建立TCS暴露小鼠模型
评估TCS的短期肝毒性并确定用于单细胞分析的剂量
C57BL/6小鼠随机分为对照组、TCS-100和TCS-200组,分别用玉米油、100或200 mg/kg TCS灌胃14天。
Single-cell transcriptomic dissection of the cellular and molecular events underlying the triclosan-induced liver fibrosis in mice
包含体内小鼠模型、scRNA-seq多组学分析、组织学验证及体外细胞实验,并进行了功能验证和机制验证。
C57BL/6小鼠(三氯生暴露模型) MIHA正常肝细胞系 LX-2肝星状细胞系
三氯生给药剂量:100或200 mg/(kg·d)灌胃14天 scRNA-seq样本:每组3只小鼠肝脏,共76,209个细胞 LX-2细胞处理:10或20 μmol/L TCS作用24小时 GAS6_AXL通路验证:rGAS6和BGB324处理LX-2细胞 统计标准:P<0.05,DEGs筛选|log2FC|>0.25
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TCS的短期肝毒性并确定用于单细胞分析的剂量
C57BL/6小鼠随机分为对照组、TCS-100和TCS-200组,分别用玉米油、100或200 mg/kg TCS灌胃14天。
描绘TCS处理后肝脏的细胞类型和基因表达变化
对对照组和TCS-200组小鼠肝脏进行scRNA-seq,鉴定13种主要细胞类型,并进行差异基因表达、TF调控网络、拟时序轨迹和细胞通讯分析。
验证TCS诱导的肝纤维化
通过Masson三色和天狼星红染色、Western blot检测α-SMA、免疫荧光检测collagen I。
体外验证TCS对肝细胞和星状细胞的影响及机制
用TCS处理LX-2和MIHA细胞,进行CCK-8、Western blot、免疫荧光、蛋白质组学和代谢组学分析,并用rGAS6和BGB324验证GAS6-AXL通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 玉米油 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 信号通路抑制 | BGB324 | MedChemExpress | -- |
| 细胞处理 | 重组GAS6蛋白 | MedChemExpress | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | P8849 | |
| Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo | 23225 | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 19245s | |
| 抗磷酸化Akt (Thr308)抗体 | Cell Signaling Technology | 13038S | |
| 抗pan-Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691T | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 170-5061 | |
| G:BOX Chemi XX9成像系统 | Syngene | -- | |
| 免疫荧光 | OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 |
| 抗胶原I抗体 | Abnova | PAB13488 | |
| 抗GAS6抗体 | Proteintech | 13795-1-AP | |
| 抗ITGB1抗体 | Proteintech | 26918-1-AP | |
| 抗CD68抗体 | eBioscience | 14-0681-82 | |
| 抗desmin抗体 | Proteintech | 16520-1-AP | |
| 抗LYVE1抗体 | Abcam | ab281587 | |
| 驴抗大鼠/兔Alexa Fluor 488/594荧光二抗 | Thermo | A-21206-21209 | |
| 单细胞悬液制备 | 小鼠肝脏解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 70 μm细胞过滤器 | Greiner | -- | |
| 红细胞裂解液 | Miltenyi Biotec | -- | |
| scRNA-seq | 单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | -- |
| 蛋白质组学 | 尿素 | -- | -- |
| 脱氧胆酸钠 | -- | -- | |
| 二硫苏糖醇 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、分组、给药剂量和途径 阅读提示:Methods: Animals and drug treatment |
| 单细胞RNA测序 | 样本数量、细胞数量、质量控制阈值、聚类分辨率 阅读提示:Methods: Preparation of single cell suspension, scRNA-seq and data preprocessing |
| 体外细胞实验 | 细胞系、培养条件、处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Figure legends 3 and 4 |
| GAS6-AXL通路验证 | rGAS6浓度、BGB324浓度、处理时间 阅读提示:Results: Cell–cell communication crosstalk within the crucial subtypes; Figure 7d |
| 数据分析与统计 | 统计方法、显著性阈值、数据标准化方法 阅读提示:Methods: Statistical analysis |