探索双相情感障碍中PDE5A的上调:基于人基底节单核RNA测序的见解

Exploring PDE5A upregulation in bipolar disorder: insights from single-nucleus RNA sequencing of human basal ganglia

作者信息Zhixin Bai, Peilong Li, Xu Gao, Gaoyu Zu, Andrew Jiang, Keting Wu, Naguib Mechawar, Gustavo Turecki, Klaus Lehnert, Russell G Snell, Jin Zhou, Jia Hu, Bingbing Yan, Liang Chen, Wensheng Li, You Chen, Shuai Liu, Ying Zhu, Linya You
PMID39695100
发布时间2024-12-18
DOI10.1038/s41398-024-03202-5

实验完整度

包含单核RNA测序、免疫染色验证、体外原代神经元功能实验、体内小鼠模型行为学及分子机制验证,证据层级多样且包含功能与机制验证。

主要模型

人死后脑基底节组织 小鼠原代LGE来源纹状体神经元 成年小鼠纹状体PDE5A过表达模型

重点核对

单核RNA测序样本:1例对照和1例BD人脑,四个脑区(尾状核、壳核、苍白球、黑质) PDE5A免疫染色验证:7对对照和BD尾状核切片 原代神经元过表达:rAAV2/9-hSyn-PDE5A-EGFP,DIV3感染,DIV14分析 他达拉非处理:10 μM,DIV7和DIV10各12小时 立体定位注射:7周龄雄性C57BL/6小鼠,双侧纹状体,每只0.5 μL病毒,4周后行为学检测

摘要

基底节被认为介导双相情感障碍(BD)的症状。为了理解BD基底节的细胞类型特异性基因表达和网络变化,我们对来自对照人死后脑的尾状核、壳核、苍白球和黑质的30,752个细胞核以及BD脑的24,672个细胞核进行了单核RNA测序。差异表达分析显示主要差异位于尾状核,BD中型多棘神经元(MSNs)表达显著更高的PDE5A,一种cGMP特异性磷酸二酯酶。基因共表达分析(WGCNA)显示尾状核MSNs与基因模块绿色强相关,并含有包含PDE5A的枢纽基因网络。基因调控网络分析(SCENIC)表明不同细胞类型和基底节区域之间存在关键调控子,关键转录因子的下游靶标显示出重叠基因如PDEs。PDE5A的上调在7对对照和BD尾状核切片中得到进一步验证。在原代培养的侧神经节隆起来源的纹状体神经元中过表达PDE5A导致树突复杂性降低、凋亡增加以及神经元兴奋性和膜电阻增强。这种效应可以通过PDE5特异性抑制剂他达拉非挽救。通过立体定位注射在小鼠纹状体中过表达PDE5A导致cGMP水平降低、神经炎症基因表达谱增加以及BD样行为。总的来说,我们的发现提供了细胞类型特异性的基因表达谱,并表明PDE5A上调在BD基底节中的致病作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
双相情感障碍(BD)基底节中是否存在细胞类型特异性的基因表达变化,特别是PDE5A是否在BD中上调并具有致病作用?
核心机制
PDE5A上调导致cGMP水平降低,进而引起树突发育受损、凋亡增加、神经元兴奋性增高以及神经炎症,最终导致BD样行为。
主要证据
单核RNA测序显示BD尾状核MSNs中PDE5A显著上调;免疫染色在7对BD样本中验证;体外过表达PDE5A导致树突复杂性降低、凋亡增加、兴奋性增高,他达拉非可挽救;体内过表达导致cGMP降低、神经炎症基因上调及BD样行为。
研究意义
揭示了PDE5A上调在BD病因中的因果作用,提示现有PDE5抑制剂(如他达拉非、西地那非)可能具有治疗精神疾病的新应用。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单核RNA测序与细胞分型

获取对照和BD人基底节各脑区细胞类型特异的转录组,并注释细胞类型。

对1例对照和1例BD人脑的尾状核、壳核、苍白球和黑质进行单核RNA测序,使用Seurat聚类和UMAP可视化,依据已知标记基因注释细胞类型。

2

差异表达分析和GO富集

识别BD中各细胞类型的差异表达基因并探索富集的生物学通路。

对每个脑区相同细胞类型在BD和对照间进行差异表达分析,筛选标准包括至少25%细胞表达、10%表达差异、log2FC>0.5、adjusted p<0.01,并进行GO-BP富集分析。

3

WGCNA共表达网络分析

识别与BD相关的共表达基因模块及关键枢纽基因。

基于所有细胞中1728个DEGs进行WGCNA分析,鉴定基因模块,并分析模块特征基因与细胞类型、脑区及BD状态的相关性,进一步鉴定枢纽基因网络。

4

SCENIC基因调控网络分析

识别BD各脑区细胞类型特异性的转录因子调控网络。

对每个脑区用pySCENIC进行调控子分析,比较BD和对照的调控子活性差异,并检查PDEs和离子通道作为下游靶标的情况。

5

PDE5A免疫染色验证

在独立的人脑样本中验证PDE5A蛋白在BD尾状核MSNs中的上调。

对7对对照和BD人尾状核切片进行免疫荧光染色,检测DARPP32和PDE5A共表达比例。

6

体外原代神经元过表达实验

验证PDE5A过表达对原代纹状体神经元形态、存活和兴奋性的影响。

培养E16-17小鼠LGE来源的MSNs,用rAAV2/9-hSyn-PDE5A-EGFP感染,进行MAP2染色和Sholl分析、caspase 3凋亡检测、全细胞膜片钳记录。

7

体内小鼠模型验证

验证PDE5A过表达对小鼠纹状体cGMP水平、基因表达和行为的影响。

对成年小鼠双侧纹状体注射对照或PDE5A过表达病毒,4周后进行一系列行为学测试,随后检测cGMP水平、mRNA-seq和免疫染色。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
10x 单细胞3' LT试剂盒10x Genomics--
BCA蛋白定量试剂盒BeyotimeP0012
PDE5A抗体Santa Cruzsc-398747
GAPDH抗体Proteintech10494-1-AP
增强化学发光试剂----
Hank's平衡盐溶液BiosharpBL559A
HEPES缓冲液BiosharpBL1061A
胰蛋白酶Sigma-AldrichT4174
脱氧核糖核酸酶ISigmaD4527
Neurobasal培养基Gibco--
胎牛血清Gibco10091148
B27添加剂Gibco17504044
谷氨酰胺补充剂Gibco35050061
他达拉非MedChemExpressHY-90009A
立体定位仪RWD Life ScienceModel 68001
玻璃毛细管RWD Life ScienceGC-3.5
DAPI封片剂SouthernBiotech0100-20
TrueBlack脂褐素自发荧光淬灭剂Biotium23007
GFAP抗体Proteintech16825-1-AP
CD3抗体Santa Cruzsc-20047
DARPP32抗体Proteintech10748-1-AP
GFP抗体Proteintech50430-2-AP
MAP2抗体Proteintech67015-1-Ig
Caspase 3抗体Proteintech66470-2-Ig
CoraLite594偶联驴抗兔IgG(H+L)ProteintechSA00013-8
CoraLite647偶联山羊抗小鼠IgG(H+L) F(ab')2片段ProteintechSA00014-10
HRP偶联山羊抗小鼠IgG(H+L)ProteintechSA00001-1
HRP偶联山羊抗兔IgG(H+L)ProteintechSA00001-2
Trizol试剂Invitrogen15596-026
VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒VazymeNR604
Novaseq 6000测序仪Illumina--
RNAprep纯组织试剂盒Tiangen Biotech.DP431
Evo M-MLV反转录试剂盒Accurate BiologyAG11705
TB Green Premix Ex TaqTakararr420a
StepOnePlus实时荧光定量PCR仪Thermo Fisher4376600
cGMP ELISA试剂盒ElabscienceE-EL-0083
CatWalk XT 8.1步态分析系统Noldus--
转棒测试仪Ugo Basile47650
Ethovision XT视频跟踪软件Noldus--
SR-LAB惊跳反应测试箱----
MultiClamp 700B放大器Molecular Devices--
TCS SP8共聚焦显微镜Leica--
EVOS M7000显微镜InvitrogenAMF7000
Image J软件----
Cytoscape软件--version 3.7.2
GraphPad Prism 8----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单核RNA测序
样本来源:1例对照和1例BD人脑;质量控制参数(基因表达数、UMI数、线粒体比例、双细胞去除)
阅读提示:Methods: Single nucleus isolation and library preparation, Quality control and doublet removal
差异表达分析
DEG筛选标准:至少25%细胞表达、10%表达差异、log2FC>0.5、adjusted p<0.01
阅读提示:Methods: Differential expression analysis
免疫染色验证
样本:7对对照和BD尾状核;抗体稀释度和孵育条件;统计方法
阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and analysis of dendritic morphology; Results: Fig. 3G
体外原代神经元实验
小鼠品系及胚胎日龄;LGE分离和培养条件;病毒感染时间和MOI(未报告MOI);药物处理浓度和时间;Sholl分析参数
阅读提示:Methods: Primary MSN culture and adeno-associated virus (AAV) infection; Results: Figs. 5 and 6
体内小鼠模型
病毒注射坐标、体积和滴度(滴度未报告);行为学测试顺序和时间间隔;cGMP检测组织质量和处理方法
阅读提示:Methods: Stereotaxic injection, Behavioral tests; Results: Figs. 7 and 8