单细胞转录组解析三氯生诱导小鼠肝纤维化的细胞和分子事件

Single-cell transcriptomic dissection of the cellular and molecular events underlying the triclosan-induced liver fibrosis in mice

作者信息Yun-Meng Bai, Fan Yang, Piao Luo, Lu-Lin Xie, Jun-Hui Chen, Yu-Dong Guan, Hong-Chao Zhou, Teng-Fei Xu, Hui-Wen Hao, Bing Chen, Jia-Hui Zhao, Cai-Ling Liang, Ling-Yun Dai, Qing-Shan Geng, Ji-Gang Wang
PMID36814339
发布时间2023-02-22
DOI10.1186/s40779-023-00441-3

实验完整度

高

包含体内小鼠模型、scRNA-seq多组学分析、组织学验证及体外细胞实验,并进行了功能验证和机制验证。

主要模型

C57BL/6小鼠(三氯生暴露模型) MIHA正常肝细胞系 LX-2肝星状细胞系

重点核对

三氯生给药剂量:100或200 mg/(kg·d)灌胃14天 scRNA-seq样本:每组3只小鼠肝脏,共76,209个细胞 LX-2细胞处理:10或20 μmol/L TCS作用24小时 GAS6_AXL通路验证:rGAS6和BGB324处理LX-2细胞 统计标准:P<0.05,DEGs筛选|log2FC|>0.25

摘要

背景:三氯生(5-氯-2-(2,4-二氯苯氧基)苯酚,TCS)是许多个人护理和医疗保健产品中常见的抗菌添加剂,经常在人体血液和尿液中检测到。因此,近年来它被认为是一种新兴的且具有潜在毒性的污染物。长期接触TCS被认为会产生内分泌干扰效应,并促进肝纤维化和肿瘤发生。本研究旨在阐明TCS在起始阶段的肝毒性作用的潜在细胞和分子机制。方法:C57BL/6小鼠暴露于不同剂量的TCS 2周,并通过各种测量(包括全血细胞计数、组织学分析和TCS定量)评估器官毒性。然后对TCS或模拟处理的小鼠肝脏进行单细胞RNA测序(scRNA-seq),以描绘TCS诱导的肝毒性。从不同方面分析获得的单细胞转录组数据,包括差异基因表达、转录因子(TF)调控网络、拟时序轨迹和细胞通讯,以系统解析TCS暴露后的分子和细胞事件。为了验证TCS诱导的肝纤维化,通过Western blotting、免疫荧光、Masson三色和天狼星红染色检测关键纤维化蛋白的表达水平。此外,使用正常肝细胞MIHA和肝星状细胞LX-2作为体外细胞模型,通过免疫学、蛋白质组学和代谢组学技术实验验证TCS的作用。结果:我们建立了一个相对短期的TCS暴露小鼠模型,发现TCS主要在肝脏中积累。对TCS处理组和对照组肝脏进行的scRNA-seq描绘了超过76,000个细胞的基因表达,属于13种主要细胞类型。其中,肝细胞和肝星状细胞(HSCs)在TCS处理组中显著增加。我们发现TCS促进了肝细胞的纤维化相关增殖,其中Gata2和Mef2c是关键驱动转录因子。我们的数据还表明TCS诱导HSC的增殖和活化,这在肝组织和细胞模型中都得到了实验验证。此外,其他变化,包括内皮细胞的功能障碍和毛细血管化、B浆细胞纤维化特征的增加以及巨噬细胞M2表型偏斜,也从scRNA-seq分析中推断出来,这些变化可能有助于肝纤维化的进展。最后,我们鉴定了参与细胞通讯的关键差异配体-受体对,并证实了GAS6_AXL相互作用介导的细胞通讯在促进肝纤维化中的作用。结论:TCS调节肝脏中几种特定细胞类型(包括肝细胞、HSCs、内皮细胞、B细胞、Kupffer细胞和肝包膜巨噬细胞)的细胞活动和命运,并调节这些细胞之间的配体-受体相互作用,从而促进HSC的增殖和活化,导致肝纤维化。总的来说,我们提供了第一个响应TCS的小鼠肝脏综合单细胞图谱,并描绘了TCS诱导的肝毒性和纤维化中涉及的关键细胞和分子过程。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
三氯生暴露起始阶段导致肝毒性和纤维化的细胞和分子机制是什么?
核心机制
TCS调节多种肝脏细胞类型(肝细胞、HSCs、内皮细胞、B细胞、巨噬细胞等)的活性和命运,通过Gata2和Mef2c驱动肝细胞增殖,诱导HSC活化,并通过GAS6-AXL等配体-受体相互作用促进肝纤维化。
主要证据
scRNA-seq揭示76,209个细胞转录组,13种细胞类型;组织学染色和Western blot验证纤维化;体外实验验证TCS对LX-2和MIHA细胞的作用;蛋白质组学和代谢组学支持。
研究意义
提供了首个TCS暴露小鼠肝脏单细胞图谱,阐明了TCS诱导肝毒性和纤维化的关键细胞和分子过程。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立TCS暴露小鼠模型

评估TCS的短期肝毒性并确定用于单细胞分析的剂量

C57BL/6小鼠随机分为对照组、TCS-100和TCS-200组,分别用玉米油、100或200 mg/kg TCS灌胃14天。

2

单细胞转录组测序和数据分析

描绘TCS处理后肝脏的细胞类型和基因表达变化

对对照组和TCS-200组小鼠肝脏进行scRNA-seq,鉴定13种主要细胞类型,并进行差异基因表达、TF调控网络、拟时序轨迹和细胞通讯分析。

3

组织学验证肝纤维化

验证TCS诱导的肝纤维化

通过Masson三色和天狼星红染色、Western blot检测α-SMA、免疫荧光检测collagen I。

4

体外细胞实验验证

体外验证TCS对肝细胞和星状细胞的影响及机制

用TCS处理LX-2和MIHA细胞,进行CCK-8、Western blot、免疫荧光、蛋白质组学和代谢组学分析,并用rGAS6和BGB324验证GAS6-AXL通路。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
玉米油----
DMEM培养基----
胎牛血清----
青霉素/链霉素----
Lipofectamine 3000Thermo--
CCK-8试剂盒----
BGB324MedChemExpress--
重组GAS6蛋白MedChemExpress--
RIPA裂解液BeyotimeP0013B
蛋白酶抑制剂混合物SigmaP8849
Pierce BCA蛋白测定试剂盒Thermo23225
抗α-平滑肌肌动蛋白抗体Cell Signaling Technology19245s
抗磷酸化Akt (Thr308)抗体Cell Signaling Technology13038S
抗pan-Akt抗体Cell Signaling Technology4691T
抗GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig
Clarity Western ECL底物Bio-Rad170-5061
G:BOX Chemi XX9成像系统Syngene--
OCT包埋剂SAKURA4583
抗胶原I抗体AbnovaPAB13488
抗GAS6抗体Proteintech13795-1-AP
抗ITGB1抗体Proteintech26918-1-AP
抗CD68抗体eBioscience14-0681-82
抗desmin抗体Proteintech16520-1-AP
抗LYVE1抗体Abcamab281587
驴抗大鼠/兔Alexa Fluor 488/594荧光二抗ThermoA-21206-21209
小鼠肝脏解离试剂盒Miltenyi Biotec--
70 μm细胞过滤器Greiner--
红细胞裂解液Miltenyi Biotec--
单细胞3'试剂盒v3.110x Genomics--
尿素----
脱氧胆酸钠----
二硫苏糖醇----
胰蛋白酶----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
小鼠模型建立
小鼠品系、性别、年龄、分组、给药剂量和途径
阅读提示:Methods: Animals and drug treatment
单细胞RNA测序
样本数量、细胞数量、质量控制阈值、聚类分辨率
阅读提示:Methods: Preparation of single cell suspension, scRNA-seq and data preprocessing
体外细胞实验
细胞系、培养条件、处理浓度和时间
阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Figure legends 3 and 4
GAS6-AXL通路验证
rGAS6浓度、BGB324浓度、处理时间
阅读提示:Results: Cell–cell communication crosstalk within the crucial subtypes; Figure 7d
数据分析与统计
统计方法、显著性阈值、数据标准化方法
阅读提示:Methods: Statistical analysis