构建抗生素预处理模型
验证肠道微生物耗竭对肝脏I/R损伤的影响
C57BL/6小鼠饮用含万古霉素、氨苄青霉素、卡那霉素和甲硝唑各1 g/L的饮用水4周,随后进行肝脏I/R手术,检测血清ALT、炎症因子表达及肝脏组织病理变化。
Gut Microbiota-Derived Glutamine Attenuates Liver Ischemia/Reperfusion Injury via Macrophage Metabolic Reprogramming
包含体内小鼠模型(抗生素预处理、FMT、药物干预)、体外BMDM细胞实验、多组学分析(16S rRNA、代谢组学)及功能机制验证。
C57BL/6小鼠肝脏缺血/再灌注模型 无菌小鼠粪菌移植模型 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM)体外模型
抗生素混合物(万古霉素、氨苄青霉素、卡那霉素、甲硝唑)处理时间及剂量 粪菌移植的粪便剂量、灌胃时间点与天数 DM-αKG(6 mg/kg或60 mg/kg)和寡霉素A(0.5 mg/kg)的给药剂量、途径与时间 肝脏I/R模型的缺血时限(90分钟)和再灌注时间点(0、1、3、6小时) BMDM的极化诱导条件(IL-4 20 ng/mL、LPS 10 ng/mL)及αKG(1 μmol/L)和寡霉素A(5 μmol/L)浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证肠道微生物耗竭对肝脏I/R损伤的影响
C57BL/6小鼠饮用含万古霉素、氨苄青霉素、卡那霉素和甲硝唑各1 g/L的饮用水4周,随后进行肝脏I/R手术,检测血清ALT、炎症因子表达及肝脏组织病理变化。
排除抗生素直接作用,验证改变的肠道微生物能否转移保护效应
收集抗生素预处理小鼠(D-ABX)和对照小鼠(D-WT)的粪便,通过灌胃移植至无菌小鼠(R-ABX和R-WT),7天内第1天和第3天灌胃200 μL细菌上清,后进行肝脏I/R手术,评估肝损伤指标。
鉴定抗生素处理后肠道微生物组成和粪便、血清代谢物的变化
通过16S rRNA测序分析粪便微生物组成和多样性;通过UPLC-MS/MS进行靶向代谢组学,检测粪便、血清中氨基酸、有机酸等代谢物水平,关注谷氨酰胺和αKG。
验证谷氨酰胺是否单独足以模拟抗生素的保护效应
对小鼠进行不同时间(1、3、5、7天)的谷氨酰胺灌胃(25 mg/kg),后进行肝脏I/R手术,检测血清ALT水平。
评估外源性αKG对肝脏I/R损伤的保护作用及对巨噬细胞极化的影响
在I/R手术前1小时,腹腔注射DM-αKG(6或60 mg/kg)或PBS,检测血清ALT、肝脏病理、M2巨噬细胞(CD68+/CD163+)数量及M1/M2标志物表达。
证明αKG直接促进巨噬细胞M2极化和抑制M1极化,并验证OXPHOS机制
分离小鼠BMDM,用IL-4(20 ng/mL)诱导M2或LPS(10 ng/mL)诱导M1,同时加入αKG(0.1、1、10 μmol/L)或寡霉素A(5 μmol/L),检测ATP水平和M1/M2标志物表达。
验证αKG通过OXPHOS通路促进M2极化并介导保护效应
WT或ABX小鼠在I/R手术前1小时腹腔注射0.5 mg/kg寡霉素A,检测OXPHOS标志物表达、ADP/ATP比值、NAD+/NADH比值、肝损伤指标及M1/M2标志物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗生素预处理 | 万古霉素 | Sigma Aldrich | 1404-93-9 |
| 卡那霉素 | Sigma Aldrich | 25389-94-0 | |
| 甲硝唑 | Sigma Aldrich | 443-48-1 | |
| 谷氨酰胺补充 | 谷氨酰胺 | Sigma Aldrich | 1294808 |
| 药物处理 | 二甲基α-酮戊二酸 | Sigma Aldrich | 349631 |
| 寡霉素A | MedChemExpress | 1404-19-9 | |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基(DMEM) | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L929细胞 | ATCC | CCL1 | |
| 细胞极化 | 脂多糖 | Sigma Aldrich | L2630 |
| 白细胞介素-4 | Bioconcept | 214-14 | |
| α-酮戊二酸 | Sigma Aldrich | 75890 | |
| ATP检测 | CellTiter-Glo发光检测试剂盒 | Promega | G7570 |
| RNA提取与RT-PCR | TRIzol试剂 | Sigma Aldrich | 93289 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037Q | |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Takara | DRR420A | |
| 组织学分析 | TUNEL检测试剂盒 | Abcam | ab66108 |
| DAPI | Tocris | 5748 | |
| 免疫组织化学 | MPO一抗 | Abcam | ab109116 |
| cleaved caspase-3一抗 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 生物素化山羊抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 链霉亲和素-辣根过氧化物酶 | Sigma Aldrich | ab205718 | |
| 免疫荧光 | CD68抗体 | Abcam | ab53444 |
| CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| CD86抗体 | Cell Signaling Technology | 19589 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Cell Signaling Technology | 4416 | |
| Alexa Fluor 546二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-21430 | |
| GLS2抗体 | Abcam | ab113509 | |
| GLUD抗体 | Cell Signaling Technology | 12793 | |
| Cy3二抗 | Abcam | ab97075 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Abcam | ab150077 | |
| 16S rRNA测序 | QIAamp Fast DNA粪便微型试剂盒 | Qiagen | 51604 |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| AxyPrep DNA凝胶提取试剂盒 | Axygen Biosciences | AP-GX-250 | |
| QuantiFluor-ST荧光计 | Promega | -- | |
| Illumina MiSeq系统 | Illumina | -- | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC-Xevo TQ-S | Waters Corp | -- |
| ACQUITY HPLC BEH C18 1.7 μm VanGuard预柱 | Waters | -- | |
| ACQUITY HPLC BEH C18 1.7 μm分析柱 | Waters | -- | |
| Biomek 4000工作站 | Beckman Coulter | -- | |
| Eppendorf epMotion工作站 | Eppendorf | -- | |
| Allegra X-15R离心机 | Beckman Coulter | -- | |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜LSM-710 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与抗生素处理 | 抗生素种类及浓度(万古霉素、氨苄青霉素、卡那霉素、甲硝唑各1 g/L),处理时长(4周),小鼠品系(C57BL/6JGpt雄性8-10周龄) 阅读提示:Methods中的Mice部分 |
| 肝脏I/R手术 | 缺血时长(90分钟),再灌注时间点(0、1、3、6小时),麻醉及手术细节 阅读提示:Methods中的Liver Ischemia and Reperfusion Surgery部分 |
| 粪菌移植 | 粪便用量(100 mg/mL),灌胃体积(200 μL),灌胃时间(第1、3天),受体为无菌小鼠 阅读提示:Methods中的Mice部分和FMT描述 |
| 药物干预 | DM-αKG剂量(6、60 mg/kg),寡霉素A剂量(0.5 mg/kg),给药途径(腹腔注射),给药时间(术前1小时) 阅读提示:Methods中的Liver Ischemia and Reperfusion Surgery部分 |
| 体外BMDM极化 | BMDM分化条件(DMEM+10%FBS+20%L929上清,7天),极化刺激(IL-4 20 ng/mL或LPS 10 ng/mL,6小时),αKG浓度(0.1、1、10 μmol/L),寡霉素A浓度(5 μmol/L) 阅读提示:Methods中的Cell部分 |
| 代谢组学检测 | 样本制备步骤,UPLC-MS/MS型号(ACQUITY UPLC-Xevo TQ-S),色谱柱,梯度洗脱程序,质谱参数 阅读提示:Methods中的Metabolomics和UPLC-MS/MS部分 |
| 统计分析 | 各组样本量(具体在图例中,如WT Sham n=4, WT IRI n=10等),统计方法(Student t检验、Wilcoxon检验、Kruskal-Wallis H检验、ANOSIM) 阅读提示:Methods中的Quantification and Statistical Analysis部分及各个图例 |