患者特征与样本收集
获取DD患者和对照组的皮肤活检和血液样本,用于分子和细胞分析。
收集六名DD患者(3男3女,年龄20-60岁)的皮肤活检(6mm)和血液样本,用于scRNA-seq、NanoString、qRT-PCR、蛋白检测和流式分析。
Th17-associated cytokines IL-17 and IL-23 in inflamed skin of Darier disease patients as potential therapeutic targets
多层级验证:scRNA-seq、NanoString、qRT-PCR、蛋白检测、免疫荧光、流式,及小样本靶向治疗前后对比。
Darier病患者皮肤活检样本 患者外周血单个核细胞(PBMC) 健康对照皮肤样本 银屑病患者皮肤样本
DD患者皮肤中IL17A表达显著高于健康对照 DD患者皮肤中Th17细胞(CD4+IL-17+)数量增加 Guselkumab(抗IL-23A)和secukinumab(抗IL-17A)治疗的临床改善 治疗3-4个月后皮肤炎症基因表达谱正常化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取DD患者和对照组的皮肤活检和血液样本,用于分子和细胞分析。
收集六名DD患者(3男3女,年龄20-60岁)的皮肤活检(6mm)和血液样本,用于scRNA-seq、NanoString、qRT-PCR、蛋白检测和流式分析。
解析DD皮肤中不同细胞类型及其基因表达谱,特别是T细胞亚群。
对4名DD患者皮肤样本进行scRNA-seq,并与公开的银屑病和健康对照数据比较。分析IL17A/F在T辅助细胞中的表达。
评估DD皮肤中免疫相关基因的表达,并与健康对照和银屑病比较。
使用NanoString nCounter Immunology_V2 panel检测5名DD患者、2名健康对照和2名银屑病患者的皮肤样本。GSEA分析显示IL-17信号增强。
验证Th17相关细胞因子的mRNA和蛋白表达水平。
通过qRT-PCR检测IL17A、IL22等mRNA表达,通过LEGENDplex蛋白检测IL-17A和IL-22蛋白水平。
在组织水平确认Th17细胞和IL-23A阳性细胞的存在和数量。
使用OPAL多重免疫荧光对组织微阵列(TMA)切片进行CD4、IL-17A、IL-23A染色,并用DAPI复染。量化DD、银屑病和特应性皮炎皮肤中的阳性细胞。
检查DD患者外周血中循环皮肤驻留记忆T细胞(cTRM)的IL-17A产生能力。
通过流式细胞术分析PBMC中CD3+CD4+CD45RA-CLA+CD103+细胞(cTRM)的IL-17A产生。
测试抗IL-17A/IL-23A抗体治疗对DD患者皮肤炎症的疗效。
三名DD患者接受个性化治疗:PAT1接受guselkumab(抗IL-23A),PAT2和PAT9接受secukinumab(抗IL-17A)。评估临床评分(IGA、DLQI、瘙痒)和分子变化。
检测治疗后皮肤炎症基因表达和Th17细胞数量的变化。
在治疗期间收集皮肤活检,进行NanoString、qRT-PCR和流式分析,比较治疗前后的基因表达和细胞组成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 遗传分析 | Twist全外显子组捕获panel | Twist Bioscience | 102033 |
| 线粒体基因组panel | Twist Bioscience | 102040 | |
| NextSeq2000测序仪 | Illumina | -- | |
| 样本处理 | RPMI培养基 | Corning | 10.040.CV |
| 胎牛血清 | Gibco | 10500064 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D4540 | |
| PBMC分离 | Ficoll-Hypaque密度梯度分离液 | GE Healthcare | GE17-1440-02 |
| RNA提取 | RNAlater RNA稳定液 | Invitrogen | AM7020 |
| Monarch总RNA小提试剂盒 | New England Biolabs | T2010S | |
| NanoString | NS_Immunology_v2_C2328免疫学panel | NanoString | NS_Immunology_v2_C2328 |
| nCounter SPRINT分析仪 | NanoString | -- | |
| qRT-PCR | cDNA合成试剂盒 | Biozym | 331475L |
| LightCycler 450实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| DNA Master Fast Star HybProbe探针 | Roche | 12239272001 | |
| scRNA-seq | Liberase组织消化酶 | Roche | 5401119001 |
| SYTOX Red红色核酸染料 | ThermoFisher | S34859 | |
| Hoechst 33342核酸染料 | ThermoFisher | H3570 | |
| BD FACSAris-II SORP流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| Chromium Next GEM单细胞5' GEM试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| 蛋白检测 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 |
| innuSPEED裂解管J | Analytik Jena | 845-CS-1120250 | |
| SpeedMill PLUS匀浆器 | Analytik Jena | -- | |
| SpinX离心柱 | Sigma | CLS8161 | |
| LEGENDplex人类辅助性T细胞(12因子)检测试剂盒 | BioLegend | 741028 | |
| 流式分析 | Cytoflex LS流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| IV型胶原酶 | Worthington | LS004186 | |
| 脱氧核糖核酸酶 | Sigma-Aldrich | D5319 | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | P8139 | |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | I06434 | |
| 布雷菲德菌素A | Sigma-Aldrich | B6542 | |
| 免疫荧光 | Opal手动检测试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL861001 KT |
| 抗体 | 抗CD4抗体 | Abcam | ab133616 |
| 抗IL-17抗体 | Bioss | BS-2140R | |
| 流式分析 | 抗CD3 BV605抗体(克隆SK7) | BioLegend | 344836 |
| 抗CD4 PE-Cy5抗体(克隆RPA-T4) | BioLegend | 300510 | |
| 抗CD45 BV510抗体(克隆HI30) | BioLegend | 304036 | |
| Foxp3染色试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| 抗IL-17A BV786抗体(N49-653) | BD Biosciences | 563745 | |
| 抗IL-22 PE抗体(克隆22URTI) | Thermo Fisher Scientific | 12-7229-42 | |
| 抗CD3 PE-Cy5抗体(克隆UCHT1) | BioLegend | 300410 | |
| 抗CD3 BV421抗体(克隆UCHT1) | BioLegend | 300434 | |
| 抗CD4 PE/Dazzle594抗体(克隆RPA-T4) | BioLegend | 300548 | |
| 抗CD45RA AF700抗体(克隆HI100) | BioLegend | 304120 | |
| 抗CLA BV605抗体(克隆HECA-452) | BD Biosciences | 563960 | |
| 抗CD103 APC抗体(BerACT8) | BioLegend | 350216 | |
| Cytofix/Cytoperm固定破膜试剂盒 | BD Biosciences | RUO 554714 | |
| 抗IL-17A PerCP/Cy5.5抗体(克隆BL168) | BioLegend | 512314 | |
| 治疗 | 古塞库单抗 | -- | -- |
| 司库奇尤单抗 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | DD患者数量、皮肤活检直径、血液样本采集方式、健康对照来源 阅读提示:Methods: Patient samples |
| scRNA-seq | DD患者皮肤样本数量、细胞数量、组织消化条件(Liberase浓度、消化时间)、细胞分选条件、测序平台和参数 阅读提示:Methods: scRNA-sequencing |
| NanoString | DD患者数量(N=5)、健康对照数量(N=2)、银屑病对照数量(N=2)、免疫学panel版本、数据标准化方法 阅读提示:Methods: Nanostring |
| qRT-PCR | 用于检测的基因(IL17A等)、内参基因(ACTB)、样本数量、循环条件 阅读提示:Methods: Reverse transcriptase qPCR |
| LEGENDplex | 蛋白提取方法、皮肤组织裂解液浓度、检测的细胞因子panel 阅读提示:Methods: LEGENDplex cytokine assay |
| 流式分析 | 抗体克隆和浓度、刺激条件(PMA/离子霉素浓度、刺激时间)、固定破膜试剂盒 阅读提示:Methods: Multi-color flow cytometry |
| 免疫荧光 | 抗体克隆和稀释度、染色顺序、TMA构建、扫描和分析软件 阅读提示:Methods: Protein expression profiling: tissue microarray and opal staining |
| 靶向治疗 | 药物剂量、给药间隔、治疗持续时间、临床评分工具(IGA等) 阅读提示:Methods: Therapy regimen |