免疫微环境图谱构建
表征脊索瘤的免疫细胞组成和空间分布。
利用光谱流式细胞术分析5例新鲜脊索瘤组织的免疫细胞构成,并用多重免疫荧光染色验证22例脊索瘤组织中免疫细胞浸润模式。
Chordoma recruits and polarizes tumor-associated macrophages via secreting CCL5 to promote malignant progression
包含体外细胞功能实验(CCK8、Edu、克隆形成、Transwell、划痕)、分子表达检测(Western blot、PCR、ELISA)、体内异种移植模型、患者来源类器官及全外显子测序验证,且含功能验证和机制验证。
MUG-Chor1细胞系 THP-1来源巨噬细胞 患者来源类器官 BALB/c裸鼠异种移植模型
MUG-Chor1细胞培养条件(IMDM:RPMI-1640=4:1,12%FBS) M2巨噬细胞诱导方案(150nM PMA 24h或M-CSF 20ng/mL 3天+10ng/mL 2天,IL-4/IL-13各20ng/mL 48h) MVC处理浓度(体外30µM,体内100mg/kg腹腔注射) CCL5敲低siRNA序列及转染效率验证 类器官药物敏感性测试浓度范围(MVC 100µM,anlotinib等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征脊索瘤的免疫细胞组成和空间分布。
利用光谱流式细胞术分析5例新鲜脊索瘤组织的免疫细胞构成,并用多重免疫荧光染色验证22例脊索瘤组织中免疫细胞浸润模式。
验证M2巨噬细胞对脊索瘤恶性表型的影响。
将THP-1或PBMC来源的M2巨噬细胞与MUG细胞共培养,检测增殖、迁移、侵袭和EMT标志物变化。
筛选介导脊索瘤-巨噬细胞相互作用的关键细胞因子。
用Luminex检测共培养体系上清中48种细胞因子,PCR和ELISA验证上调的候选因子。
验证CCL5对脊索瘤恶性表型和巨噬细胞极化的直接作用。
外源性CCL5处理MUG细胞和巨噬细胞,检测迁移、EMT、M2极化和趋化性;siRNA敲低MUG的CCL5,观察功能变化。
验证CCL5–CCR5轴在肿瘤恶性进展和巨噬细胞调控中的作用。
用MVC处理MUG细胞和巨噬细胞,检测细胞活力、迁移、EMT、SIRPα表达和M2极化。
评估MVC在体内的抗肿瘤效果。
将MUG细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,MVC处理,观察肿瘤生长和肺转移。
验证MVC在患者来源类器官中的抗肿瘤效果。
建立5例脊索瘤患者来源的类器官,进行药物敏感性测试,比较MVC、anlotinib、anti-CCL5等的疗效。
评估CCL5和CCR5表达与脊索瘤复发的关联。
分析16例脊索瘤组织中CCL5 mRNA水平,以及48例标本中CCL5和CCR5的蛋白表达,与临床特征进行关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Iscove改良Dulbecco培养基 | HyClone | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Wisent | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| 大鼠尾I型胶原 | BD Biosciences | 354236 | |
| 细胞冻存液 | New Cell & Molecular Biotech | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Scientific | L3000015 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | LabSelect | 14112 |
| Transwell嵌套 | Corning | 3422 | |
| 巨噬细胞诱导 | 佛波醇-12-十四酸酯-13-乙酸酯 | MCE | HY-18739 |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 96-AF-300-25-10 | |
| 巨噬细胞极化 | 白介素-4 | Peprotech | 200-04 |
| 白介素-13 | Peprotech | 200-13 | |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | Solarbio | C8160 |
| 分散酶II | Solarbio | D6430 | |
| 细胞筛网 | Falcon | 431750 | |
| 光谱流式 | Aurora光谱流式细胞仪 | Cytek | -- |
| SpectroFlo软件 | Cytek | V.3.0.0 | |
| OMIQ平台 | OMIQ | -- | |
| 多重免疫荧光 | PANO 7重免疫组化试剂盒 | Panovue | 10004100100 |
| DAPI染色液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Mantra多光谱成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂 | Dojindo | -- |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick Edu细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0075S |
| 凋亡检测 | FITC Annexin V凋亡检测试剂盒I | BD Biosciences | 556547 |
| 流式分析 | 流式细胞仪(C6 Plus) | BD Biosciences | -- |
| FlowJo软件 | BD Biosciences | V.10 | |
| 分子检测 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| PrimeScript RT预混液 | TaKaRa Biotechnology | -- | |
| SYBR Green预混Ex Taq | TaKaRa Biotechnology | RR420A | |
| 细胞裂解液 | Cell Signaling Technology | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- | |
| Western blot | 快速封闭液 | Biotides | WB1601 |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 77-888-1-Ig | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 | |
| 抗MMP2抗体 | Proteintech | 66-366-1-Ig | |
| 抗SIRPα抗体 | Cell Signaling Technology | 13379 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60-004-1-Ig | |
| 细胞因子检测 | Luminex X-200液相芯片系统 | Luminex | -- |
| CCL5 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK1129 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK106/2 | |
| IL-8 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK108 | |
| siRNA转染 | siRNA | Tsingke Biological Technology | -- |
| 免疫荧光 | 免疫染色透化缓冲液 | Beyotime | P0095 |
| 抗CD68抗体 | Abcam | Ab125212 | |
| 抗CCR5抗体 | Abcam | Ab110103 | |
| 免疫组化 | 抗CCL5抗体 | Proteintech | 12-000-1-AP |
| 类器官构建 | 组织保存液 | Accurate Int. | -- |
| Hanks平衡盐溶液 | 未明确说明 | -- | |
| Y-27632 | 未明确说明 | 10µM | |
| 组织预处理试剂盒 | Accurate Int. | -- | |
| Advanced DMEM/F12培养基 | 未明确说明 | -- | |
| 基质胶 | 未明确说明 | -- | |
| GlutaMax添加剂 | 未明确说明 | 1× | |
| B27添加剂 | 未明确说明 | 1× | |
| 烟酰胺 | 未明确说明 | 10mM | |
| N-乙酰半胱氨酸 | 未明确说明 | 1.25mM | |
| HEPES缓冲液 | 未明确说明 | 20mM | |
| 胃泌素 | 未明确说明 | 10nM | |
| Wnt3a蛋白 | 未明确说明 | 100ng/mL | |
| Noggin蛋白 | 未明确说明 | 200ng/mL | |
| R-spondin-1蛋白 | 未明确说明 | 250ng/mL | |
| FGF-10蛋白 | 未明确说明 | 10ng/mL | |
| EGF蛋白 | 未明确说明 | 50ng/mL | |
| A83-01 | 未明确说明 | 500nM | |
| TripLE消化液 | 未明确说明 | -- | |
| 类器官药物敏感性测试 | CellTiter-Glo 3D活力检测试剂 | Promega | -- |
| 马拉维罗 | 未明确说明 | -- | |
| 抗CCL5抗体 | 未明确说明 | -- | |
| 伊马替尼 | 未明确说明 | -- | |
| 全外显子测序 | Agilent SureSelect人类全外显子V6试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 动物实验 | 基质胶 | ABW Bio | 0827265 |
| 马拉维罗 | 未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | MUG-Chor1细胞培养条件:IMDM:RPMI-1640=4:1,12% FBS,1% PS,1% L-glutamine;包被胶原类型及浓度 阅读提示:Methods: Cell culture and coculture system |
| 巨噬细胞诱导与极化 | THP-1细胞用150nM PMA处理24小时;PBMC来源单核细胞用20ng/mL M-CSF处理3天,然后10ng/mL M-CSF处理2天;M2极化:20ng/mL IL-4和20ng/mL IL-13处理48小时 阅读提示:Methods: Macrophage induction |
| 共培养体系 | Transwell孔径0.4µm,细胞数量5×10^5,上下室布局 阅读提示:Methods: Cell culture and coculture system |
| CCL5处理 | 外源性CCL5浓度(5、10、20 ng/mL)及处理时间(迁移48小时,划痕4天) 阅读提示:Results: CCL5 secreted by chordoma cells promoted chordoma migration and EMT |
| CCL5敲低 | siRNA序列(表4)、转染试剂Lipofectamine 3000、敲低效率验证(qRT-PCR和ELISA) 阅读提示:Methods: siRNA transfection; Results: CCL5 secreted by chordoma cells... |
| MVC体外实验 | MVC浓度30µM;IC50测定浓度范围0-128µM,48小时IC50为50.53µM 阅读提示:Results: Blocking the CCL5–CCR5 axis by MVC... |
| 异种移植模型 | BALB/c裸鼠,每组3只,MUG细胞3×10^6/100µL皮下注射,MVC剂量100mg/kg腹腔注射,处理时间:5周后4天,继续2周后处死 阅读提示:Methods: Xenograft chordoma mouse model |
| 类器官药物敏感性 | 类器官培养条件(基质胶比例1:1.5,培养基添加剂等),药物浓度(MVC 100µM,anlotinib 32µM,imatinib 24µM,apatinib 24µM,anti-CCL5 1µg/mL),处理时间96小时 阅读提示:Methods: Organoid construction, culture, and treatment; Results: MVC exhibited antitumor effects in chordoma organoids |