筛选抑制噬菌体的吖啶化合物
比较不同吖啶对烈性噬菌体PP01及其宿主E. coli NC101的影响。
将PP01单独或与E. coli NC101共培养,加入acriflavine、ethacridine、proflavine、acridine orange或9-aminoacridine,4小时后用噬菌斑试验测噬菌体浓度并用OD测细菌密度。
A bacteriophage-conditional mouse model reveals the impact of phages within a conventionally colonized gut microbiota.
包含体外噬菌体-细菌培养、常规定植小鼠模型、噬菌体重建及16S与病毒组测序等功能与机制验证
体外噬菌体-细菌共培养体系 常规定植C57Bl/6小鼠BaCon模型 噬菌体清除与重建小鼠模型
吖啶黄浓度:40、160、400 μM饮水处理12天 噬菌体重建剂量:2 × 106 VLP,第14和15天各口服灌胃一次 氨苄西林浓度:100和1000 mg/L饮水处理2天(第16–18天) 粪便VLP用epifluorescence计数,细菌用流式细胞术绝对计数 16S rRNA基因扩增子测序与VLP病毒组测序
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较不同吖啶对烈性噬菌体PP01及其宿主E. coli NC101的影响。
将PP01单独或与E. coli NC101共培养,加入acriflavine、ethacridine、proflavine、acridine orange或9-aminoacridine,4小时后用噬菌斑试验测噬菌体浓度并用OD测细菌密度。
检验吖啶黄对dsDNA、ssDNA、dsRNA和ssRNA噬菌体及其宿主细菌的影响。
将代表性噬菌体单独或与对应宿主共培养,加入40 μM acriflavine,4小时后测噬菌体滴度和细菌OD。
区分吖啶黄抑制游离噬菌体感染还是影响溶原及质粒维持。
用携带卡那霉素抗性盒的λ噬菌体感染E. coli,加入acriflavine后测总细菌、溶原菌比例、游离噬菌体及prophage和pUC19质粒保留率。
检验吖啶黄能否在体内优先清除肠道噬菌体而不显著改变细菌群落。
给常规定植C57Bl/6小鼠饮水中加入不同浓度acriflavine 12天,每4天收集粪便,用epifluorescence计数VLP、流式计数细菌,第12天取粪便和盲肠做16S rRNA基因扩增子测序。
检验清除后的肠道噬菌体能否通过口服cecal VLP恢复,并比较重建与清除状态。
acriflavine处理12天后,于第14和15天口服100 μL 1M NaHCO3后10分钟灌胃100 μL活性或热灭活纯化cecal噬菌体。
检验内源性噬菌体是否使肠道共生细菌对氨苄西林更敏感。
在BaCon小鼠第16–18天饮水中给予氨苄西林,比较噬菌体清除与重建小鼠粪便细菌绝对浓度,并用Spearman相关分析细菌属变化。
检验代表性人肠道共生菌是否也表现噬菌体增强氨苄西林杀伤。
对Clostridium sporogenes与F1噬菌体、Lactobacillus paracasei与PL-1噬菌体滴定噬菌体和氨苄西林浓度,检测细菌密度热图。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 噬菌体扩增与滴定 | 溶菌肉汤 | ThermoFisher Scientific | BP1426-2 |
| 细菌培养 | 脑心浸液 | Criterion | C5141 |
| MRS培养基 | Criterion | C5931 | |
| DNA提取 | DNeasy血液与组织试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| 粪便/土壤微生物DNA快速提取试剂盒 | Zymo Research | D6010 | |
| 粪便/土壤微生物DNA快速提取96孔试剂盒 | Zymo Research | D6011 | |
| 病毒核酸提取 | Turbo DNase | ThermoFisher Scientific | AM2238 |
| RNase 1 | ThermoFisher Scientific | EN0601 | |
| 蛋白酶K | VWR | E195 | |
| 聚乙二醇8000 | Fisher Scientific | BP233 | |
| 硫氰酸胍溶液 | Sigma-Aldrich | 50983 | |
| N-月桂酰肌氨酸钠盐 | Sigma-Aldrich | 61747 | |
| 氯仿 | Sigma-Aldrich | 319988 | |
| 二水氯化钙 | Fisher Scientific | BP510 | |
| 六水氯化镁 | Fisher Scientific | M35 | |
| 氯化钠 | Fisher Scientific | BP358 | |
| 柠檬酸三钠二水合物 | Sigma-Aldrich | C8532 | |
| 十二烷基硫酸钠 | Fisher Scientific | BP166 | |
| 七水硫酸镁 | Fisher Scientific | BP213 | |
| 逆转录 | SuperScript IV第一链合成试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 18091050 |
| DNA定量 | Invitrogen Qubit Flex荧光定量仪 | Fisher Scientific | Q33327 |
| DNA片段化 | M220聚焦超声仪 | Covaris | 500295 |
| 文库制备 | xGen单链DNA与低输入DNA文库制备试剂盒 | Integrated DNA Technologies | 10009859 |
| xGen UDI引物 | Integrated DNA Technologies | 10005975 | |
| 文库质量评估 | 4200 TapeStation系统 | Agilent | G2991BA |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 吖啶黄体外抑制噬菌体 | acriflavine浓度(40 μM,部分80 μM)、MOI(0.1)、培养时间(4小时)、重复数(n=6或n=3) 阅读提示:Results中Acridines inhibit virulent phages及Fig. 1图注;Methods中Acridine in vitro assays |
| 吖啶黄体内清除肠道噬菌体 | acriflavine浓度(0、40、160、400 μM)、饮水含4%蔗糖且pH约7、处理12天、每组n=4 阅读提示:Methods中Acriflavine titration in vivo及Fig. 3图注 |
| 肠道噬菌体口服重建 | acriflavine预处理400 μM 12天、cecal phage剂量2 × 106 VLP、第14和15天灌胃、活性与热灭活对照、每组n=7 阅读提示:Methods中Reconstitution of the gut virome in vivo及Fig. 4图注 |
| 氨苄西林处理BaCon小鼠 | 氨苄西林浓度100和1000 mg/L、处理时间第16–18天、噬菌体重建与清除分组、样本量n=10至11或n=9或11 阅读提示:Results中Gut phages alter gut bacterial response to antibiotics及Fig. 6图注;Methods中Reconstitution of the gut virome in vivo末段 |
| 病毒组测序分析 | cecal VLP提取方法、测序深度、vOTU聚类阈值(95% identity、0.85 coverage)、RPKM定量 阅读提示:Methods中Viral Extraction、Viral Sequencing |
| 16S rRNA基因扩增子测序 | V4-V5区域引物515F/926R、测序平台MiSeq 300PE、DADA2与Silva138分类 阅读提示:Methods中16S rRNA Gene Amplicon Sequencing及Bioinformatic Analyses |