共培养模型建立与多组学分析
系统分析脂肪细胞和卵巢癌细胞之间的代谢相互作用
将原代人网膜脂肪细胞与SKOV3ip1细胞共培养18小时,分离各组分进行代谢组学、转录组学分析,识别差异代谢物和基因
Adipocytes reprogram cancer cell metabolism by diverting glucose towards glycerol-3-phosphate thereby promoting metastasis
实验包含体外共培养、多平台代谢组学、同位素示踪、蛋白组学、细胞功能实验、异种移植小鼠模型及人转移瘤样本的成像质谱验证,具有独立多层级验证。
SKOV3ip1卵巢癌细胞 HeyA8-luciferase卵巢癌细胞 OVCAR5卵巢癌细胞 人原代大网膜脂肪细胞 人卵巢癌大网膜转移瘤组织 卵巢癌异种移植裸鼠模型
共培养比例:1:5 PCV(脂肪细胞:培养基) 共培养时间:18小时(代谢组学)、16小时(蛋白组学)、12小时(qPCR) HIF1α敲低和GPAT3敲低的稳定细胞系构建 Adi CM处理时间:18小时(代谢组学)、6小时(HIF1α稳定性) 小鼠注射细胞数:SKOV3ip1 5百万,HeyA8-luciferase 1百万 同位素示踪葡萄糖浓度:10 mM [U-13C]葡萄糖 体内示踪注射方案:3次80μl 1.34 mM [13C]葡萄糖,间隔15分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统分析脂肪细胞和卵巢癌细胞之间的代谢相互作用
将原代人网膜脂肪细胞与SKOV3ip1细胞共培养18小时,分离各组分进行代谢组学、转录组学分析,识别差异代谢物和基因
在人类大网膜转移瘤组织中追踪葡萄糖碳的流向
将人卵巢癌大网膜组织切片与[U-13C]-葡萄糖共孵育,分析糖酵解、TCA循环和G3P的13C标记
确定GPAT3是否是脂肪细胞诱导的GPL合成的关键酶
在共培养体系中敲低GPAT3,进行脂质组学分析,并在异种移植模型中评估肿瘤负担
阐明脂肪细胞如何稳定HIF1α并调节葡萄糖利用
在共培养条件下检测HIF1α蛋白表达,使用ODD-luciferase报告基因验证稳定性,蛋白组学鉴定HIF1α下游靶点,并验证IL-6/JAK-STAT信号通路
验证HIF1α和GPAT3在卵巢癌转移中的作用
将稳定敲低HIF1α或GPAT3的卵巢癌细胞注射入裸鼠腹腔,评估肿瘤负担,并进行同位素示踪分析葡萄糖流向
在人卵巢癌大网膜转移瘤中验证脂肪细胞邻近癌细胞中GPL的变化
使用MALDI成像质谱分析肿瘤切片,比较邻近脂肪细胞(<200 μm)和远处癌细胞(>200 μm)的脂质组成
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 共培养和细胞培养 | DMEM/F12培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 脂肪细胞分离 | I型胶原酶 | 文中未明确说明 | -- |
| III型胶原酶 | 文中未明确说明 | -- | |
| 透明质酸酶 | 文中未明确说明 | -- | |
| 同位素示踪 | [U-13C]-葡萄糖 | Cambridge Isotope Laboratories | -- |
| 代谢组学 | Acquity UPLC HSS T3 色谱柱 | Waters | -- |
| 1290超高效液相色谱系统 | Agilent Technologies | -- | |
| 6550 iFunnel四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 气相色谱-质谱联用(Agilent 6890) | Agilent Technologies | -- | |
| Western blot | HIF1α抗体 | BD Biosciences | 610958 |
| HK2抗体 | Cell Signaling Technology | 2867 | |
| 磷酸化STAT3 (Tyr708)抗体 | Cell Signaling Technology | 9131 | |
| 总STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| β-actin抗体 | Millipore Sigma | A5441 | |
| 免疫组织化学 | GPAT3抗体 | Novus | NBP-1-93629 |
| Ki-67抗体 | Thermo Scientific Labvision | RM-9160 | |
| Cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 4-HNE抗体 | Abcam | ab46545 | |
| 细胞因子处理 | 重组人IL-6 | PeproTech | 200-06 |
| 重组人MCP-1 | PeproTech | 300-04 | |
| 重组人IL-8 | PeproTech | 200-08 | |
| 中和抗体 | 抗人IL-6中和抗体 | R&D Systems | MAB206 |
| 抗人IL-8中和抗体 | R&D Systems | MAB208 | |
| 抗人MCP-1中和抗体 | R&D Systems | AB279 | |
| 信号通路抑制 | AZD-1480(JAK抑制剂) | MedChemExpress | HY-10193 |
| STAT3抑制剂(STATTIC) | MedChemExpress | HY-13818 | |
| MEK抑制剂(PD98059) | Cell Signaling Technology | -- | |
| 铁死亡相关处理 | RSL3 | Sigma-Aldrich | SML2234 |
| zVAD-FMK | Selleckchem | S7023 | |
| 脂质过氧化检测 | 丙二醛检测试剂盒(TBARS) | Cayman | -- |
| 脂质活性氧检测 | C11-BODIPY 581/591荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞增殖检测 | MTT(噻唑蓝) | 文中未明确说明 | -- |
| 生物能量代谢分析 | Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- |
| 活体成像 | IVIS Spectrum小动物活体成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 细胞标记 | CellTracker Red CMTPX染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞染色 | 钙黄绿素AM | 文中未明确说明 | -- |
| 质谱成像 | 去甲哈尔满 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 共培养实验 | 脂肪细胞与癌细胞共培养比例(1:5 PCV),共培养时间(18小时),癌细胞种类(SKOV3ip1、HeyA8、OVCAR5等),脂肪细胞分离方法(胶原酶I消化) 阅读提示:Methods: ‘Isolation of primary adipocytes and cell culture’ |
| 代谢组学分析 | 样本量(7例患者脂肪细胞),共培养时间(18小时),代谢产物提取方法(80%冷甲醇),色谱柱(Acquity UPLC HSS T3),质谱仪(Agilent 6550) 阅读提示:Methods: ‘Metabolomic analysis’ |
| [13C]-葡萄糖示踪 | 葡萄糖浓度(10 mM),孵育时间(24小时),组织切片厚度(0.5-1 mm),衍生化方法(MTBSTFA) 阅读提示:Methods: ‘[13C]-glucose tracing analysis’ |
| 基因敲低实验 | shRNA靶序列(HIF1α: TRCN0000003810; GPAT3: TRCN0000162335),转染试剂(Lipofectamine 2000),包装质粒(pCMV-dR8.2 dVPR, pCMV-VSV-G) 阅读提示:Methods: ‘Lentivirus production and RNA interference’ |
| 动物实验 | 小鼠品系(雌性无胸腺裸鼠),细胞注射数量(SKOV3ip1 5百万,HeyA8-luciferase 1百万),观察时间(4周或2周),肿瘤负荷评估方法(IVIS成像、肿瘤重量) 阅读提示:Methods: ‘Mouse studies’ |
| 质谱成像分析 | 组织切片厚度(12 μm),基质(norharmane 7 mg/ml),激光波长(349 nm),像素大小(35×35 μm),距离阈值(200 μm) 阅读提示:Methods: ‘MALDI IMS’ |