远端粪便冲洗液宿主转录组学识别结肠和末端回肠的炎症

Distal Fecal Wash Host Transcriptomics Identifies Inflammation Throughout the Colon and Terminal Ileum

作者信息Stav Dan, Bella Ungar, Shani Ben-Moshe, Keren Bahar Halpern, Miri Yavzori, Ella Fudim, Orit Picard, Chaya Mushka Abitbol, Sivan Harnik, Iris Barshack, Uri Kopylov, Shomron Ben-Horin, Shalev Itzkovitz
PMID36791991
发布时间2023
DOI10.1016/j.jcmgh.2023.02.002

摘要

**背景与目的**:迫切需要非侵入性方法来评估克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的内镜下及组织学活动性炎症。已有研究表明,粪便冲洗液中的宿主脱落细胞转录组学是远端结肠炎炎症性肠病患者内镜及组织学炎症的可靠分类指标。然而,此类粪便冲洗液是否能反映更近端肠段发生的炎症过程,目前尚不清楚。**方法**:前瞻性纳入59名炎症性肠病患者和50名对照者。比较远端结肠、近端结肠和末端回肠的活检标本与粪便冲洗液。在结肠镜检查中,对从结肠各预定位置及末端回肠获取的活检标本和粪便冲洗液进行宿主转录组学分析,并将结果与同期临床、内镜和组织学参数相关联。**结果**:我们发现,即使在没有远端结肠受累的情况下,远端粪便冲洗液的宿主转录组学也能可靠地分类回肠和近端结肠克罗恩病的组织学炎症(受试者工作特征曲线下面积为0.94 ± 0.09)。进一步发现,粪便冲洗液包含免疫细胞、间质细胞和上皮细胞来源的共表达基因模块,这些模块可指示内镜疾病严重程度。粪便冲洗液宿主转录组学还能捕获先前与生物疗法无应答相关的基因模块的表达。**结论**:我们的研究证实了远端结肠粪便冲洗液在识别和评分整个回肠-结肠轴炎症过程中的准确性。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Direct-zol Mini and Micro Prep Kit试剂盒ZYMO ResearchR2052
Nextera XT试剂盒Illumina--