研究对象纳入与 childhood trauma 评估
建立HIV感染女性队列并量化早期生活压力暴露。
从Johns Hopkins Brain Health Program纳入61名HIV感染女性,完成童年创伤问卷(CTQ)简版,评估五个领域并计算总分。
Childhood trauma in women with HIV is associated with increased mitochondrial respiration despite reduced mitochondrial DNA copy number
横断面人体观察研究,检测PBMC线粒体呼吸、mtDNAcn、完整性和蛋白表达,但无体外功能验证或动物模型
HIV感染女性外周血单核细胞(PBMCs) HIV感染女性血浆样本
CTQ总分作为连续变量和分类变量(严重程度阈值) Seahorse Cell Mito Stress Test中寡霉素、FCCP、鱼藤酮和抗霉素A的工作浓度 mtDNAcn qPCR的引物效率和熔解曲线验证 cf-mtDNA qPCR的三重复CV≤5%及标准曲线定量 线性回归模型校正年龄、终身PTSD诊断、烟草使用、酒精使用、教育年限、抗抑郁药使用和HIV病毒抑制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立HIV感染女性队列并量化早期生活压力暴露。
从Johns Hopkins Brain Health Program纳入61名HIV感染女性,完成童年创伤问卷(CTQ)简版,评估五个领域并计算总分。
评估童年创伤暴露与线粒体呼吸功能之间的关联。
复苏冻存PBMCs,使用Seahorse Cell Mito Stress Test检测基础呼吸、最大呼吸、非线粒体呼吸、ATP产生、备用呼吸能力、耦合效率和质子漏。
评估童年创伤暴露与线粒体基因组含量及质量之间的关联。
使用直接细胞裂解提取基因组DNA,qPCR靶向线粒体编码ND1基因,短片段(69bp)评估拷贝数,长片段(530bp)评估完整性,以RPPH1和Beta-Globin为参考基因。
评估童年创伤暴露与循环无细胞线粒体DNA水平之间的关联。
使用MitoQuicLy裂解缓冲液处理血浆,qPCR靶向ND1基因,通过合成dsDNA标准曲线定量cf-mtDNA拷贝数。
评估童年创伤暴露与线粒体结构、动力学和生物发生相关蛋白表达之间的关联。
对54名有足够残余样本的参与者,使用Western blot检测DRP1、MFN2、PGC1α和VDAC蛋白表达。
检验CTQ评分与各线粒体指标之间的独立关联。
使用校正线性回归模型,以CTQ评分为自变量、线粒体指标为因变量,并按生物学相关结局家族应用Benjamini-Hochberg FDR校正。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 线粒体生物能量功能检测 | Seahorse XFe24传感器 cartridge | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF校准液 | Agilent Technologies | -- | |
| Cell-Tak细胞黏附剂 | Corning | -- | |
| Seahorse XF检测培养基 | Agilent Technologies | -- | |
| mtDNA拷贝数与完整性定量 | QuickExtract™ DNA提取液 | Lucigen | -- |
| QuantStudio Flex 6实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| cf-mtDNA定量 | Tween-20 | Sigma | P1379 |
| Tric-HCl pH 8.5 | Sigma | T3253 | |
| 蛋白酶K | ThermoFisher | AM2548 | |
| SYBR Green | ThermoFisher | 4309155 | |
| ThermoFisher GeneArt DNA片段 | ThermoFisher | -- | |
| 线粒体蛋白表达检测 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 2714 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 4×Laemmli上样缓冲液 | Bio Rad | 1610747 | |
| 4–12% Bis-Tris Criterion XT预制胶 | Bio-Rad | 3450124 | |
| Super Signal增强型分子量蛋白Marker | Thermo Fisher | 84786 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio Rad | 1704271 | |
| Trans-Blot Turbo转膜系统 | Bio Rad | 1704150 | |
| 抗兔HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| Super Signal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fischer | 34578 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究对象与童年创伤评估 | CTQ问卷版本(简版28项)、总分范围25-125、严重程度分类阈值、纳入排除标准(年龄18-65岁、稳定ART、HIV RNA<1000 copies/mL) 阅读提示:Methods中Participants和ELS小节 |
| PBMC线粒体呼吸检测 | 每孔细胞数750,000、寡霉素2 μM、FCCP 2 μM、鱼藤酮和抗霉素A各1.5 μM、离心条件200×g 1分钟、37°C无CO2孵育30分钟、样本随机化 阅读提示:Methods中Mitochondrial Bioenergetic Function: Seahorse Cell Mito Stress Test小节 |
| mtDNA拷贝数与完整性qPCR | DNA提取方法(QuickExtract直接裂解)、裂解液稀释比例1:30、引物序列(Supplementary Table 1)、qPCR循环条件、参考基因RPPH1和Beta-Globin、扩增子长度69bp和530bp 阅读提示:Methods中Mitochondrial DNA Copy Number (mtDNAcn) and Mitochondrial DNA Quality Quantification小节及Supplementary Table 1 |
| cf-mtDNA定量 | 血浆体积10 μL、MitoQuicLy裂解缓冲液配方、55°C 16小时孵育、95°C 10分钟灭活、裂解液1:100稀释、标准曲线合成dsDNA、三重复CV>5%剔除 阅读提示:Methods中Cell-Free Mitochondrial DNA小节 |
| 线粒体蛋白表达Western blot | 样本量n=54、每孔上样5 μg蛋白、一抗稀释1:1000、二抗稀释1:5000、抗体清单(Supplementary Table 2)、总蛋白上样归一化 阅读提示:Methods中Mitochondrial Protein Expression小节及Supplementary Table 2 |
| 统计分析与协变量校正 | 协变量列表(年龄、终身PTSD诊断、烟草使用、酒精使用、教育年限、抗抑郁药使用、HIV病毒抑制)、FDR校正方法(Benjamini-Hochberg)、统计软件R version 4.3.3、显著性阈值p<0.05 阅读提示:Methods中Statistical Analyses小节 |