SLC7A2表达检测
验证SLC7A2在HD细胞模型和患者中是否上调
通过RNA-seq和qRT-PCR检测STHdhQ7/Q111细胞、原代星形胶质细胞以及公共数据集中的SLC7A2 mRNA水平,并进行数据挖掘分析。
Elevated SLC7A2 expression is associated with an abnormal neuroinflammatory response and nitrosative stress in Huntington's disease
包含细胞模型、原代星形胶质细胞、患者数据集及CRISPR敲除、生化检测、活细胞成像等多层级验证,并进行功能验证和机制分析。
STHdhQ7和Q111小鼠纹状体细胞系 WT和YAC128小鼠原代星形胶质细胞 Enroll-HD患者队列
IFNγ/LPS浓度:100 ng/mL IFNγ和5 μg/mL LPS处理24小时 SLC7A2敲除:CRISPR-Cas9介导的SLC7A2敲除克隆 精氨酸剥夺:无精氨酸培养基处理 iNOS抑制剂:1400W hydrochloride(10 nM) 患者补充剂分组:Enroll-HD PDS5数据集中服用精氨酸或半胱氨酸补充剂的HD患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SLC7A2在HD细胞模型和患者中是否上调
通过RNA-seq和qRT-PCR检测STHdhQ7/Q111细胞、原代星形胶质细胞以及公共数据集中的SLC7A2 mRNA水平,并进行数据挖掘分析。
评估HD细胞对炎症刺激的iNOS和NO反应
用IFNγ/LPS处理细胞,通过Western blot检测iNOS表达,DAF-2DA和Griess法检测NO水平。
探究细胞外精氨酸对iNOS和NO产生的影响
在无精氨酸培养基中培养细胞,并添加或不添加精氨酸,检测iNOS和NO。
验证SLC7A2在炎症反应中的功能必要性
使用CRISPR-Cas9敲除STHdhQ7/Q111细胞中的SLC7A2,检测iNOS和NO水平。
评估炎症诱导的NO是否导致蛋白质亚硝化增加
采用生物素转换实验检测细胞中S-亚硝基化蛋白质水平。
评估亚硝化应激对线粒体形态的影响
转染MitoTurboRFP标记线粒体,通过活细胞成像和Mitometer分析线粒体长度。
探讨精氨酸补充剂对HD患者疾病进展的潜在影响
分析Enroll-HD PDS5数据集,使用倾向评分匹配比较服用精氨酸或半胱氨酸补充剂患者的疾病进展。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| DMEM/F12K培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 干扰素γ | Peprotech | -- |
| 脂多糖 | Invitrogen | -- | |
| 1400W盐酸盐 | Cayman Chemical | -- | |
| 精氨酸盐酸盐 | -- | -- | |
| NO检测 | 格里斯试剂盒 | Promega | G2930 |
| 4,5-二氨基荧光素二乙酸酯 | -- | -- | |
| 生物素转换实验 | 甲基甲硫代磺酸酯 | -- | -- |
| 生物素-HPDP | -- | -- | |
| Western blot | 抗iNOS抗体 | -- | -- |
| 抗肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| IRDye 800CW链霉亲和素 | LI-COR | 926-32230 | |
| 生物素转换实验 | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | 78430 |
| RNA提取 | Direct-Zol RNA微型制备Plus试剂盒 | ZYMO RESEARCH | R20711 |
| RNA-seq | TruSeq链特异性mRNA样本制备方案 | Illumina | -- |
| 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| CRISPR敲除 | CRISPR基因敲除试剂盒V2 | Synthego | -- |
| Neon电穿孔系统 | Invitrogen | -- | |
| QuickExtract DNA提取液 | Epicenter | -- | |
| Q5高保真DNA聚合酶 | New England Biolabs | -- | |
| 线粒体成像 | MitoTurboRFP质粒 | Addgene | 28131 |
| 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- | |
| μ-Slide 8孔腔室载玻片 | Ibidi | 80806 | |
| 尼康A1R共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 代谢物检测 | 高效液相色谱-质谱联用 | -- | -- |
| 沃特世Acquity超高效液相色谱系统 | Waters | -- | |
| Sciex QTRAP 6500 Plus质谱仪 | Sciex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(STHdhQ7/Q111)、原代星形胶质细胞(WT/YAC128)、培养条件(DMEM/10% FBS,33°C,5% CO2) 阅读提示:见Methods的Cell culture部分,以及图1和图2图注 |
| 炎症诱导 | IFNγ浓度100 ng/mL,LPS浓度5 μg/mL,处理时间24小时 阅读提示:见图2图注和Methods的Drug treatment部分 |
| SLC7A2敲除 | sgRNA序列和电转参数(1300V,20ms,2次脉冲),验证大片段缺失克隆 阅读提示:见Methods的CRISPR敲除部分和图4图注,以及补充图S1 |
| 精氨酸剥夺/补充 | 无精氨酸培养基处理,添加精氨酸浓度0.699 mM 阅读提示:见Methods的Drug treatment部分和图3图注 |
| NO检测 | DAF-2DA浓度5μM,Griess试剂盒,微板读数器 阅读提示:见Methods的NO production部分和图2图注 |
| 患者数据分析 | Enroll-HD PDS5数据集,倾向评分匹配变量(年龄、CAG重复、性别、种族),结局指标(运动评分、TFC、MMSE) 阅读提示:见Methods的Enroll-HD分析部分和图9图注 |