4-2、D3D2N、E9Y4S(1:100),抗原修复(95°C 20分钟),封闭(5%正常山羊血清),成像系统(CELL DIVE),分析软件(AIVIA)。 阅读提示:Methods 中的 'Multiplex immunofluorescence and Imaging' 部分 |
| 蛋白质印迹 | 蛋白上样量(10 µg),抗体浓度(1:500),凝胶类型(4-20%),转印时间(7分钟),总蛋白染色(LI-COR Revert 700),成像系统(ChemiDoc MP)。 阅读提示:Methods 中的 'Western blot analysis' 部分 |