GBC患者多区域样本收集与单细胞测序
构建GBC肿瘤微环境的单细胞图谱,识别GBC-LI中富集的免疫细胞类型。
从15例GBC患者(GBC-LI和GBC-Lo)采集肿瘤、癌旁正常组织和血液样本,进行scRNA-seq;对4例GBC-LI患者的肿瘤-肝脏边界组织进行ST测序。
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
包含多模型分析(scRNA-seq、ST、蛋白质组学、mIHC)、体外共培养、Transwell侵袭实验、细胞毒性实验及基因敲低等功能验证,证据层级独立且充分。
GBC细胞系(EH-GB1、GBC-SD、NOZ) 中性粒细胞(来自GBC患者及健康供者) GBC患者组织样本(GBC-LI和GBC-Lo)
小鼠模型使用:文中未明确说明 肿瘤与中性粒细胞共培养比例(Tumor:Neu)为1:1、1:3等 oxLDL浓度:50 μg/ml 共培养时间:30分钟至24小时 中性粒细胞类型:CD33mid CD66b+
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建GBC肿瘤微环境的单细胞图谱,识别GBC-LI中富集的免疫细胞类型。
从15例GBC患者(GBC-LI和GBC-Lo)采集肿瘤、癌旁正常组织和血液样本,进行scRNA-seq;对4例GBC-LI患者的肿瘤-肝脏边界组织进行ST测序。
表征中性粒细胞在GBC不同组织来源中的异质性,定义上下文依赖性状态。
对分选的中性粒细胞进行scRNA-seq聚类,定义Nontumor-Activating、Tissue-Residing和Tumor-Modifying三个评分,并通过qRT-PCR验证。
验证GBC细胞与中性粒细胞接触对oxLDL摄取的影响及其机制。
将中性粒细胞与GBC细胞系(EH-GB1、GBC-SD、NOZ)共培养,使用Dil-oxLDL标记,流式细胞术检测摄取;使用中和抗体阻断OLR1验证其作用。
评估oxLDL吸收的中性粒细胞对肿瘤侵袭和细胞毒性的影响。
将肿瘤细胞与中性粒细胞共培养于Transwell下室,加入oxLDL,检测肿瘤细胞侵袭能力;通过钙黄绿素和Annexin V染色检测肿瘤细胞活力与凋亡。
验证KRT17在GBC细胞诱导中性粒细胞oxLDL摄取中的作用。
在EH-GB1细胞中通过siRNA敲低KRT17、ANXA1、IGFBP7、CD9,然后与中性粒细胞共培养,检测oxLDL摄取和OLR1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞消化 | 美天旎肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi | -- |
| GentleMACS解离器 | Miltenyi | -- | |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Applygen Technologies | C1311 |
| 活/死细胞染色 | DRAQ5染料 | CST | -- |
| DAPI染料 | Biolegend | -- | |
| 流式分选 | PE标记抗CD66b抗体 | Biolegend | -- |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3'文库和凝胶珠与多重试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Chromium条形码系统 | 10x Genomics | -- | |
| 测序 | HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- |
| 全外显子测序 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| NanoQuant板Infinite M200 PRO读板器 | Tecan Austria GmbH | -- | |
| SureSelect人全外显子试剂盒 | Agilent | 50 | |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 质谱 | timsTOF Pro质谱仪 | Bruker | -- |
| Nanoelute液相色谱 | Bruker | -- | |
| 多重免疫组化 | Opal-520, Opal-540, Opal-570, Opal-620, Opal-650, Opal-690荧光染料 | PerkinElmer | -- |
| 抗CD66b抗体 | Abcam | ab197678 | |
| 抗PanCK抗体 | Abcam | ab7753 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab955 | |
| 抗FOXP3抗体 | Abcam | ab20034 | |
| 抗LGALS3抗体 | Proteintech | 14979-1-AP | |
| 抗oxLDL抗体 | Abcam | ab14519 | |
| 抗KRT17抗体 | Proteintech | 17516-1-AP | |
| OLR1抗体 | Proteintech | 11837-1-AP | |
| 流式细胞术 | APC标记抗CD66b抗体 | Biolegend | 396905 |
| BV510标记抗CD33抗体 | Biolegend | 366609 | |
| FITC标记抗CD3抗体 | Biolegend | 317305 | |
| 抗SREBF1抗体 | Proteintech | 14088-1-AP | |
| PE标记抗LOX1抗体 | BioLegend | 358603 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| Matrigel基质胶 | Corning, BD Biocoat | 356234 | |
| 钙黄绿素-AM | -- | -- | |
| oxLDL摄取实验 | Dil标记的氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotechnologies | -- |
| Dil标记的低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotechnologies | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BD | 556547 |
| Western blotting | 抗β-actin抗体 | CST | 4967 |
| 抗兔IgG二抗 | Proteintech | RGAR001 | |
| Tanon-5200化学发光成像系统 | Tanon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集与处理 | 患者数量(15例)、样本类型(肿瘤、癌旁、血液)、样本运输条件(RPMI-1640+10% FBS,冰上)、消化试剂盒(Miltenyi Tumor Dissociation Kit)、红细胞裂解液(Applygen C1311) 阅读提示:Methods 中的 Patient samples and single-cell suspension preparation 部分 |
| 单细胞测序与数据分析 | 测序平台(10x Genomics Chromium)、过滤阈值(基因数>250,线粒体基因比例<30%)、双细胞去除算法(DoubletFinder等)、归一化和聚类方法(Seurat v3/v4.4.1) 阅读提示:Methods 中的 Single-cell RNA sequencing、Preprocessing of the scRNA-seq data 部分 |
| 中性粒细胞分选与共培养 | 分选标记(CD33mid CD66b+)、共培养细胞系(EH-GB1等)、共培养比例(Tumor:Neu)、共培养时间(30分钟)、oxLDL浓度(50 μg/ml) 阅读提示:Methods 中的 Co-culture of neutrophils and cancer cell lines、Cholesterol uptake assay 部分 |
| Transwell侵袭实验 | 细胞数量(下室4×10^5,上室3×10^4)、基质胶浓度(1:8)、培养时间(12小时)、oxLDL浓度(50 μg/ml) 阅读提示:Methods 中的 Transwell invasion assay 部分 |
| 细胞毒性实验 | 细胞数量(5×10^5/孔)、共培养比例(1:3)、oxLDL浓度(50 μg/ml)、检测时间(1小时和24小时) 阅读提示:Methods 中的 Cytotoxity assay 部分 |