患者样本采集与单细胞转录组分析
刻画正常结肠、原发和转移性CRC的细胞状态图谱
收集31例患者匹配三联样本,进行scRNA-seq、多重免疫荧光和类器官构建,分析上皮细胞状态和基因模块。
Progressive plasticity during colorectal cancer metastasis.
多患者样本scRNA-seq、多重免疫荧光、患者来源类器官体外功能及小鼠原位移植验证
31例患者正常结肠、原发和转移性CRC组织 患者来源类器官(OKG146P、OKG146Li等) NSG小鼠盲肠和肝内原位移植模型
患者队列31例,其中9例未治疗、22例术前接受5-氟尿嘧啶为基础化疗 scRNA-seq分析47,437个高质量上皮细胞 类器官培养于HISC或IGFF培养基,部分用250 nM伊立替康处理7天 NSG小鼠盲肠注射200,000细胞或肝内注射500,000细胞 PROX1敲低使用多西环素诱导shRNA,2 μg/ml处理7天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
刻画正常结肠、原发和转移性CRC的细胞状态图谱
收集31例患者匹配三联样本,进行scRNA-seq、多重免疫荧光和类器官构建,分析上皮细胞状态和基因模块。
识别癌细胞的共变基因模块并定义经典与非经典状态
使用Hotspot鉴定37个基因模块,手动整理为10个模块,包括4个经典肠道模块和6个非经典模块。
确定从经典到非经典状态的转变路径和中间状态
对患者KG146等使用扩散成分分析和Palantir轨迹推断,识别胎儿祖细胞中间状态。
区分癌细胞内在变化与微环境对非经典分化的贡献
建立患者匹配类器官,在HISC和IGFF培养基中培养,进行scRNA-seq和表型映射。
验证原发和转移类器官在结肠和肝脏微环境中的生长能力
将OKG146P和OKG146Li类器官注射到NSG小鼠盲肠或肝内,每周生物发光成像。
验证PROX1对非经典分化的抑制作用
在多株类器官中使用多西环素诱导shPROX1敲低,通过scRNA-seq和RT-qPCR检测非经典基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织处理 | Advanced DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| GlutaMAX添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HEPES缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 含维生素A的B27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Primocin抗生素 | InvivoGen | -- | |
| Plasmocin抗生素 | InvivoGen | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 两性霉素B | Cytiva | -- | |
| 制霉菌素 | Millipore Sigma | -- | |
| 组织消化 | DNase I | Millipore Sigma | -- |
| 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi | -- | |
| gentleMACS Octo组织解离仪 | Miltenyi | -- | |
| scRNA-seq | DAPI染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 钙黄绿素AM | Invitrogen | -- | |
| Chromium仪器 | 10x Genomics | -- | |
| Illumina NovaSeq S4测序平台 | Illumina | -- | |
| 类器官培养 | 基质胶 | -- | -- |
| Y-27632 | -- | -- | |
| 人R-spondin 1 | Peprotech | -- | |
| NGS-WNT | ImmunePrecise | N000 | |
| 表皮生长因子 | Peprotech | -- | |
| Noggin | Peprotech | -- | |
| A8301 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 成纤维细胞生长因子2 | Peprotech | -- | |
| 胰岛素样生长因子I | Peprotech | -- | |
| 药物处理 | 伊立替康 | -- | -- |
| 多西环素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | 04693132001 |
| Benzonase核酸酶 | Thermo Fisher Scientific | 70–664-3 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPFL00010 | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | Thermo Fisher Scientific | AM4302 | |
| 兔抗PROX1抗体 | Abcam | ab199359 | |
| 488标记抗小鼠二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 680标记抗兔二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy Mini RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | -- | |
| TaqMan基因表达检测引物 | Thermo Fisher Scientific | Hs00896293_m1 (PROX1)等 | |
| QuantStudio 6和7 Pro实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | Akoya抗体稀释/封闭液 | Akoya | ARD1001EA |
| Akoya Opal聚合物HRP抗小鼠+抗兔 | Akoya | ARH1001EA | |
| 山羊抗兔Poly HRP二抗 | Invitrogen | B40962 | |
| Opal荧光染料520、540、570、620、650、690 | Akoya | FP1487001KT等 | |
| Akoya AR9缓冲液 | Akoya | AR900250ML | |
| Hoechst染料 | Invitrogen | 33342 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Invitrogen | P36930 | |
| Vectra多光谱成像系统版本3 | Akoya | -- | |
| Lunaphore COMET成像芯片 | Lunaphore | MK03 | |
| HER2抗体 | CST | D8F12 | |
| CDX2抗体 | CST | D11D10 | |
| TP63抗体 | CST | D9L7L | |
| PLCG2抗体 | CST | E5U4T | |
| 嗜铬粒蛋白A抗体 | Abcam | EP1030Y | |
| SOX2抗体 | Abcam | SP76 | |
| CK20抗体 | CST | D9Z1Z | |
| 波形蛋白抗体 | CST | D21H3 | |
| TROP2抗体 | Abcam | SP294 | |
| CK5抗体 | CST | E2T4B | |
| OLFM4抗体 | CST | D1E4M | |
| Ki-67抗体 | Biocare | SP6 | |
| PROX1抗体 | CST | D2J6J | |
| 动物实验 | NSG小鼠 | Jackson Laboratory | 005557 |
| IVIS Spectrum Xenogen成像仪 | Caliper Life Sciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与样本采集 | 患者数量31例,其中9例未治疗、22例术前化疗;样本类型包括正常结肠、原发CRC和转移灶(29例肝转移) 阅读提示:Methods 'Patient biospecimen procurement and processing'及Supplementary Table 1 |
| scRNA-seq | 细胞活力>80%,上样目标10,000细胞/样本,测序平台Illumina NovaSeq S4 阅读提示:Methods 'scRNA-seq' |
| 类器官培养与处理 | 培养基HISC或IGFF,伊立替康250 nM处理7天,多西环素2 μg/ml处理7天 阅读提示:Methods 'Organoid and cell culture'及'Inducible knockdown' |
| 原位移植实验 | NSG小鼠6周龄,盲肠注射200,000细胞,肝内注射500,000细胞,每组n≥5 阅读提示:Methods 'Orthotopic xenograft experiments' |
| PROX1敲低 | shPROX1-1和shPROX1-2序列,多西环素诱导7天 阅读提示:Methods 'Inducible knockdown'及Supplementary Table 6 |