合成ZFP189转录因子的体外功能验证
验证合成的ZFP189转录因子是否具有预期的转录调控功能。
将ZFP189WT、ZFP189VPR和ZFP189NFD与ZFP189 RE荧光素酶报告基因共转染至Neuro-2a细胞,检测荧光素酶活性。
A zinc finger transcription factor enables social behaviors while controlling transposable elements and immune response in prefrontal cortex
包含体外荧光素酶报告基因实验、体内病毒递送、树突棘形态分析、社会行为测试、RNA测序及功能验证等多个独立证据层级。
小鼠前额叶皮层 Neuro-2a细胞系 C57BL/6J小鼠
ZFP189WT和ZFP189VPR的病毒递送 ZFP189 RE荧光素酶报告基因 社会互动测试 三箱社交测试 管测试 转座元件和免疫基因的RNA测序
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证合成的ZFP189转录因子是否具有预期的转录调控功能。
将ZFP189WT、ZFP189VPR和ZFP189NFD与ZFP189 RE荧光素酶报告基因共转染至Neuro-2a细胞,检测荧光素酶活性。
在体内表达ZFP189转录因子,研究其对神经元形态和行为的影响。
通过立体定位手术将HSV病毒载体递送至小鼠前额叶皮层,表达GFP或合成的ZFP189转录因子。
评估ZFP189转录因子对前额叶皮层锥体神经元树突棘形态的影响。
通过共聚焦显微镜成像和分析树突棘密度和类型。
评估ZFP189转录因子对社会行为的影响。
进行社会互动测试、三箱社交测试和管测试。
分析ZFP189转录因子调控的基因和转座元件表达变化。
在病毒递送后24小时和4天收集前额叶皮层组织,进行RNA测序。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分子克隆 | Gateway LR Clonase II酶混合物 | ThermoFisher Scientific | 11791-020, |
| 质粒制备 | 质粒大提试剂盒 | Qiagen | 12163 |
| 细胞培养 | EMEM培养基 | Quality Biological, ATCC, Corning | 10-009-CV |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30071.03IH30-45 | |
| 青霉素链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| HERAcell-150i二氧化碳培养箱 | Thermo Scientific | -- | |
| 转染 | Effectene转染试剂盒 | QIAGEN | 301427 |
| Breathe-Easy密封膜 | Sigma-Aldrich | Z380059-1PAK | |
| 荧光素酶检测 | CellTiter-Glo 2.0检测 | Promega | G9242 |
| 海肾荧光素酶检测系统 | Promega | E2820 | |
| LightSwitch荧光素酶报告基因 | SwitchGear Genomics | S990005 | |
| 细胞成像 | ZOE荧光细胞成像仪 | Bio-Rad | -- |
| 图像分析 | ImageJ | NIH | -- |
| 病毒递送 | Kopf立体定位仪 | Kopf Instruments | -- |
| 33号针头 | Hamilton | -- | |
| 行为测试 | Ethovision Noldus | Noldus | -- |
| 免疫组化 | ProLong Gold抗淬灭剂 | Invitrogen | -- |
| 显微成像 | Zeiss 880 Airyscan共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 组织切片 | 徕卡VT1000S振动切片机 | Leica | -- |
| RNA提取 | RNeasy RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA定量 | Qubit RNA HS检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA质控 | TapeStation 4200 | Agilent | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq 2500 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外转录调控验证 | ZFP189 RE荧光素酶报告基因构建,ZFP189WT、ZFP189VPR、ZFP189NFD表达质粒,Neuro-2a细胞转染条件 阅读提示:Methods: Neuro-2a cell culture and transfection; Luciferase assay; Figure 1 图例 |
| 病毒递送 | HSV病毒包装,立体定位注射坐标,病毒滴度,注射体积 阅读提示:Methods: Viral packaging; Viral gene transfer; Figure 2A 图例 |
| 树突棘分析 | 病毒递送后3天取样,共聚焦显微镜成像参数,树突棘分类标准 阅读提示:Methods: Microscopy; Dendritic spine analysis; Figure 2 图例 |
| 行为学测试 | 病毒递送后时间点,微挫败应激,社会互动测试参数,三箱测试参数,管测试参数,社交记忆测试参数,新颖物体识别测试参数 阅读提示:Methods: Microdefeat stress; Social interaction; Elevated plus maze; Three chamber sociability and social novelty test; Social dominance tube test; Five-trial social memory test; Novel object recognition test; Figure 3 图例 |
| RNA测序 | 病毒递送后24小时和4天收集组织,RNA提取和质量控制,测序平台和深度,差异表达分析标准 阅读提示:Methods: Tissue preparation and RNA sequencing; DEG analysis approach; Figure 4 图例 |