单细胞转录组和TCR测序
解析OCCC肿瘤微环境的细胞组成和功能状态。
对5例新鲜肿瘤样本进行了5'单细胞RNA-seq和TCR-seq,对8例FFPE样本进行了scFFPE-seq,生成单细胞图谱。
Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma
包含多组学分析(单细胞、空间、bulk)、免疫组化验证、体外共培养及临床病例回顾,但主要为计算和相关性分析,缺乏功能实验验证。
新鲜OCCC肿瘤样本(5例) FFPE OCCC样本(8例进行scFFPE-seq) OCCC细胞系(用于共培养实验) 患者来源的癌症相关成纤维细胞(CAFs)
ARID1A突变状态(MUT vs WT) 治疗分组(TC vs TC+贝伐珠单抗) 组织来源(新鲜 vs FFPE) scRNA-seq和TCR-seq的检测平台 IHC评分标准(CD36/CD47 >50%,POSTN >20%)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
解析OCCC肿瘤微环境的细胞组成和功能状态。
对5例新鲜肿瘤样本进行了5'单细胞RNA-seq和TCR-seq,对8例FFPE样本进行了scFFPE-seq,生成单细胞图谱。
在空间和患者间水平验证单细胞发现。
对2例OCCC样本进行空间转录组测序,对58例患者进行批量RNA-seq,使用生物信息学方法进行去卷积和生态型分析。
验证CD36、CD47和POSTN的蛋白表达及其与预后的关联。
对31例OCCC患者的肿瘤微阵列进行IHC染色,评估CD36、CD47和POSTN的表达,并进行生存分析。
验证CAFs对肿瘤细胞增殖和CD36表达的影响。
从卵巢癌腹水中分离CAFs,收集其培养上清液,与OCCC细胞系共培养,检测肿瘤细胞增殖和CD36表达。
评估VEGFi联合抗PD-1在真实世界OCCC患者中的疗效。
分析了3例接受VEGFi联合抗PD-1治疗的OCCC患者的血清肿瘤标志物、影像学和临床结局。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗兔人CD36抗体 | proteintech | 18836-1-AP |
| 抗小鼠人POSTN抗体 | proteintech | 66491-1-Ig | |
| 人CD47免疫组化试剂盒 | -- | RMA-0842 | |
| 细胞培养 | 杜氏改良鹰氏培养基 | -- | -- |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | -- | |
| 单细胞测序 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v2 | 10x Genomics | -- | |
| Chromium单细胞人TCR扩增试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| Miltenyi Biotech FFPE组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 患者临床特征、肿瘤分期、治疗史、样本类型和数量 阅读提示:Methods: Human specimen collection |
| 单细胞测序 | 组织解离条件、10x Genomics试剂盒版本、测序平台、细胞活率 阅读提示:Methods: Single-cell RNA sequencing and scFFPE-seq |
| 免疫组织化学 | 抗体克隆号、稀释比例、抗原修复方案、染色评分标准 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry |
| 细胞共培养 | CAFs来源、培养条件、上清液收集时间和比例、肿瘤细胞系 阅读提示:Methods: CAF co-culture system |
| 临床病例分析 | 患者治疗方案、用药剂量、周期、评估时间点 阅读提示:Results: VEGFi plus anti-PD-1 exerts clinical benefit in refractory OCCC |