表达谱分析
确定肝细胞中CXs和PANXs的表达谱,并比较肥胖条件下差异表达。
通过RNA-seq检测原代肝细胞中CX和PANX的表达,并在db/db和HFD小鼠肝脏及人NAFLD样本中验证PANX1表达。
PANX1-mediated ATP release confers FAM3A's suppression effects on hepatic gluconeogenesis and lipogenesis
研究包含体外细胞实验、db/db及HFD小鼠模型、PANX1敲除小鼠和临床肝样本等多层次验证,并进行了功能验证和机制研究。
小鼠原代肝细胞 HepG2细胞 db/db小鼠 高脂饮食(HFD)喂养小鼠 PANX1基因敲除小鼠 人NAFLD肝组织样本
细胞实验:小鼠原代肝细胞和HepG2细胞,腺病毒感染MOI=50,处理24小时。 动物模型:8-10周龄雄性C57BL/6J小鼠,高脂饮食(45% HFD)喂养3个月;db/db小鼠(10-12周龄);PANX1敲除小鼠。 药物处理:PBN(200 μmol/L)、suramin(50 μmol/L)、PPADS(50 μmol/L)、MRS2179(10 μmol/L)、PSB-0739(10 μmol/L)、KRIBB11(1 μmol/L)处理24小时。 体内实验:尾静脉注射腺病毒(1×10^9 pfu)或AAV(5×10^11 vg),观察至注射后2周或3个月。 检测指标:OGTT、ITT、PTT、MRI、血脂、肝脂、ATP含量、蛋白和mRNA表达水平。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定肝细胞中CXs和PANXs的表达谱,并比较肥胖条件下差异表达。
通过RNA-seq检测原代肝细胞中CX和PANX的表达,并在db/db和HFD小鼠肝脏及人NAFLD样本中验证PANX1表达。
验证PANX1过表达对肝细胞糖异生和脂质沉积的影响。
在小鼠原代肝细胞和HepG2细胞中过表达PANX1(Ad-PANX1),检测ATP释放、葡萄糖产生和脂质沉积。
验证肝脏PANX1过表达对肥胖小鼠糖脂代谢的影响。
向db/db和HFD小鼠尾静脉注射Ad-PANX1,进行代谢表型分析(OGTT、PTT、ITT、MRI、TG等)。
验证PANX1缺失对肝糖脂代谢的影响。
使用AAV-shPANX1敲低肝脏PANX1,以及全局PANX1敲除小鼠,分析代谢表型。
阐明PANX1抑制糖异生和脂质合成的分子机制。
通过Co-IP/MS、Western blot、免疫荧光等检测Akt、FOXO1、CaM、JNK、AP1和FAS的变化,并使用PBN、suramin等抑制剂验证信号通路。
揭示肥胖条件下PANX1上调的分子机制。
通过DNA pull-down和MS鉴定转录因子,验证MafK对PANX1转录的抑制作用。
验证FAM3A是否通过HSF1上调PANX1表达并促进ATP释放。
过表达FAM3A,检测PANX1表达和HSF1活性,并使用HSF1抑制剂KRIBB11验证。
验证FAM3A的代谢调控作用是否依赖PANX1。
在PANX1缺陷的肝细胞和小鼠中过表达FAM3A,检测ATP释放、糖异生和脂质沉积的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM(高糖)培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| TRIzol试剂 | -- | -- | |
| RNA-seq | 5300生物分析仪 | Agilent | -- |
| ND-2000分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- | |
| 药物处理 | 丙磺舒(PBN) | Selleck | S4022 |
| 苏拉明 | Abcam | ab120422 | |
| PPADS | MedChemExpress | HY-101044 | |
| MRS2179 | MedChemExpress | HY-101308A | |
| PSB-0739 | MedChemExpress | HY-108660 | |
| KRIBB11 | Selleck | S8402 | |
| Western blot | 抗PANX1抗体 | Proteintech | 12,595–1-AP |
| 抗p-Akt (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | #4060S | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 9272S | |
| 抗FOXO1抗体 | Cell Signaling Technology | 2880S | |
| 抗p-FOXO1 (Ser256)抗体 | Cell Signaling Technology | 9461S | |
| 抗p-JNK (Thr183/Thr185)抗体 | Cell Signaling Technology | 4668S | |
| 抗HSF1抗体 | Cell Signaling Technology | 4356S | |
| 抗G-6-Pase抗体 | Santa-Cruz Biotechnology | sc-25840 | |
| 抗PEPCK抗体 | Bioworld | BS6870 | |
| 抗JNK抗体 | Immunoway | YT2440 | |
| 抗AP1抗体 | Immunoway | YM0027 | |
| 抗MafK抗体 | Immunoway | YN2091 | |
| 抗p-AP1 (Ser63)抗体 | Abcam | ab32385 | |
| 抗FAS抗体 | Abcam | ab22759 | |
| 抗FAM3A抗体 | ABclonal | A2784 | |
| 抗CaM抗体 | PTM-BIO | PTM-6314 | |
| 抗GAPDH抗体 | ZSGB-BIO | TA-08 | |
| 二抗 | Biodragon | -- | |
| 免疫荧光 | 免疫荧光二抗 | ZSGB-BIO | -- |
| TG检测 | 甘油三酯测定试剂盒 | Applygen | E1013 |
| 甘油三酯测定试剂盒 | Applygen | E1002 | |
| 转染 | Quickshuttle转染试剂 | Biodragon | KX0110042 |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因试剂盒 | Vigorous Biotechnology | T002 |
| ATP测定 | ATP-Lite检测试剂盒 | Vigorous Biotechnology | T007 |
| 发光检测仪 | Turner Biosystems | -- | |
| RNA提取 | RNApure高纯度总RNA快速提取试剂盒 | BioTeke Corporation | RP1202 |
| 逆转录 | EasyScript全合一第一链cDNA合成试剂盒 | TransGen Biotech | AE341-03 |
| 实时荧光定量PCR | TransStart Tip Green qPCR SuperMix | TransGen Biotech | AQ141-04 |
| Agilent Mx3000P实时荧光定量PCR系统 | Agilent Technologies | -- | |
| 免疫共沉淀 | 免疫沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26,147 |
| Western blot | 化学发光试剂盒 | Biodragon | BF06053-500 |
| 脂质染色 | LipidTOX中性脂质染料 | Invitrogen | H34476 |
| DNA pull-down | PCR纯化试剂盒 | TIANGEN | DP209 |
| 核蛋白提取试剂盒 | Applygen | P1200 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞类型、培养基、感染复数(MOI=50)、处理时间(24小时)、FFAs浓度(0.2 mmol/L油酸和0.4 mmol/L棕榈酸) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatments |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、饮食(ND或45% HFD)、喂养时间(3个月)、db/db小鼠周龄(10-12周) 阅读提示:Materials and Methods: Experimental animals |
| 病毒注射 | 腺病毒滴度(1×10^9 pfu)、AAV剂量(5×10^11 vg)、注射途径(尾静脉)、注射后观察时间(2周或3个月) 阅读提示:Materials and Methods: Adenovirus- and adeno-associated virus (AAV)-mediated overexpression of PANX1 and FAM3A in mouse livers |
| 抑制剂处理 | PBN浓度(200 μmol/L)、suramin(50 μmol/L)、PPADS(50 μmol/L)、MRS2179(10 μmol/L)、PSB-0739(10 μmol/L)、KRIBB11(1 μmol/L)、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatments |
| 代谢表型检测 | OGTT、ITT、PTT的时间点、MRI参数、TG测定方法、血清ATP检测流程 阅读提示:Materials and Methods: Oral glucose tolerance test (OGTT), insulin tolerance test (ITT), and pyruvate tolerance test (PTT) assays; Total triglyceride (TG) assays; ATP content determination |
| 分子机制检测 | 抗体信息(货号、稀释度)、Western blot流程、Co-IP条件、DNA pull-down条件 阅读提示:Materials and Methods: Antibodies; Western blotting assays; Co-Immunoprecipitation (Co-IP); DNA pull-down assay |
| 统计设计 | 统计分析软件(GraphPad Prism 8.0)、数据表示(mean±SEM)、检验方法(t检验、ANOVA、Mann-Whitney U检验、Kruskal-Wallis H检验)、显著性水平(P<0.05) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis |