单核RNA测序与细胞分型
获取对照和BD人基底节各脑区细胞类型特异的转录组,并注释细胞类型。
对1例对照和1例BD人脑的尾状核、壳核、苍白球和黑质进行单核RNA测序,使用Seurat聚类和UMAP可视化,依据已知标记基因注释细胞类型。
Exploring PDE5A upregulation in bipolar disorder: insights from single-nucleus RNA sequencing of human basal ganglia
包含单核RNA测序、免疫染色验证、体外原代神经元功能实验、体内小鼠模型行为学及分子机制验证,证据层级多样且包含功能与机制验证。
人死后脑基底节组织 小鼠原代LGE来源纹状体神经元 成年小鼠纹状体PDE5A过表达模型
单核RNA测序样本:1例对照和1例BD人脑,四个脑区(尾状核、壳核、苍白球、黑质) PDE5A免疫染色验证:7对对照和BD尾状核切片 原代神经元过表达:rAAV2/9-hSyn-PDE5A-EGFP,DIV3感染,DIV14分析 他达拉非处理:10 μM,DIV7和DIV10各12小时 立体定位注射:7周龄雄性C57BL/6小鼠,双侧纹状体,每只0.5 μL病毒,4周后行为学检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取对照和BD人基底节各脑区细胞类型特异的转录组,并注释细胞类型。
对1例对照和1例BD人脑的尾状核、壳核、苍白球和黑质进行单核RNA测序,使用Seurat聚类和UMAP可视化,依据已知标记基因注释细胞类型。
识别BD中各细胞类型的差异表达基因并探索富集的生物学通路。
对每个脑区相同细胞类型在BD和对照间进行差异表达分析,筛选标准包括至少25%细胞表达、10%表达差异、log2FC>0.5、adjusted p<0.01,并进行GO-BP富集分析。
识别与BD相关的共表达基因模块及关键枢纽基因。
基于所有细胞中1728个DEGs进行WGCNA分析,鉴定基因模块,并分析模块特征基因与细胞类型、脑区及BD状态的相关性,进一步鉴定枢纽基因网络。
识别BD各脑区细胞类型特异性的转录因子调控网络。
对每个脑区用pySCENIC进行调控子分析,比较BD和对照的调控子活性差异,并检查PDEs和离子通道作为下游靶标的情况。
在独立的人脑样本中验证PDE5A蛋白在BD尾状核MSNs中的上调。
对7对对照和BD人尾状核切片进行免疫荧光染色,检测DARPP32和PDE5A共表达比例。
验证PDE5A过表达对原代纹状体神经元形态、存活和兴奋性的影响。
培养E16-17小鼠LGE来源的MSNs,用rAAV2/9-hSyn-PDE5A-EGFP感染,进行MAP2染色和Sholl分析、caspase 3凋亡检测、全细胞膜片钳记录。
验证PDE5A过表达对小鼠纹状体cGMP水平、基因表达和行为的影响。
对成年小鼠双侧纹状体注射对照或PDE5A过表达病毒,4周后进行一系列行为学测试,随后检测cGMP水平、mRNA-seq和免疫染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核RNA测序 | 10x 单细胞3' LT试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| PDE5A抗体 | Santa Cruz | sc-398747 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 增强化学发光试剂 | -- | -- | |
| 细胞培养 | Hank's平衡盐溶液 | Biosharp | BL559A |
| HEPES缓冲液 | Biosharp | BL1061A | |
| 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | T4174 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | D4527 | |
| Neurobasal培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| B27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | Gibco | 35050061 | |
| 细胞处理 | 他达拉非 | MedChemExpress | HY-90009A |
| 立体定位注射 | 立体定位仪 | RWD Life Science | Model 68001 |
| 玻璃毛细管 | RWD Life Science | GC-3.5 | |
| 免疫荧光染色 | DAPI封片剂 | SouthernBiotech | 0100-20 |
| TrueBlack脂褐素自发荧光淬灭剂 | Biotium | 23007 | |
| GFAP抗体 | Proteintech | 16825-1-AP | |
| CD3抗体 | Santa Cruz | sc-20047 | |
| DARPP32抗体 | Proteintech | 10748-1-AP | |
| GFP抗体 | Proteintech | 50430-2-AP | |
| MAP2抗体 | Proteintech | 67015-1-Ig | |
| Caspase 3抗体 | Proteintech | 66470-2-Ig | |
| CoraLite594偶联驴抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-8 | |
| CoraLite647偶联山羊抗小鼠IgG(H+L) F(ab')2片段 | Proteintech | SA00014-10 | |
| western blot | HRP偶联山羊抗小鼠IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-1 |
| HRP偶联山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| RNA-seq文库构建 | VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | Vazyme | NR604 |
| RNA测序 | Novaseq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | RNAprep纯组织试剂盒 | Tiangen Biotech. | DP431 |
| Evo M-MLV反转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11705 | |
| TB Green Premix Ex Taq | Takara | rr420a | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher | 4376600 | |
| cGMP检测 | cGMP ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0083 |
| 行为学实验 | CatWalk XT 8.1步态分析系统 | Noldus | -- |
| 转棒测试仪 | Ugo Basile | 47650 | |
| Ethovision XT视频跟踪软件 | Noldus | -- | |
| SR-LAB惊跳反应测试箱 | -- | -- | |
| 电生理记录 | MultiClamp 700B放大器 | Molecular Devices | -- |
| 显微镜 | TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| EVOS M7000显微镜 | Invitrogen | AMF7000 | |
| 数据分析 | Image J软件 | -- | -- |
| Cytoscape软件 | -- | version 3.7.2 | |
| 统计 | GraphPad Prism 8 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单核RNA测序 | 样本来源:1例对照和1例BD人脑;质量控制参数(基因表达数、UMI数、线粒体比例、双细胞去除) 阅读提示:Methods: Single nucleus isolation and library preparation, Quality control and doublet removal |
| 差异表达分析 | DEG筛选标准:至少25%细胞表达、10%表达差异、log2FC>0.5、adjusted p<0.01 阅读提示:Methods: Differential expression analysis |
| 免疫染色验证 | 样本:7对对照和BD尾状核;抗体稀释度和孵育条件;统计方法 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and analysis of dendritic morphology; Results: Fig. 3G |
| 体外原代神经元实验 | 小鼠品系及胚胎日龄;LGE分离和培养条件;病毒感染时间和MOI(未报告MOI);药物处理浓度和时间;Sholl分析参数 阅读提示:Methods: Primary MSN culture and adeno-associated virus (AAV) infection; Results: Figs. 5 and 6 |
| 体内小鼠模型 | 病毒注射坐标、体积和滴度(滴度未报告);行为学测试顺序和时间间隔;cGMP检测组织质量和处理方法 阅读提示:Methods: Stereotaxic injection, Behavioral tests; Results: Figs. 7 and 8 |