葡萄糖剥夺激活AMPK且不依赖AMP/ADP
验证葡萄糖剥夺是否通过AMP/ADP非依赖机制激活AMPK。
MEFs和HEK293T细胞在无血清条件下切换至降低的葡萄糖浓度,检测AMPK活性和AMP:ATP/ADP:ATP比率;使用表达WT或R531G AMPKγ2的HEK293细胞;小鼠饥饿16小时后检测肝脏AMPK磷酸化和腺苷酸比率。
Fructose-1,6-bisphosphate and aldolase mediate glucose sensing by AMPK.
使用MEFs、HEK293T、HEK293细胞及小鼠肝脏等多模型,结合敲除/敲低、突变体、无细胞重建、代谢物检测和体内腺病毒表达进行功能与机制验证
小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs) HEK293T细胞 HEK293细胞 C57BL/6J小鼠肝脏
MEFs在无血清条件下切换至不同葡萄糖浓度(25、5、3、0 mM)处理4小时,检测AMPK活性和AMP:ATP/ADP:ATP比率 HEK293细胞稳定表达FLAG-tagged WT AMPKγ2或R531G突变体,在去除葡萄糖和/或谷氨酰胺后20分钟至2小时检测AMPK活性 AXIN-/-, LAMTOR1-/-, LKB1-/-, CaMKK2-/- MEFs中敲低醛缩酶或进行葡萄糖饥饿,检测AMPK磷酸化 无细胞重建实验:将未饥饿MEFs的胞质与葡萄糖饥饿MEFs的轻细胞器混合,加入200 μM各种糖酵解中间物,检测LAMTOR1免疫沉淀中AXIN/LKB1的结合 SLO透化MEFs中给予10 μM FBP,检测葡萄糖饥饿下AMPK磷酸化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证葡萄糖剥夺是否通过AMP/ADP非依赖机制激活AMPK。
MEFs和HEK293T细胞在无血清条件下切换至降低的葡萄糖浓度,检测AMPK活性和AMP:ATP/ADP:ATP比率;使用表达WT或R531G AMPKγ2的HEK293细胞;小鼠饥饿16小时后检测肝脏AMPK磷酸化和腺苷酸比率。
验证AXIN、LAMTOR1、LKB1以及AMPKβ2 N-肉豆蔻酰化在葡萄糖饥饿激活AMPK中的作用。
使用AXIN-/-, LAMTOR1-/-, LKB1-/-, CaMKK2-/- MEFs,以及AMPKβ2敲除HEK293细胞重新表达WT、G2A或S108A突变体,检测AMPK活性和溶酶体转位。
确定哪种糖酵解中间物负责抑制AMPK激活。
使用无细胞重建实验,将未饥饿MEFs胞质与葡萄糖饥饿MEFs轻细胞器混合,加入各种糖酵解中间物;在SLO透化MEFs中给予FBP;敲低PFK1或TPI,过表达FBP1或PFKP,检测AMPK磷酸化。
验证醛缩酶是否介导FBP对AMPK的调节。
建立多西环素诱导的ALDOA-C表达系统,依次敲低三种内源醛缩酶(ALDO-TKD);在AXIN-/-, LAMTOR1-/-, LKB1-/-, CaMKK2-/- MEFs中敲低醛缩酶;使用ALDOA-D34S和K230A突变体;小鼠尾静脉注射表达D34S或WT ALDOA的腺病毒后饥饿。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹 | 兔抗磷酸化AMPKα-T172抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 |
| 兔抗AMPKα抗体 | Cell Signaling Technology | 2532 | |
| 兔抗磷酸化ACC-Ser79抗体 | Cell Signaling Technology | 3661 | |
| 兔抗ACC抗体 | Cell Signaling Technology | 3662 | |
| 兔抗LKB1抗体 | Cell Signaling Technology | 3047 | |
| 兔抗AXIN1抗体 | Cell Signaling Technology | 2074 | |
| 兔抗HK1抗体 | Cell Signaling Technology | 2024 | |
| 兔抗HK2抗体 | Cell Signaling Technology | 2867 | |
| 兔抗PFKP抗体 | Cell Signaling Technology | 8164 | |
| 兔抗PFKL抗体 | Cell Signaling Technology | 8175 | |
| 兔抗G6PD抗体 | Cell Signaling Technology | 12263 | |
| 兔抗PKM1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 3190 | |
| 兔抗ALDOA抗体 | Cell Signaling Technology | 8060 | |
| 兔抗β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2128 | |
| 兔抗AMPKβ1抗体 | Cell Signaling Technology | 12063 | |
| 兔抗AMPKβ2抗体 | Cell Signaling Technology | 4148 | |
| 兔抗HIS抗体 | Cell Signaling Technology | 12698 | |
| HRP标记的小鼠抗兔IgG(构象特异性) | Cell Signaling Technology | 5127 | |
| IR染料800偶联链霉亲和素 | Rockland | S000-32 | |
| 兔抗CaMKK2抗体 | Proteintech | 11549-1-AP | |
| 小鼠抗ALDOC抗体 | Abgent | AM2215b | |
| 兔抗PKLR抗体 | Abcam | ab38240 | |
| 免疫荧光 | 大鼠抗LAMP2抗体 | Abcam | ab13524 |
| 小鼠抗LAMP1抗体 | Abcam | ab25630 | |
| 免疫沉淀 | 小鼠抗醛缩酶抗体 | Abcam | ab54770 |
| 免疫印迹 | 山羊抗TPI抗体 | Abcam | ab28760 |
| 小鼠抗PHGDH抗体 | Sigma | AMAB90786 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Sigma | G9545 | |
| 免疫沉淀和免疫荧光 | 山羊抗AXIN抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8567 |
| 免疫印迹 | 小鼠抗HA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7392 |
| 免疫沉淀 | 小鼠抗LKB1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32245 |
| 免疫印迹 | HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 115-035-003 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 111-035-003 | |
| 细胞培养和代谢物处理 | 葡萄糖 | Sigma | G7021 |
| 代谢物处理 | 3-磷酸甘油醛 | Sigma | G5251 |
| 3-磷酸甘油酸 | Sigma | P8877 | |
| 2-磷酸甘油酸 | Sigma | 19710 | |
| N-乙酰葡糖胺 | Sigma | A3286 | |
| 免疫沉淀 | 辛基β-D-吡喃葡萄糖苷 | Sigma | O8001 |
| 细胞透化 | 链球菌溶血素O | Sigma | S5265 |
| 代谢物处理 | 6-磷酸葡萄糖 | Santa Cruz Biotechnology | sc-210728 |
| 6-磷酸果糖 | Santa Cruz Biotechnology | sc-202563 | |
| 果糖-1,6-二磷酸 | Santa Cruz Biotechnology | sc-214805 | |
| 1,3-二磷酸甘油酸 | Triveni Interchem Pvt Ltd | -- | |
| 细胞培养 | Glutamax™ | Gibco | 35050 |
| 多西环素 | Selleckchem | S4163 | |
| 细胞裂解 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693116001 |
| 代谢物检测 | [U-13C]葡萄糖 | Cambridge isotope laboratories | CLM-1396-PK |
| [U-13C]果糖-1,6-二磷酸 | Cambridge isotope laboratories | CLM-8962-0 | |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | 11965 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | Polysciences, Inc. | 23966 | |
| Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668-027 | |
| 无葡萄糖DMEM | Gibco | 11966 | |
| Glutamax™ | Gibco | 35050-038 | |
| D-葡萄糖 | Gibco | A2494001 | |
| 氨基酸 | Gibco | 11130-077 | |
| 代谢物检测 | 内标1 | Human Metabolome Technologies | H3304-1002 |
| 内标3 | Human Metabolome Technologies | H3304-1104 | |
| 5 kDa截留滤器 | Millipore | UFC3LCCNB-HMT | |
| 毛细管电泳-飞行时间质谱仪 | Agilent Technologies | 7100; 6224 | |
| 腺苷酸检测 | TSQ Quantiva与Ultimate 3000液相色谱系统联用 | ThermoScientific | -- |
| 多孔石墨碳柱 | Thermo-Scientific | C-35003-031030 | |
| 免疫荧光 | Alexa-Fluor 488标记的抗山羊二抗 | Molecular Probes | A11058 |
| Alexa-Fluor 594标记的抗大鼠二抗 | Molecular Probes | A21209 | |
| Alexa-Fluor 594标记的抗小鼠二抗 | Molecular Probes | A11032 | |
| ProLong Diamond抗淬灭封片剂 | Molecular Probes | P36970 | |
| 质粒构建 | PrimeSTAR HS聚合酶 | Takara | -- |
| pSpCas9(BB)-2A-Puro (PX459)质粒 | Addgene | 48139 | |
| pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)质粒 | Addgene | 48138 | |
| 细胞培养 | Fugene 6转染试剂 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 醛缩酶活性检测 | SpectraMax M5酶标仪 | Molecular Device | -- |
| 免疫荧光成像 | Zeiss LSM 780共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 氩气激光器 | Zeiss | LGK 7812 | |
| 氦氖激光器 | Zeiss | LGK 7512 PF |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 葡萄糖饥饿处理细胞 | 细胞类型(MEFs、HEK293T、HEK293)、饥饿培养基成分(无葡萄糖DMEM含10% FBS和1 mM丙酮酸钠)、处理时间(15分钟至4小时)、葡萄糖浓度(25、5、3、0 mM) 阅读提示:Methods 'Cell culture, transient transfection and lentivirus infection'及Figure 1图注 |
| AMPK活性检测 | 免疫沉淀所用抗体(抗AMPKα1/α2混合、抗AMPKβ2、抗FLAG)、激酶assay底物(AMARA肽)、重复数(n=3或4) 阅读提示:Methods 'AMPK assays'及Figure 1-4图注 |
| 无细胞重建实验 | 轻细胞器来源(2小时葡萄糖饥饿的MEFs)、胞质来源(未饥饿MEFs)、糖酵解中间物浓度(200 μM筛选,10 μM FBP解离)、孵育条件(37°C,400 rpm,15分钟+25分钟) 阅读提示:Methods 'In vitro reconstitution for lysosomal binding assays'及Figure 3图注 |
| 醛缩酶敲低 | 多西环素浓度(100 ng/ml)、siRNA序列、敲低顺序、撤除多西环素后时间(12小时) 阅读提示:Methods 'Plasmids'及Extended Data Figure 6a |
| 小鼠饥饿实验 | 小鼠品系(C57BL/6J)、周龄(6周)、性别(雄性)、饥饿时间(16小时)、腺病毒注射量(1.3×10^9 pfu)、注射后时间(5天) 阅读提示:Methods 'Mouse studies'及Extended Data Figure 8d |
| 代谢物检测(CE-MS/LC-MS) | 细胞数量(10-cm皿60-70%汇合度)或肝脏重量(100 mg)、内标(IS1、IS3)、[U-13C]FBP浓度(10 μg/mL)、LC-MS色谱柱和梯度条件 阅读提示:Methods 'CE-MS-based analysis of metabolites'和'ATP, ADP and AMP detection by LC-MS' |