结直肠癌转移过程中的渐进性可塑性

Progressive plasticity during colorectal cancer metastasis.

作者信息Andrew Moorman, Elizabeth K Benitez, Francesco Cambuli, Qingwen Jiang, Ahmed Mahmoud, Melissa Lumish, Saskia Hartner, Sasha Balkaran, Jonathan Bermeo, Simran Asawa, Canan Firat, Asha Saxena, Fan Wu, Anisha Luthra, Cassandra Burdziak, Yubin Xie, Valeria Sgambati, Kathleen Luckett, Yanyun Li, Zhifan Yi, Ignas Masilionis, Kevin Soares, Emmanouil Pappou, Rona Yaeger, T Peter Kingham, William Jarnagin, Philip B Paty, Martin R Weiser, Linas Mazutis, Michael D'Angelica, Jinru Shia, Julio Garcia-Aguilar, Tal Nawy, Travis J Hollmann, Ronan Chaligné, Francisco Sanchez-Vega, Roshan Sharma, Dana Pe'er, Karuna Ganesh
PMID39478232
期刊Nature
发布时间2025-01
DOI10.1038/s41586-024-08150-0

实验完整度

高

多患者样本scRNA-seq、多重免疫荧光、患者来源类器官体外功能及小鼠原位移植验证

主要模型

31例患者正常结肠、原发和转移性CRC组织 患者来源类器官(OKG146P、OKG146Li等) NSG小鼠盲肠和肝内原位移植模型

重点核对

患者队列31例,其中9例未治疗、22例术前接受5-氟尿嘧啶为基础化疗 scRNA-seq分析47,437个高质量上皮细胞 类器官培养于HISC或IGFF培养基,部分用250 nM伊立替康处理7天 NSG小鼠盲肠注射200,000细胞或肝内注射500,000细胞 PROX1敲低使用多西环素诱导shRNA,2 μg/ml处理7天

摘要

随着癌症进展,肿瘤侵袭性增强——转移性肿瘤对一线治疗的反应不如原发肿瘤,它们对后续治疗产生耐药并最终导致死亡。同一患者的原发和转移肿瘤之间突变在很大程度上保守,表明非遗传表型可塑性在癌症进展和治疗耐药中起主要作用。然而,我们缺乏对转移细胞状态及其转换机制的了解。在此,我们利用同一患者的正常结肠、原发和转移性结直肠癌生物样本三联队列,发现尽管原发肿瘤主要采取LGR5+肠道干细胞样状态,但转移灶表现出渐进性可塑性。癌细胞失去肠道细胞身份并重编程为高度保守的胎儿祖细胞状态,然后经历非经典分化进入不同的鳞状和神经内分泌样状态,这一过程在转移和化疗中加剧,并与患者生存期差相关。使用匹配的患者来源类器官,我们证明转移细胞对微环境线索表现出比其肠道谱系受限的原发肿瘤对应物更大的细胞自主多谱系分化潜能。我们确定PROX1是胎儿祖细胞状态中非肠道谱系的抑制因子,并表明PROX1下调许可非经典重编程。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
结直肠癌转移过程中癌细胞状态如何转变及其调控机制是什么?
核心机制
癌细胞从LGR5+肠道干细胞样状态经胎儿祖细胞状态重编程,PROX1下调解除谱系限制,许可分化为鳞状和神经内分泌样非经典状态。
主要证据
患者三联样本scRNA-seq和多重免疫荧光显示转移灶富集非经典模块;类器官实验证明转移细胞具有更大可塑性;PROX1敲低诱导非经典基因表达。
研究意义
非经典状态特征与患者不良预后相关,可能作为预后生物标志物,并提示靶向可塑性的治疗机会。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者样本采集与单细胞转录组分析

刻画正常结肠、原发和转移性CRC的细胞状态图谱

收集31例患者匹配三联样本,进行scRNA-seq、多重免疫荧光和类器官构建,分析上皮细胞状态和基因模块。

2

基因模块识别与细胞状态注释

识别癌细胞的共变基因模块并定义经典与非经典状态

使用Hotspot鉴定37个基因模块,手动整理为10个模块,包括4个经典肠道模块和6个非经典模块。

3

细胞状态转变轨迹分析

确定从经典到非经典状态的转变路径和中间状态

对患者KG146等使用扩散成分分析和Palantir轨迹推断,识别胎儿祖细胞中间状态。

4

类器官模型验证细胞自主可塑性

区分癌细胞内在变化与微环境对非经典分化的贡献

建立患者匹配类器官,在HISC和IGFF培养基中培养,进行scRNA-seq和表型映射。

5

体内原位移植验证转移适应性

验证原发和转移类器官在结肠和肝脏微环境中的生长能力

将OKG146P和OKG146Li类器官注射到NSG小鼠盲肠或肝内,每周生物发光成像。

6

PROX1功能敲低实验

验证PROX1对非经典分化的抑制作用

在多株类器官中使用多西环素诱导shPROX1敲低,通过scRNA-seq和RT-qPCR检测非经典基因表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Advanced DMEM/F12培养基Thermo Fisher Scientific--
GlutaMAX添加剂Thermo Fisher Scientific--
HEPES缓冲液Thermo Fisher Scientific--
N-乙酰-L-半胱氨酸Sigma-Aldrich--
含维生素A的B27添加剂Thermo Fisher Scientific--
Primocin抗生素InvivoGen--
Plasmocin抗生素InvivoGen--
青霉素-链霉素Thermo Fisher Scientific--
两性霉素BCytiva--
制霉菌素Millipore Sigma--
DNase IMillipore Sigma--
肿瘤解离试剂盒Miltenyi--
gentleMACS Octo组织解离仪Miltenyi--
DAPI染料Thermo Fisher Scientific--
钙黄绿素AMInvitrogen--
Chromium仪器10x Genomics--
Illumina NovaSeq S4测序平台Illumina--
基质胶----
Y-27632----
人R-spondin 1Peprotech--
NGS-WNTImmunePreciseN000
表皮生长因子Peprotech--
NogginPeprotech--
A8301Sigma-Aldrich--
成纤维细胞生长因子2Peprotech--
胰岛素样生长因子IPeprotech--
伊立替康----
多西环素Thermo Fisher Scientific--
RIPA裂解液Sigma-Aldrich04693132001
Benzonase核酸酶Thermo Fisher Scientific70–664-3
Pierce BCA蛋白定量试剂盒Thermo Fisher Scientific23227
PVDF膜MilliporeIPFL00010
小鼠抗β-肌动蛋白抗体Thermo Fisher ScientificAM4302
兔抗PROX1抗体Abcamab199359
488标记抗小鼠二抗LI-COR Biosciences--
680标记抗兔二抗LI-COR Biosciences--
RNeasy Mini RNA提取试剂盒Qiagen--
Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒Roche--
TaqMan基因表达检测引物Thermo Fisher ScientificHs00896293_m1 (PROX1)等
QuantStudio 6和7 Pro实时PCR系统Applied Biosystems--
Akoya抗体稀释/封闭液AkoyaARD1001EA
Akoya Opal聚合物HRP抗小鼠+抗兔AkoyaARH1001EA
山羊抗兔Poly HRP二抗InvitrogenB40962
Opal荧光染料520、540、570、620、650、690AkoyaFP1487001KT等
Akoya AR9缓冲液AkoyaAR900250ML
Hoechst染料Invitrogen33342
ProLong Gold抗淬灭封片剂InvitrogenP36930
Vectra多光谱成像系统版本3Akoya--
Lunaphore COMET成像芯片LunaphoreMK03
HER2抗体CSTD8F12
CDX2抗体CSTD11D10
TP63抗体CSTD9L7L
PLCG2抗体CSTE5U4T
嗜铬粒蛋白A抗体AbcamEP1030Y
SOX2抗体AbcamSP76
CK20抗体CSTD9Z1Z
波形蛋白抗体CSTD21H3
TROP2抗体AbcamSP294
CK5抗体CSTE2T4B
OLFM4抗体CSTD1E4M
Ki-67抗体BiocareSP6
PROX1抗体CSTD2J6J
NSG小鼠Jackson Laboratory005557
IVIS Spectrum Xenogen成像仪Caliper Life Sciences--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者队列与样本采集
患者数量31例,其中9例未治疗、22例术前化疗;样本类型包括正常结肠、原发CRC和转移灶(29例肝转移)
阅读提示:Methods 'Patient biospecimen procurement and processing'及Supplementary Table 1
scRNA-seq
细胞活力>80%,上样目标10,000细胞/样本,测序平台Illumina NovaSeq S4
阅读提示:Methods 'scRNA-seq'
类器官培养与处理
培养基HISC或IGFF,伊立替康250 nM处理7天,多西环素2 μg/ml处理7天
阅读提示:Methods 'Organoid and cell culture'及'Inducible knockdown'
原位移植实验
NSG小鼠6周龄,盲肠注射200,000细胞,肝内注射500,000细胞,每组n≥5
阅读提示:Methods 'Orthotopic xenograft experiments'
PROX1敲低
shPROX1-1和shPROX1-2序列,多西环素诱导7天
阅读提示:Methods 'Inducible knockdown'及Supplementary Table 6