临床队列数据分析OXPHOS与ICI应答的相关性
探究OXPHOS水平是否与肾细胞癌患者免疫治疗预后相关。
分析CheckMate、JAVELIN Renal 101、NCT01358721及同济医院队列的RNA-seq和临床数据,利用ssGSEA计算OXPHOS评分,评估其与PFS、OS及客观缓解率的关系。
Targeting oxidative phosphorylation to increase the efficacy of immune-combination therapy in renal cell carcinoma
包含多队列临床数据分析、体外细胞功能实验、体内动物模型及免疫微环境分析,并进行了分子机制验证。
Renca细胞系(小鼠肾细胞癌) BALB/c小鼠皮下移植瘤模型 CheckMate、JAVELIN Renal 101、NCT01358721临床队列 同济医院临床病例队列
Ndufb8敲低效率(shNdufb8 1:RNA 70%,蛋白 61%) BALB/c小鼠皮下接种Renca细胞数量(1×10^6)及抗PD-L1给药方案(200 µg/只,每3天一次,共4次) 肿瘤体积测量及生存终点(肿瘤体积达到2000 mm³或小鼠死亡) 流式细胞术分析肿瘤浸润CD8+ T细胞中IFN-γ、PD-1、TIM-3的表达 免疫荧光检测缺氧区域(Hypoxyprobe标记)及CD8+ T细胞分布
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究OXPHOS水平是否与肾细胞癌患者免疫治疗预后相关。
分析CheckMate、JAVELIN Renal 101、NCT01358721及同济医院队列的RNA-seq和临床数据,利用ssGSEA计算OXPHOS评分,评估其与PFS、OS及客观缓解率的关系。
验证OXPHOS是否直接影响肿瘤细胞的增殖和迁移。
通过慢病毒转染构建Ndufb8敲低的Renca细胞系,通过CCK-8、集落形成、Edu和细胞划痕实验检测细胞增殖和迁移能力。
验证OXPHOS敲低是否能增强抗PD-L1治疗的抗肿瘤效果并改善生存。
将shNdufb8和shControl Renca细胞皮下接种BALB/c小鼠,使用抗PD-L1或IgG对照处理,监测肿瘤生长和生存期。
探究OXPHOS敲低对肿瘤浸润免疫细胞的影响及机制。
通过流式细胞术和免疫荧光分析肿瘤浸润淋巴细胞(TILs),检测CD8+ T细胞比例、功能(IFN-γ)、耗竭标志物(PD-1、TIM-3)及缺氧水平。
探究VHL和HIF-1α状态是否干扰OXPHOS对ICI应答的预测能力。
根据VHL突变状态和PDK1/NDUFA4L2表达分组,重新评估OXPHOS评分与PFS的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 动物实验 | InVivoMAb抗小鼠PD-L1抗体 | Bio X Cell | BE0101 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白印迹 | 聚偏二氟乙烯膜 | -- | -- |
| Ndufb8抗体 | Proteintech | 67690-1-Ig | |
| HIF1-α抗体 | Abclonal | A22041 | |
| β2微球蛋白抗体 | Proteintech | 66207-1-Ig | |
| β-肌动蛋白抗体 | Elabscience | E-AB-48018 | |
| 二抗 | Abclonal | AS003 | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| ImageLab软件 | Bio-Rad | -- | |
| 流式细胞术 | IV型胶原酶 | Sigma | 9001-12-1 |
| 透明质酸酶 | Sigma | 9001-54-1 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | 9003-98-9 | |
| 红细胞裂解液 | Sigma | -- | |
| Percoll分离液 | -- | -- | |
| CD8抗体 | Elabscience | E-AB-F1104S | |
| CD45抗体 | Elabscience | E-AB-F1136Q | |
| IFN-γ抗体 | Elabscience | E-AB-F1101E | |
| TIM-3抗体 | Elabscience | E-AB-F1192D | |
| PD-1抗体 | Elabscience | E-AB-F1131J | |
| Hypoxyprobe-1试剂盒 | Hypoxyprobe | HP6-100Kit | |
| 细胞内固定/破膜缓冲液试剂盒 | Elabscience | E-CK-A109 | |
| Beckman流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| FlowJo软件 | Tree Star | -- | |
| 组织学分析 | MDH2抗体 | Boster | A04803-2 |
| PD-L1抗体 | Boster | BM4816 | |
| NDUFB8抗体 | Boster | A07936-1 | |
| NDUFS4抗体 | Boster | M03608-1 | |
| HSD17B10抗体 | Boster | PB0299 | |
| 免疫荧光 | 哌莫硝唑盐酸盐 (Hypoxyprobe) | Hypoxyprobe | -- |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- | |
| 抗Hypoxyprobe抗体 | Hypoxyprobe | HP6-100Kit | |
| 抗小鼠CD8a抗体 | -- | CL647-65069 | |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Renca和293T细胞系来源:ATCC;培养基:DMEM+10% FBS;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Methods: Cell line, mice, and agents |
| 基因敲低 | shRNA序列:shNdufb8 1: GGATGTCATGTGTAAACATCT, shNdufb8 2: GGGACCTAGACATGTACATCA, shControl: ATGGTAGCGTACACTTATGAT;筛选:嘌呤霉素 阅读提示:Methods: Retroviral RNA interference |
| 动物实验 | 小鼠品系:BALB/c雌性,4-6周龄;细胞接种量:1×10^6细胞/200 µL PBS皮下接种;抗PD-L1给药:200 µg/只,腹腔注射,每3天一次,共4次;生存终点:肿瘤体积2000 mm³或死亡 阅读提示:Methods: Cell line, mice, and agents |
| 流式细胞术 | 肿瘤消化:IV型胶原酶(1 mg/mL)、透明质酸酶(1 mg/mL)、DNase I(20 U/mL),37°C孵育30分钟;淋巴细胞分离:40%和80% Percoll;刺激阻断:Cell Stimulation and Protein Transport Inhibitor Kit;抗体孵育:30分钟 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| 免疫荧光 | Hypoxyprobe(pimonidazole)尾静脉注射,收获前1小时;肿瘤固定:4%多聚甲醛;抗体:抗Hypoxyprobe(1:100)及抗CD8a(1:500) 阅读提示:Methods: Histological analysis |